Acceso al pdf gratuito de forma legal


Estar formado continuamente, la presión por publicar y la necesidad de estar actualizado en un campo como son las Ciencias de la Salud se ha vuelto un reto con la cantidad de información publicada cada día. Ya hemos hablado en este blog de las revistas depredadoras que basan su negocio en la publicación indiscriminada de artículos científicos sin tener en cuenta la calidad de los mismos. Millones de artículos localizables al instante mediante una búsqueda en Google. También las revistas con buena reputación y que siguen unas normas de calidad publican más artículos que antes, y es que la facilidad de los autores para investigar y enviar artículos, y las nuevas formas de presentación de las revistas, agilizan los procesos de creación, maquetación y difusión de las mismas.

Sin embargo, el acceso al texto completo de los artículos científicos no siempre es fácil. En el post de hoy quiero hablaros de algunas herramientas que os pueden ayudar a localizar el pdf de los artículos de manera legal. Aunque quienes me seguís en Twitter quizás ya lo habéis leído (he hecho algún hilo al respecto), voy a explicar un poco cada opción. Para desarrollar este post me he basado tanto en mis conocimientos previos como en la recopilación de Guus Van Den Brekel, How to Get The PDF? y que ha convertido en un curso muy interesante.

Busca en tu biblioteca de cabecera

La institución donde trabajas o estudias debería contar con una biblioteca especializada (la mayoría tiene; si no tiene, pásales mi contacto y vemos si se puede montar una). La institución paga por la suscripción de revistas y bases de datos que te permitirán acceder a los artículos a texto completo. En el caso de que no tengas acceso y necesites un artículo, solicítalo en tu biblioteca: nosotros lo buscamos por ti. Si, además, tu biblioteca pertenece al C17, puedes hacer la búsqueda en PubMed y solicitar el artículo a través del icono Localizar en mi Biblioteca, que te llevará directamente a tu biblioteca para descargarlo vía suscripción institucional o solicitar que te lo envíen a tu correo electrónico.

Buscar artículos Open Access

Muchos artículos pueden ser localizados en la web gracias al acceso abierto. Además de buscar directamente en directorios y revistas Open Access, se pueden instalar plug-ins y extensiones de navegador que facilitan la tarea de localización de estos artículos. Pongo aquí un post de hace dos años hablando sobre los artículos a texto completo gratuito. Además de los enlaces que apunto en ese post, te añado los siguientes:

  • Dimensions: en su versión gratuita (uso no comercial) permite hacer búsquedas y distinguir los resultados de acceso abierto por su vía o ruta de publicación.
  • Zenodo: archivo abierto desarrollado por el CERN donde los investigadores pueden depositar sus trabajos, preprints, software y datos de investigación.
  • BioRxiv: archivo para preprints en acceso abierto de temas relacionados con Ciencias de la Vida. Desarrollado por Cold Spring Harbor Laboratory.
  • OpenDoar: directorio global de repositorios Open Access.
  • ScienceOpen: contiene más de 37 millones de artículos, muchos de ellos en Open Access.

Contactar al autor

Muchos autores comparten su trabajo si la política de copyright firmada se lo permite. Hasta ahora la opción más común era escribir directamente al autor y solicitarle una copia de su trabajo. Pero también existen redes sociales de investigadores que te permiten contactar directamente con el autor sin necesidad de conocer su correo electrónico, como por ejemplo ResearchGate o Academia.

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https://kopernio.com

Esta herramienta permite al usuario instalarse una extensión del navegador que buscará la versión en pdf del artículo que aparezca en pantalla. Funciona muy bien desde PubMed, por ejemplo. Mediante un mensaje flotante en la pantalla ofrece un botón verde para descargar el pdf. Es capaz de buscar entre varias bases de datos y entre las suscripciones institucionales del usuario. Cuando descargas el artículo se guarda una versión en el locker del usuario y en próximas búsquedas incluirá tu propio locker por si ya lo tuvieras almacenado. Recientemente ha sido apoyado por Clarivate y probablemente lo hayas visto al acceder a la Web of Science.

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https://unpaywall.org/

Se trata de otra extensión de navegador que busca la versión open access del artículo. Se puede instalar en Chrome y en Firefox y permite la integración también con las suscripciones de la propia institución, además de dar la oportunidad de incluir repositorios institucionales para facilitar la localización de los artículos que contienen.

https://openaccessbutton.org/

Permite la búsqueda directamente en su web o instalando la extensión del navegador. Además, si se encuentra el artículo pero este es de pago, te ofrece la opción de solicitar a los autores que depositen su artículo en un repositorio institucional para que sea localizado en acceso abierto.

Google Scholar Button (Chrome)

Se trata de una extensión del navegador que funciona con Chrome, Firefox y Safari. Esta extensión permite la localización de artículos open access a texto completo en Google Scholar. También permite la integración con la url de la biblioteca para acceder a las suscripciones institucionales.

https://www.google.com

Se puede utilizar la búsqueda avanzada de Google para localizar el pdf de los artículos. Otra opción es poner el título del artículo entre comillas seguido de la orden filetype:pdf

#icanhazpdf

Desde Twitter se puede solicitar el pdf de un artículo a otros colegas. Usando el hashtag #icanhazpdf puedes lanzar la petición y, con un poco de suerte, alguien con acceso te enviará el texto completo del artículo. Ponemos esta opción aquí aunque no podemos asegurar que sea totalmente legal, ya que dependerá del copyright de cada artículo y si se puede compartir públicamente o no.


Aunque hemos incluido la opción de solicitar el artículo por Twitter y comentamos que no será legal siempre, queremos comentar el caso de Sci-Hub. Sé que muchos de vosotros usáis esta opción para acceder de manera inmediata a los artículos, muchas veces pertenecientes a revistas de pago y que no suele ser fácil conseguir. Por un lado, personalmente, entiendo que un usuario utilice esta puerta de acceso a los artículos: sólo necesitas el identificador del artículo o su url para, en 2 clicks, llegar al pdf. Sin embargo, como bibliotecaria, te advierto de los inconvenientes de su uso:

  • Se salta las políticas de copyright, lo que en muchos casos supone un acto ilegal. Por ahora las editoriales están cargando directamente contra el servicio y no contra sus usuarios. Por ahora.
  • No da acceso al material suplementario de los artículos. Si necesitas leer un artículo a texto completo para analizar su metodología y sus resultados, vas a necesitar también consultar los datos relativos a la investigación o los materiales suplementarios (a veces son vídeos, otras veces son hojas tipo excel con las tablas, por ejemplo). Sci-Hub sólo te da el pdf del artículo, no los materiales suplementarios.
  • No queda constancia de tu necesidad. Las bibliotecas de las instituciones nos encargamos de analizar las necesidades de los usuarios para poder suscribir o renovar títulos de revistas. Tenemos en cuenta las descargas de pdf o consultas al texto completo de los artículos en las revistas, pero también tenemos en cuenta (mucho) las peticiones de artículos que recibimos. Si el usuario descarga los artículos directamente desde Sci-Hub y no realiza la petición a la biblioteca, esta necesidad no queda recogida y no se tendrá en cuenta posteriormente para suscribir o renovar títulos. Y ojo, que Sci-Hub se nutre de las suscripciones institucionales. Si ninguna institución suscribe, Sci-Hub dejará de tener recursos que ofrecer. Al final es una retroalimentación constante.

¿DUDAS?

Contacta con tu bibliotecaria de cabecera. Tenemos conocimientos y estamos para ayudarte.

Actualización de MeSH 2019


Leíamos la noticia en el boletín técnico de la Biblioteca Nacional de Medicina (NLM por sus siglas en inglés) de EEUU: el YEP (Year-End-Processing) es como se conoce al mantenimiento anual y durante el cual se realizan cambios en MEDLINE. Uno de los cambios más importantes es el que afecta al tesauro MeSH (Medical Subject Headings) y que es el vocabulario controlado que se usa para catalogar los registros en MEDLINE. Cada artículo que se cataloga en MEDLINE recibe una serie de descriptores que definen el tema/s que trata ese artículo. 

Para empezar, 73 encabezamientos MeSH o han sufrido cambios o bien han sido eliminados y reemplazados por terminología más actual. Durante el YEP, la NLM actualizará estos encabezamientos en los registros de MEDLINE.

Además, se añaden 402 nuevos encabezamientos y 20 tipos de publicación. Os dejo aquí el listado completo en pdf de los nuevos encabezamientos con sus notas de alcance, notas y localizaciones en el árbol jerárquico. 

Normalmente no se hace una catalogación retrospectiva cuando aparecen nuevos descriptores, por lo que buscar en PubMed por un nuevo término MeSH con las etiquetas [mh] o [majr] limita la búsqueda a los registros indexados después de que se haya añadido el descriptor al MeSH. Para recuperar registros indexados antes de la introducción del nuevo MeSH podemos ayudarnos del ATM (Automatic Term Mapping) de PubMed (quienes hayáis venido a alguno de mis cursos ya sabéis cómo funciona). El ATM expande la búsqueda de los términos que no están etiquetados para buscar tanto por términos MeSH como por los términos indexados en All Fields. No es mala idea tampoco consultar la base de datos MeSH para ver los términos indexados previamente sobre un concepto en particular. 

Para el año 2019 contamos con una excepción: el nuevo tipo de publicación Systematic Review sí será añadido a los registros ya existentes en MEDLINE y que cumplan con los criterios de inclusión. Es decir, se hará una catalogación retrospectiva para facilitar la recuperación de todas las revisiones sistemáticas. 

Además de Systematic Review como tipo de publicación tenemos también Systematic Review as Topic (como tema). Al hacer una búsqueda, podemos encontrarnos con revisiones sistemáticas y con trabajos que hablen sobre revisiones sistemáticas.

Ten en cuenta que si tienes alguna búsqueda guardada y alguna alerta activa, los resultados se pueden ver alterados por la inclusión y modificación de los términos MeSH. Aprovecha para darle una vuelta a los términos y asegurarte de que estás recuperando toda la información relevante.

En PubMed contamos con un filtro metodológico en las Clinical Queries para recuperar revisiones sistemáticas. Aún no está actualizado (ignoro si lo actualizarán o lo dejarán igual), así que yo seguiría usando este filtro y el nuevo descriptor de tipo de publicación hasta comprobar exactamente cómo funcionan ambos y qué recuperan. 

Algunas combinaciones de encabezamiento/subencabezamiento, llamadas Entry Combinations, también serán modificadas de manera retrospectiva, de manera que si haces una búsqueda por alguna de las combinaciones y no recuperas nada, deberás comprobar si en estas Entry Combinations se indica algún término nuevo. Tenlo también en cuenta si tienes búsquedas guardadas. Por ejemplo, hay algunas Entry Combinations que se reemplazan por encabezamientos directamente (pongo algunos ejemplos, no están todos), y otros que se modifican: 

 Encabezamiento/subencabezamiento previo

Enzymes/therapeutic use

Jaw/surgery

Pharmacy/history

Encabezamiento por el que se reemplaza en 2019

Enzyme Therapy

Orthognathic Surgical Procedures

History of Pharmacy

Como siempre, si tienes alguna duda sobre cómo hacer búsquedas en PubMed, cómo utilizar los términos MeSH, qué significan las etiquetas de campo o cómo funciona el Automatic Term Mapping, o cualquier otra pregunta relacionada con la gestión de la información biomédica, tienes a tu bibliotecaria de cabecera en tu biblioteca o a un click de distancia. Estamos para ayudarte. Y si quieres que me acerque a tu institución a dar formación sobre búsquedas, gestores, herramientas para mantenerte actualizado, apoyo a la investigación, etc. siempre puedes ponerte en contacto conmigo a través del correo o de linkedin.

 

Investiga, que algo queda


Si escuchásteis la charla que mantuve en junio con Chema Cepeda en Hackeando la Salud es posible que os acordéis de que comenté que, a raíz de una conversación en Twitter, Iván Herrera, José M. Morán y yo nos habíamos creado un grupo de Telegram con el fin de organizar algo relacionado con la formación en investigación. A raíz de ese podcast se unieron algunas personas más al grupo: Oskia Agirre, Elena Pastor, Pablo Sánchez y Daniel Cuesta. Nuestros perfiles son muy diferentes y ni siquiera nos conocemos todos en persona.

Como pasa siempre que un grupo de gente diferente se une, es difícil coincidir en el tiempo para poder organizar el trabajo. En nuestro caso usamos el grupo de Telegram para dar ideas, comentar nuestra disponibilidad (estamos todos muy ocupados, así que nuestra disponibilidad es muy baja para este tipo de proyectos) y organizarnos un poco el trabajo. No ha sido hasta septiembre que nos decidimos por una metodología concreta que, no obstante, puede variar según cambien nuestras circunstancias.

La idea era hacer algo sencillo y útil para quien estuviera interesado en la investigación. No queríamos centrarnos en un tipo de público concreto, ni poner todos nuestros esfuerzos vitales en el proyecto. Así que la decisión fue: trabajo en grupo, asíncrono y distribuido.

¿Qué queríamos hacer?

Lanzar un canal de Telegram, que es una herramienta de mensajería instantánea del mismo estilo que Whatsapp, pero más versátil y funcional, para publicar mensajes relacionados con la investigación.

¿Cómo lo haríamos? 

Para el trabajo interno, además del grupo de Telegram para comunicarnos, creamos una excel para ir almacenando las noticias, mensajes, post, enlaces, etc. que quisiéramos publicar. Cada fila de la excel es para una noticia y consta de varios campos: fecha de inclusión, título, texto (con enlaces si los hubiere), imagen (opcional). Estos campos se pueden completar desde un formulario que hemos creado para que sea más fácil enviar noticias si estamos desde el móvil, por ejemplo (¡nunca sabes cuándo te va a llegar la inspiración!)

Pero además de esos campos, hemos creado los “importantes”: dos campos para su revisión (cada noticia tiene que ser revisada y aprobada al menos por otros dos componentes del grupo: nuestros mensajes serán peer reviewed), un campo para la fecha prevista de publicación, otro campo con un código de colores para, de un vistazo, saber si está pendiente de ok, listo para su publicación o publicado. También contamos con los comentarios para poder dejarnos notas entre nosotros.

Ninguno tenemos obligaciones con el canal más allá de aportar algo o de hacer de revisor en algún momento. Todos tenemos nuestros trabajos y vidas personales, así que cada uno puede ir a su ritmo. El hecho de ser un grupo de 7 personas nos permite cubrirnos entre todos y no es necesario que estemos todos al 100% siempre. Sólo es imprescindible que la noticia prevista para la siguiente semana esté completa y revisada por al menos dos miembros más del grupo.

¿Y el canal?

El canal, al que podéis uniros desde este enlace, se lanzó la última semana de septiembre con la idea de publicar el primer mensaje en octubre. Para no convertirnos en un canal de spam, decidimos que lo mejor es publicar sólo un mensaje a la semana -los viernes-, que no seguiríamos un orden concreto en la temática de las noticias y que cada uno era libre de dar publicidad al canal en cualquiera de sus redes.

El primer mensaje salió el 5 de octubre y le llegó a 200 suscriptores.

Os dejo aquí el perfil de twitter de cada uno de los integrantes del grupo: @ihpeco, @jmmorang, @oskao, @ElenaPastor, @PauMatalap, @CuestaLozano y yo: @bibliovirtual

Para suscribiros al canal (es necesario tener instalado Telegram en el móvil):

https://t.me/investigamos
https://t.me/investigamos
https://t.me/investigamos

La base de datos IME se integra con ISOC e ICYT en InDICEs-CSIC


La base de datos IME (Índice Médico Español), que se elaboraba bajo la responsabilidad del Dr. Rafael Aleixandre, dejó de actualizarse en 2012. Desde entonces, aunque había sido una de las bases de datos de literatura médica española con más repercusión, fue perdiendo notoriedad hasta casi olvidarse. El año pasado tuvimos conocimiento de que se iba a dar un nuevo impulso a esta base de datos, aunque tampoco sabíamos mucho más.

Hace unas semanas nos enteramos de que el CSIC había estado trabajando en una base de datos en la que se integran los registros de las antiguas IME, ISOC e ICYT. Se trata de ÍnDICEs-CSIC. Este nuevo portal aglutina los registros de estas tres bases de datos y actualmente están en proceso de depuración de datos, eliminando duplicados, comprobando enlaces… Aunque por ahora no hay inclusión de nuevos registros en la sección IME, sí hay nuevos documentos que se incorporan ahora y están clasificados bajo Ciencias Médicas. Se trata de los artículos de algunas revistas seleccionadas para la antigua base de datos ICYT de disciplinas como Farmacología, Enfermería o similares.

InDICEs-CSIC

No obstante, la nueva plataforma permite que los editores colaboren fácilmente en la actualización de datos. Si eres editor de una revista española y quieres que sea consultable a través del nuevo InDICEs, puedes escribir a indices@csic.es para solicitar el alta como editor. La inclusión de los datos se hace a partir de una plantilla que te será facilitada, donde podrás incluir, en formato XML, los metadatos de los artículos conforme al estándar Dublin Core. Una vez enviada esta plantilla, un equipo de documentalistas comprobará los datos antes de darles el ok para aparecer en InDICEs. Una manera muy fácil de dar visibilidad a tu publicación.

Hay que indicar también que ÍnDICEs es de consulta libre, aunque la suscripción te permite acceder a la versión avanzada a las bases de datos y a los servicios de personalización.

Puedes consultar ÍnDICEs-CSIC y toda la información sobre esta herramienta en el siguiente enlace:

https://indices.csic.es/
https://indices.csic.es/
https://indices.csic.es/

 

MeSH on Demand


MeSH on Demand es una herramienta del Medical Text Indexer (MTI), producida por la Biblioteca Nacional de Medicina de EEUU, que sugiere términos de indexación del vocabulario MeSH.

¿Y para qué podemos usarlo? Por ejemplo, cuando queremos enviar nuestro artículo para su publicación es posible que nos pidan (o que queramos) añadir palabras clave. Seleccionar las palabras clave adecuadas es importante para facilitar la localización posterior de nuestro artículo, y podemos asignarlas a partir de los términos MeSH que mejor lo describan. También podemos investigar qué hay publicado sobre nuestro tema basándonos en los términos MeSH generados a partir de nuestro artículo. Así podemos utilizar esta herramienta como apoyo a la hora de decidir a qué revista enviar nuestro artículo.

Mesh on Demand

¿Cómo funciona? Desde MeSh on Demand podemos introducir nuestro texto en inglés (un máximo de 10.000 caracteres) y pinchamos en el botón Search. La herramienta hará un análisis del texto después de haberlo formateado a caracteres ingleses (por ejemplo si hemos dejado tildes o caracteres propios de otros idiomas) y mostrará varias palabras resaltadas y un listado de descriptores MeSH que se corresponden con el texto marcado. En algunos casos, el MTI sugerirá términos adicionales relacionados con los descriptores sugeridos. Además, justo debajo del texto que hemos introducido, MeSH on Demand nos proporciona un listado de hasta 10 artículos de PubMed similares a nuestro texto, basados en los descriptores sugeridos.

Otra utilidad es la de poder hacer búsquedas bibliográficas en PubMed con los términos MeSH adecuados partiendo de un texto libre introducido en la herramienta. Veremos un botón que dice Start PubMed Search. Si lo pulsamos, nos llevará a otra página donde podremos seleccionar aquellos descriptores sugeridos en la página anterior. Una vez seleccionados, se generará de manera automática una estrategia de búsqueda y se lanzará en PubMed, donde veremos los resultados de esa búsqueda.

En esta página tenéis un videotutorial de 5 minutos sobre el uso de MeSH on Demand:

https://www.nlm.nih.gov/research/umls/user_education/quick_tours/MoD/MoD1.html

Y si queréis empezar a usar MeSH on Demand, aquí tenéis la dirección. Directa a favoritos:

https://meshb.nlm.nih.gov/MeSHonDemand
https://meshb.nlm.nih.gov/MeSHonDemand
https://meshb.nlm.nih.gov/MeSHonDemand

Gracias por este 2017. Feliz Año 2018.


El balance de 2017 ha sido bueno. A nivel laboral lo termino con más clientes satisfechos y trabajos que llenan mi tiempo de tareas interesantes que me han hecho crecer y aprender un poquito más todos los días. Además de dar servicio a varios hospitales y algunos laboratorios como Librarian as a Service, he liderado un proyecto de formación online a nivel europeo dentro de EAHIL, dado formación presencial en varias instituciones, asistido a congresos donde he presentado mi primera comunicación oral en inglés, participado en un grupo de trabajo de bibliotecas médicas en BiblioMadSalud, colaborado en un libro con un capítulo específico (saldrá, espero, el próximo año: os avisaré) y me hicieron una entrevista en la radio

A nivel personal he viajado, he conocido a muchos profesionales que se han convertido en amigos, he leído y visto muchas series en inglés. He ido a conciertos, a exposiciones, a restaurantes. He disfrutado de los amigos de siempre y me he alegrado con sus buenas noticias.

Ha sido un año largo, pero se me ha pasado rápido. Y tú has estado ahí, de alguna manera has hecho que mi faceta laboral o personal haya sido excepcional y quiero agradecértelo y pedirte que sigas formando parte de todo esto en 2018. Feliz año.

Feliz Año 2018 Bibliovirtual

 

Search Workbench – compara y comprende tus búsquedas en PubMed


Esta mañana he estado probando una nueva herramienta creada por Edwin Sperr, Clinical Information Librarian en la Universidad de Augusta/Universidad de Georgia (EEUU). La herramienta deriva de su trabajo en Visualizing PubMed y se llama Search Workbench.

Cuando queremos realizar una búsqueda compleja en PubMed tenemos que pensar en unir los términos de nuestra búsqueda con lógica Booleana, es decir, usando los conectores AND, OR o NOT. Como utilidad primaria, esta herramienta te puede ayudar a entender el uso de los operadores booleanos, ya que muestra los resultados en un diagrama de Venn. En el siguiente ejemplo vemos los resultados de introducir el operador OR o el operador AND con los mismos términos. ¿Ves la diferencia de resultados al utilizar un operador u otro? (pincha en la imagen para agrandar)

diferencia entre AND y OR

Esta herramienta además ofrece una visualización por años de publicación en PubMed, de manera que podemos ver cuándo se ha comenzado a investigar y publicar más sobre un tema en concreto. En el siguiente ejemplo vemos que fue a partir del año 2010 cuando se empezó a publicar sobre la cirugía laparoscópica de puerto único:

comparación de una estrategia y sus años

Hay veces que realizas una búsqueda en PubMed y la lanzas varias veces modificando algunos términos, ya que quieres comprobar el grado de relevancia de los resultados utilizando un término u otro. Comparar esos resultados, ver cuáles son los artículos que son sólo de una de las estrategias y no de la otra, puede ser bastante engorroso con la interfaz actual de PubMed. Search Workbench permite ver los resultados de una estrategia de manera gráfica utilizando un diagrama de Venn. En este ejemplo comparamos dos estrategias, una usando cirugía laparoscópica como término MeSH y en la otra como término Major Topic. Como veis hay pocos artículos de diferencia:

comparar dos búsquedas

Para ver cuáles son los artículos únicos de una búsqueda puedes pinchar en el botón Show Unique Records. En este caso, todos los artículos que recupera la búsqueda usando Major Topic se recuperan también en la otra búsqueda, por lo que no aparece ningún artículo único. Podríamos hacer esto a mano combinando las dos búsquedas con un NOT, pero existiendo una herramienta como esta, que nos facilita la vida, tampoco hace falta ir a PubMed a complicarla, ¿no?

Espero que os resulte de utilidad. Probadla porque tiene alguna cosa más que os puede interesar:

https://searchworkbench.info
https://searchworkbench.info
https://searchworkbench.info