Actualización de MeSH 2019


Leíamos la noticia en el boletín técnico de la Biblioteca Nacional de Medicina (NLM por sus siglas en inglés) de EEUU: el YEP (Year-End-Processing) es como se conoce al mantenimiento anual y durante el cual se realizan cambios en MEDLINE. Uno de los cambios más importantes es el que afecta al tesauro MeSH (Medical Subject Headings) y que es el vocabulario controlado que se usa para catalogar los registros en MEDLINE. Cada artículo que se cataloga en MEDLINE recibe una serie de descriptores que definen el tema/s que trata ese artículo. 

Para empezar, 73 encabezamientos MeSH o han sufrido cambios o bien han sido eliminados y reemplazados por terminología más actual. Durante el YEP, la NLM actualizará estos encabezamientos en los registros de MEDLINE.

Además, se añaden 402 nuevos encabezamientos y 20 tipos de publicación. Os dejo aquí el listado completo en pdf de los nuevos encabezamientos con sus notas de alcance, notas y localizaciones en el árbol jerárquico. 

Normalmente no se hace una catalogación retrospectiva cuando aparecen nuevos descriptores, por lo que buscar en PubMed por un nuevo término MeSH con las etiquetas [mh] o [majr] limita la búsqueda a los registros indexados después de que se haya añadido el descriptor al MeSH. Para recuperar registros indexados antes de la introducción del nuevo MeSH podemos ayudarnos del ATM (Automatic Term Mapping) de PubMed (quienes hayáis venido a alguno de mis cursos ya sabéis cómo funciona). El ATM expande la búsqueda de los términos que no están etiquetados para buscar tanto por términos MeSH como por los términos indexados en All Fields. No es mala idea tampoco consultar la base de datos MeSH para ver los términos indexados previamente sobre un concepto en particular. 

Para el año 2019 contamos con una excepción: el nuevo tipo de publicación Systematic Review sí será añadido a los registros ya existentes en MEDLINE y que cumplan con los criterios de inclusión. Es decir, se hará una catalogación retrospectiva para facilitar la recuperación de todas las revisiones sistemáticas. 

Además de Systematic Review como tipo de publicación tenemos también Systematic Review as Topic (como tema). Al hacer una búsqueda, podemos encontrarnos con revisiones sistemáticas y con trabajos que hablen sobre revisiones sistemáticas.

Ten en cuenta que si tienes alguna búsqueda guardada y alguna alerta activa, los resultados se pueden ver alterados por la inclusión y modificación de los términos MeSH. Aprovecha para darle una vuelta a los términos y asegurarte de que estás recuperando toda la información relevante.

En PubMed contamos con un filtro metodológico en las Clinical Queries para recuperar revisiones sistemáticas. Aún no está actualizado (ignoro si lo actualizarán o lo dejarán igual), así que yo seguiría usando este filtro y el nuevo descriptor de tipo de publicación hasta comprobar exactamente cómo funcionan ambos y qué recuperan. 

Algunas combinaciones de encabezamiento/subencabezamiento, llamadas Entry Combinations, también serán modificadas de manera retrospectiva, de manera que si haces una búsqueda por alguna de las combinaciones y no recuperas nada, deberás comprobar si en estas Entry Combinations se indica algún término nuevo. Tenlo también en cuenta si tienes búsquedas guardadas. Por ejemplo, hay algunas Entry Combinations que se reemplazan por encabezamientos directamente (pongo algunos ejemplos, no están todos), y otros que se modifican: 

 Encabezamiento/subencabezamiento previo

Enzymes/therapeutic use

Jaw/surgery

Pharmacy/history

Encabezamiento por el que se reemplaza en 2019

Enzyme Therapy

Orthognathic Surgical Procedures

History of Pharmacy

Como siempre, si tienes alguna duda sobre cómo hacer búsquedas en PubMed, cómo utilizar los términos MeSH, qué significan las etiquetas de campo o cómo funciona el Automatic Term Mapping, o cualquier otra pregunta relacionada con la gestión de la información biomédica, tienes a tu bibliotecaria de cabecera en tu biblioteca o a un click de distancia. Estamos para ayudarte. Y si quieres que me acerque a tu institución a dar formación sobre búsquedas, gestores, herramientas para mantenerte actualizado, apoyo a la investigación, etc. siempre puedes ponerte en contacto conmigo a través del correo o de linkedin.

 

Investiga, que algo queda


Si escuchásteis la charla que mantuve en junio con Chema Cepeda en Hackeando la Salud es posible que os acordéis de que comenté que, a raíz de una conversación en Twitter, Iván Herrera, José M. Morán y yo nos habíamos creado un grupo de Telegram con el fin de organizar algo relacionado con la formación en investigación. A raíz de ese podcast se unieron algunas personas más al grupo: Oskia Agirre, Elena Pastor, Pablo Sánchez y Daniel Cuesta. Nuestros perfiles son muy diferentes y ni siquiera nos conocemos todos en persona.

Como pasa siempre que un grupo de gente diferente se une, es difícil coincidir en el tiempo para poder organizar el trabajo. En nuestro caso usamos el grupo de Telegram para dar ideas, comentar nuestra disponibilidad (estamos todos muy ocupados, así que nuestra disponibilidad es muy baja para este tipo de proyectos) y organizarnos un poco el trabajo. No ha sido hasta septiembre que nos decidimos por una metodología concreta que, no obstante, puede variar según cambien nuestras circunstancias.

La idea era hacer algo sencillo y útil para quien estuviera interesado en la investigación. No queríamos centrarnos en un tipo de público concreto, ni poner todos nuestros esfuerzos vitales en el proyecto. Así que la decisión fue: trabajo en grupo, asíncrono y distribuido.

¿Qué queríamos hacer?

Lanzar un canal de Telegram, que es una herramienta de mensajería instantánea del mismo estilo que Whatsapp, pero más versátil y funcional, para publicar mensajes relacionados con la investigación.

¿Cómo lo haríamos? 

Para el trabajo interno, además del grupo de Telegram para comunicarnos, creamos una excel para ir almacenando las noticias, mensajes, post, enlaces, etc. que quisiéramos publicar. Cada fila de la excel es para una noticia y consta de varios campos: fecha de inclusión, título, texto (con enlaces si los hubiere), imagen (opcional). Estos campos se pueden completar desde un formulario que hemos creado para que sea más fácil enviar noticias si estamos desde el móvil, por ejemplo (¡nunca sabes cuándo te va a llegar la inspiración!)

Pero además de esos campos, hemos creado los “importantes”: dos campos para su revisión (cada noticia tiene que ser revisada y aprobada al menos por otros dos componentes del grupo: nuestros mensajes serán peer reviewed), un campo para la fecha prevista de publicación, otro campo con un código de colores para, de un vistazo, saber si está pendiente de ok, listo para su publicación o publicado. También contamos con los comentarios para poder dejarnos notas entre nosotros.

Ninguno tenemos obligaciones con el canal más allá de aportar algo o de hacer de revisor en algún momento. Todos tenemos nuestros trabajos y vidas personales, así que cada uno puede ir a su ritmo. El hecho de ser un grupo de 7 personas nos permite cubrirnos entre todos y no es necesario que estemos todos al 100% siempre. Sólo es imprescindible que la noticia prevista para la siguiente semana esté completa y revisada por al menos dos miembros más del grupo.

¿Y el canal?

El canal, al que podéis uniros desde este enlace, se lanzó la última semana de septiembre con la idea de publicar el primer mensaje en octubre. Para no convertirnos en un canal de spam, decidimos que lo mejor es publicar sólo un mensaje a la semana -los viernes-, que no seguiríamos un orden concreto en la temática de las noticias y que cada uno era libre de dar publicidad al canal en cualquiera de sus redes.

El primer mensaje salió el 5 de octubre y le llegó a 200 suscriptores.

Os dejo aquí el perfil de twitter de cada uno de los integrantes del grupo: @ihpeco, @jmmorang, @oskao, @ElenaPastor, @PauMatalap, @CuestaLozano y yo: @bibliovirtual

Para suscribiros al canal (es necesario tener instalado Telegram en el móvil):

https://t.me/investigamos
https://t.me/investigamos
https://t.me/investigamos

La base de datos IME se integra con ISOC e ICYT en InDICEs-CSIC


La base de datos IME (Índice Médico Español), que se elaboraba bajo la responsabilidad del Dr. Rafael Aleixandre, dejó de actualizarse en 2012. Desde entonces, aunque había sido una de las bases de datos de literatura médica española con más repercusión, fue perdiendo notoriedad hasta casi olvidarse. El año pasado tuvimos conocimiento de que se iba a dar un nuevo impulso a esta base de datos, aunque tampoco sabíamos mucho más.

Hace unas semanas nos enteramos de que el CSIC había estado trabajando en una base de datos en la que se integran los registros de las antiguas IME, ISOC e ICYT. Se trata de ÍnDICEs-CSIC. Este nuevo portal aglutina los registros de estas tres bases de datos y actualmente están en proceso de depuración de datos, eliminando duplicados, comprobando enlaces… Aunque por ahora no hay inclusión de nuevos registros en la sección IME, sí hay nuevos documentos que se incorporan ahora y están clasificados bajo Ciencias Médicas. Se trata de los artículos de algunas revistas seleccionadas para la antigua base de datos ICYT de disciplinas como Farmacología, Enfermería o similares.

InDICEs-CSIC

No obstante, la nueva plataforma permite que los editores colaboren fácilmente en la actualización de datos. Si eres editor de una revista española y quieres que sea consultable a través del nuevo InDICEs, puedes escribir a indices@csic.es para solicitar el alta como editor. La inclusión de los datos se hace a partir de una plantilla que te será facilitada, donde podrás incluir, en formato XML, los metadatos de los artículos conforme al estándar Dublin Core. Una vez enviada esta plantilla, un equipo de documentalistas comprobará los datos antes de darles el ok para aparecer en InDICEs. Una manera muy fácil de dar visibilidad a tu publicación.

Hay que indicar también que ÍnDICEs es de consulta libre, aunque la suscripción te permite acceder a la versión avanzada a las bases de datos y a los servicios de personalización.

Puedes consultar ÍnDICEs-CSIC y toda la información sobre esta herramienta en el siguiente enlace:

https://indices.csic.es/
https://indices.csic.es/
https://indices.csic.es/

 

MeSH on Demand


MeSH on Demand es una herramienta del Medical Text Indexer (MTI), producida por la Biblioteca Nacional de Medicina de EEUU, que sugiere términos de indexación del vocabulario MeSH.

¿Y para qué podemos usarlo? Por ejemplo, cuando queremos enviar nuestro artículo para su publicación es posible que nos pidan (o que queramos) añadir palabras clave. Seleccionar las palabras clave adecuadas es importante para facilitar la localización posterior de nuestro artículo, y podemos asignarlas a partir de los términos MeSH que mejor lo describan. También podemos investigar qué hay publicado sobre nuestro tema basándonos en los términos MeSH generados a partir de nuestro artículo. Así podemos utilizar esta herramienta como apoyo a la hora de decidir a qué revista enviar nuestro artículo.

Mesh on Demand

¿Cómo funciona? Desde MeSh on Demand podemos introducir nuestro texto en inglés (un máximo de 10.000 caracteres) y pinchamos en el botón Search. La herramienta hará un análisis del texto después de haberlo formateado a caracteres ingleses (por ejemplo si hemos dejado tildes o caracteres propios de otros idiomas) y mostrará varias palabras resaltadas y un listado de descriptores MeSH que se corresponden con el texto marcado. En algunos casos, el MTI sugerirá términos adicionales relacionados con los descriptores sugeridos. Además, justo debajo del texto que hemos introducido, MeSH on Demand nos proporciona un listado de hasta 10 artículos de PubMed similares a nuestro texto, basados en los descriptores sugeridos.

Otra utilidad es la de poder hacer búsquedas bibliográficas en PubMed con los términos MeSH adecuados partiendo de un texto libre introducido en la herramienta. Veremos un botón que dice Start PubMed Search. Si lo pulsamos, nos llevará a otra página donde podremos seleccionar aquellos descriptores sugeridos en la página anterior. Una vez seleccionados, se generará de manera automática una estrategia de búsqueda y se lanzará en PubMed, donde veremos los resultados de esa búsqueda.

En esta página tenéis un videotutorial de 5 minutos sobre el uso de MeSH on Demand:

https://www.nlm.nih.gov/research/umls/user_education/quick_tours/MoD/MoD1.html

Y si queréis empezar a usar MeSH on Demand, aquí tenéis la dirección. Directa a favoritos:

https://meshb.nlm.nih.gov/MeSHonDemand
https://meshb.nlm.nih.gov/MeSHonDemand
https://meshb.nlm.nih.gov/MeSHonDemand

Gracias por este 2017. Feliz Año 2018.


El balance de 2017 ha sido bueno. A nivel laboral lo termino con más clientes satisfechos y trabajos que llenan mi tiempo de tareas interesantes que me han hecho crecer y aprender un poquito más todos los días. Además de dar servicio a varios hospitales y algunos laboratorios como Librarian as a Service, he liderado un proyecto de formación online a nivel europeo dentro de EAHIL, dado formación presencial en varias instituciones, asistido a congresos donde he presentado mi primera comunicación oral en inglés, participado en un grupo de trabajo de bibliotecas médicas en BiblioMadSalud, colaborado en un libro con un capítulo específico (saldrá, espero, el próximo año: os avisaré) y me hicieron una entrevista en la radio

A nivel personal he viajado, he conocido a muchos profesionales que se han convertido en amigos, he leído y visto muchas series en inglés. He ido a conciertos, a exposiciones, a restaurantes. He disfrutado de los amigos de siempre y me he alegrado con sus buenas noticias.

Ha sido un año largo, pero se me ha pasado rápido. Y tú has estado ahí, de alguna manera has hecho que mi faceta laboral o personal haya sido excepcional y quiero agradecértelo y pedirte que sigas formando parte de todo esto en 2018. Feliz año.

Feliz Año 2018 Bibliovirtual

 

Search Workbench – compara y comprende tus búsquedas en PubMed


Esta mañana he estado probando una nueva herramienta creada por Edwin Sperr, Clinical Information Librarian en la Universidad de Augusta/Universidad de Georgia (EEUU). La herramienta deriva de su trabajo en Visualizing PubMed y se llama Search Workbench.

Cuando queremos realizar una búsqueda compleja en PubMed tenemos que pensar en unir los términos de nuestra búsqueda con lógica Booleana, es decir, usando los conectores AND, OR o NOT. Como utilidad primaria, esta herramienta te puede ayudar a entender el uso de los operadores booleanos, ya que muestra los resultados en un diagrama de Venn. En el siguiente ejemplo vemos los resultados de introducir el operador OR o el operador AND con los mismos términos. ¿Ves la diferencia de resultados al utilizar un operador u otro? (pincha en la imagen para agrandar)

diferencia entre AND y OR

Esta herramienta además ofrece una visualización por años de publicación en PubMed, de manera que podemos ver cuándo se ha comenzado a investigar y publicar más sobre un tema en concreto. En el siguiente ejemplo vemos que fue a partir del año 2010 cuando se empezó a publicar sobre la cirugía laparoscópica de puerto único:

comparación de una estrategia y sus años

Hay veces que realizas una búsqueda en PubMed y la lanzas varias veces modificando algunos términos, ya que quieres comprobar el grado de relevancia de los resultados utilizando un término u otro. Comparar esos resultados, ver cuáles son los artículos que son sólo de una de las estrategias y no de la otra, puede ser bastante engorroso con la interfaz actual de PubMed. Search Workbench permite ver los resultados de una estrategia de manera gráfica utilizando un diagrama de Venn. En este ejemplo comparamos dos estrategias, una usando cirugía laparoscópica como término MeSH y en la otra como término Major Topic. Como veis hay pocos artículos de diferencia:

comparar dos búsquedas

Para ver cuáles son los artículos únicos de una búsqueda puedes pinchar en el botón Show Unique Records. En este caso, todos los artículos que recupera la búsqueda usando Major Topic se recuperan también en la otra búsqueda, por lo que no aparece ningún artículo único. Podríamos hacer esto a mano combinando las dos búsquedas con un NOT, pero existiendo una herramienta como esta, que nos facilita la vida, tampoco hace falta ir a PubMed a complicarla, ¿no?

Espero que os resulte de utilidad. Probadla porque tiene alguna cosa más que os puede interesar:

https://searchworkbench.info
https://searchworkbench.info
https://searchworkbench.info

¿Dónde envío mi artículo para publicarlo?


Estudiar e investigar para escribir un artículo científico lleva tiempo y esfuerzo. Además, queremos que esa dedicación y los resultados que hemos obtenido y plasmado en el artículo sean visibles para la comunidad científica. Así que el siguiente paso es publicar el trabajo. Seleccionar la revista donde queremos publicar o donde pensamos que podrían aceptarlo no es fácil. A veces prima el idioma, o la visibilidad de la revista, o la especialización de la misma, o si hace revisión por pares, o si es open access, o si tarda mucho en aceptar y publicar los artículos (¡ay, la obsolescencia, qué pronto llega!). Hay muchos factores que podrían tenerse en cuenta para enviar nuestro artículo a una revista o a otra. Para ayudarnos a tomar esta decisión podemos utilizar Journal Selector de Cofactor.

Journal Selector

Se trata de una selección limitada de revistas seleccionadas por Cofactor.

The tool currently contains a limited number of journals. They are biased towards biology and medicine; towards journals with a broad subject scope; and towards open access journals, particularly ‘megajournals’ (journals that accept all sound research without judging its importance).

Se puede hacer una selección de criterios separados en 5 categorías diferentes:

  • Subject
  • Peer review
  • Open Access
  • Speed
  • Other

Tenéis más información y posibilidad de probar la herramienta aquí:

http://cofactorscience.com/journal-selector
http://cofactorscience.com/journal-selector
http://cofactorscience.com/journal-selector

 

Pubmed Back to Basics


En su largo camino de cambios y actualizaciones, Pubmed nos sorprende con una vuelta a sus orígenes. Anoche nos enterábamos del lavado de cara de la interfaz de Pubmed que, siguiendo la moda de lo vintage han decidido volver al diseño que lució hace más de una década. Las razones que han llevado a este cambio tan radical son las siguientes, según informa la Dra. Fail von Bulo, directora del área de diseño y UX de la Biblioteca Nacional de Medicina de EEUU.

  • Una home donde tendrás a mano todo gracias a las pestañas que reúnen los apartados más visitados de Pubmed: Limits, Preview/Index, History, Clipboard, Details. En los últimos tiempos cada apartado tenía su propio sitio, pero gracias a la nueva interfaz apenas tendremos que pasear el ratón por la pantalla para ir a cada uno de estos apartados:

  • Desde Details tienes la posibilidad de crear una URL con tu búsqueda que podrás guardar en favoritos de tu navegador para volver a ella tantas veces como necesites y comprobar si hay alguna novedad en los resultados de búsqueda. Seguirás teniendo la opción de guardar tu búsqueda desde MyNCBI, pero ya no será imprescindible.

  • ¡Los iconos! Volvemos a tener los iconos de siempre, aquellos que nos permitían saber de un vistazo la disponibilidad del artículo. Cómo nos gustaba el icono de la hojita de texto con una franja verde. ¡Qué felicidad volver a verlo!

  • Desaparece el apartado Advanced para recuperar History. Desde aquí consultaremos todas las búsquedas realizadas hasta el momento, pudiendo combinarlas utilizando el número de búsqueda, facilitando así su lectura. ¿No es maravilloso?

  • Por último, la sorpresa que casi me hace llorar de alegría: la vuelta de Google Reader. Parece ser que la Dra. Fail von Bulo se puso en contacto personalmente con Chris Wetherell, desarrollador de la primera versión de Google Reader, y le expuso la idea de recuperarlo para que los usuarios de Pubmed volvieran a utilizar los RSS, que desde la desaparición de esta herramienta había caído en desuso.

Espero que todos estos cambios os hayan traído buenos recuerdos, como que hoy se celebra April Fools’ Day (el día de los Santos Inocentes en el mundo anglosajón) y esto ha sido una broma y un homenaje a Pubmed, esa herramienta que nos lleva acompañando tantos años y que hemos visto cambiar y mejorar constantemente.

 

 

 

Pubmed: acceso al texto completo a través de repositorios institucionales


Ayer nos anunciaban desde la NLM una nueva característica de PubMed: la posibilidad de acceder al texto completo de los artículos depositados en repositorios institucionales. Hasta este año existían tres formas de acceder al texto completo de los artículos desde PubMed:

  • Icono del editor que enlazaba directamente con el artículo en la revista (puede requerir la suscripción a la misma)
  • Icono con enlace a PMC (PubMed Central) que lleva al texto completo gratuito.
  • DOI que enlaza directamente con el artículo en la web de la revista (puede requerir suscripción a la misma)

Ahora PubMed añade nuevos iconos a repositorios institucionales (que han de solicitar su inclusión) y que permitirían el acceso al texto completo de artículos que en principio son de pago en las web de sus revistas, pero que al haber sido depositados en repositorios institucionales están disponibles de forma gratuita para la comunidad investigadora (conocido normalmente como green open access).

En la imagen podéis ver dónde localizar estos enlaces LinkOut:

resources

 

Por ahora, sólo 4 repositorios participan en esta iniciativa. Si conoces algún repositorio institucional que proporcione acceso al texto completo o bien quieres proponer el repositorio de tu institución para que aparezca en PubMed, puedes escribir para solicitarlo. Tienes toda la información aquí.

 

También te puede interesar leer este post que publiqué sobre acceso al texto completo gratuito de artículos.

 

 

Nuevas tecnologías, nuevas bibliotecarias


Hace poco saltaba el debate de si los bibliotecarios deberíamos temer por nuestros puestos de trabajo con la llegada de la Inteligencia Artificial, los chatbot y todas las nuevas tecnologías (que ya no son la web 2.0, por si alguien se quedó estancado 10 años atrás) que están por venir. ¿Por qué no aprovechar la tecnología en nuestro favor en vez de demonizarla antes incluso de haber analizado su beneficio? De hecho, yo uso unas cuantas herramientas que me permiten aligerarme de trabajo y gestionar mejor mi tiempo. Con las listas de tareas puedes tener a mano todo lo pendiente, organizarlo por temática, relacionar las tareas con personas o ambientes, marcar lo prioritario, poner fechas límite, recordatorios y añadir notas. Con las herramientas de gestión de proyectos puedo organizarme el trabajo que tengo entre manos, dividir en tareas y marcar objetivos, si trabajo en equipo puedo asignar tareas a personas y hacer un seguimiento. Uso extensiones de correo para automatizar los envíos, o aplicaciones para crear plantillas de texto que me ahorran tiempo y trabajo. Herramientas de almacenamiento en la nube como Dropbox o Drive que además me permiten trabajar online y offline desde cualquier ordenador y actualizar contenidos al instante. Llamadas y videollamadas, chats. Calendarios para organizar mi agenda, mi vida y mi cabeza. Tengo (y esto lo voy a decir bajito) un cuaderno en papel donde apunto ideas y me hago esquemas. También uso cosas de aquella web2.0 (lo que ahora entendemos todos por Internet sin necesidad de explicar mucho más): Twitter y Facebook, un blog, listas de distribución, incluso a veces recupero algún feed de RSS (a ver si actualizo mi Netvibes).

Estoy segura de que seré de las primeras que intente utilizar un chatbot con mis usuarios. Porque a veces el usuario tiene una pregunta sencilla o quiere que se le resuelva un problema de manera eficiente y rápida. Y si es un problema que puede resolver una máquina, yo confío en ella. Además, eso me dejará tiempo para tratar personalmente con esos usuarios que no se sienten seguros con las máquinas y que siguen buscando el trato directo o que requieren una atención que yo decidiré que ha de ser “personalizada” (de tú a tú y ad hoc).

Creo que la tecnología no está reñida con el trabajo de las personas. Sólo tenemos que adaptarnos y delegar en ellas el trabajo mecánico y tedioso y dejar para nosotros la parte creativa y humana.

¿Quieres contactar conmigo? Sigo usando el correo electrónico: maria@bibliovirtual.es