Cómo estructurar un artículo científico


Ya están disponibles los datos del Factor de Impacto del año 2017 a través del JCR de la Web of Science, y el ranking 2017 de revistas de SCIMago, denominado SJR.

La información con la que se elabora este ranking se extrae de la base de datos SCOPUS (Elsevier) y, al igual que el Factor de Impacto, se usa para evaluar y analizar las publicaciones científicas. El algoritmo que se usa en el SJR no es el mismo que se utiliza para calcular el Factor de Impacto. En el artículo The SJR indicator: A new indicator of journals’ scientific prestige tenéis más información.

Al final, y en términos muy generales, la idea en ambos casos es medir la visibilidad de un artículo científico a partir de las citas que recibe.

Ten simple rules for structuring papers

Fig 1. Summary of a paper’s structural elements at three spatial scales: Across sections, across paragraphs, and within paragraphs. Note that the abstract is special in that it contains all three elements (Context, Content, and Conclusion), thus comprising all three colors.

 

Ahora bien, para empezar a recibir citas es necesario que el artículo ya esté publicado. Si hablamos de revistas serias, este artículo habrá tenido que pasar un proceso de revisión en el que no sólo se tiene en cuenta el contenido, sino también la forma. Para facilitaros la tarea, os dejo aquí un artículo muy interesante que os puede ayudar: Ten simple rules for structuring papers.

 

 

 

Mensh B, Kording K (2017) Ten simple rules for structuring papers. PLoS Comput Biol 13(9): e1005619. https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1005619

 

MeSH on Demand


MeSH on Demand es una herramienta del Medical Text Indexer (MTI), producida por la Biblioteca Nacional de Medicina de EEUU, que sugiere términos de indexación del vocabulario MeSH.

¿Y para qué podemos usarlo? Por ejemplo, cuando queremos enviar nuestro artículo para su publicación es posible que nos pidan (o que queramos) añadir palabras clave. Seleccionar las palabras clave adecuadas es importante para facilitar la localización posterior de nuestro artículo, y podemos asignarlas a partir de los términos MeSH que mejor lo describan. También podemos investigar qué hay publicado sobre nuestro tema basándonos en los términos MeSH generados a partir de nuestro artículo. Así podemos utilizar esta herramienta como apoyo a la hora de decidir a qué revista enviar nuestro artículo.

Mesh on Demand

¿Cómo funciona? Desde MeSh on Demand podemos introducir nuestro texto en inglés (un máximo de 10.000 caracteres) y pinchamos en el botón Search. La herramienta hará un análisis del texto después de haberlo formateado a caracteres ingleses (por ejemplo si hemos dejado tildes o caracteres propios de otros idiomas) y mostrará varias palabras resaltadas y un listado de descriptores MeSH que se corresponden con el texto marcado. En algunos casos, el MTI sugerirá términos adicionales relacionados con los descriptores sugeridos. Además, justo debajo del texto que hemos introducido, MeSH on Demand nos proporciona un listado de hasta 10 artículos de PubMed similares a nuestro texto, basados en los descriptores sugeridos.

Otra utilidad es la de poder hacer búsquedas bibliográficas en PubMed con los términos MeSH adecuados partiendo de un texto libre introducido en la herramienta. Veremos un botón que dice Start PubMed Search. Si lo pulsamos, nos llevará a otra página donde podremos seleccionar aquellos descriptores sugeridos en la página anterior. Una vez seleccionados, se generará de manera automática una estrategia de búsqueda y se lanzará en PubMed, donde veremos los resultados de esa búsqueda.

En esta página tenéis un videotutorial de 5 minutos sobre el uso de MeSH on Demand:

https://www.nlm.nih.gov/research/umls/user_education/quick_tours/MoD/MoD1.html

Y si queréis empezar a usar MeSH on Demand, aquí tenéis la dirección. Directa a favoritos:

https://meshb.nlm.nih.gov/MeSHonDemand
https://meshb.nlm.nih.gov/MeSHonDemand
https://meshb.nlm.nih.gov/MeSHonDemand

A propósito de enseñar a hacer una búsqueda bibliográfica


La semana pasada sustituí a una compañera en la Escuela Universitaria de Enfermería de la Fundación Jiménez Díaz (Madrid) en la asignatura optativa Documentación y Lectura Crítica, de 2º de Enfermería. Sólo iba a dar 4 horas de la asignatura, así que quedé con la profesora titular en que haría una introducción basándome en las primeras unidades. Mi idea era empezar explicando la importancia de ser críticos con la información que nos llega (o nos encontramos), tanto en Internet como en cualquier otro ámbito. También quería explicarles que si se entiende el funcionamiento de una base de datos es más fácil luego utilizarla y extraer la información relevante de ellas. Otro de mis objetivos era que salieran de clase entendiendo para qué servían los tesauros y cómo funcionaban.

Quienes me seguís en Twitter (@bibliovirtual) sabéis que de vez en cuando me salen hilos de conversación donde comento temas relacionados con las bibliotecas médicas o sus profesionales.

Esta mañana me topé con una frase de R.L. Ackoff, de su obra “The Design of Social Research” (1953), que me hubiera gustado mostrarle a mis alumnos de 2º de Enfermería, pero que no llegué a ella antes de las clases, así que la puse en Twitter:

Un problema correctamente planteado está parcialmente resuelto.

A ese tuit le siguió otro porque quería explicar la importancia de comenzar cualquier investigación con una pregunta correctamente planteada. Cuando me quise dar cuenta había creado un hilo. Ha tenido tanto éxito que he decidido añadirlo aquí para quienes no usan Twitter. He usado la herramienta Spooler para convertir el hilo en texto plano. Pensad que cada tuit puede contener un máximo de 280 caracteres. La negrita la he añadido en este post, no se encuentra en Twitter:

Para mis alumnos de 2º de enfermería del otro día, recordad: “Un problema correctamente planteado está parcialmente resuelto” Ackoff, 1953. Un estudio o una investigación ha de comenzar con una pregunta de investigación correctamente planteada. Ha de ser concisa y clara, y se ha de poder descomponer en formato PICO (Patient, Intervention, Comparation, Outcome)

Cada paso se ve facilitado si el anterior se ha realizado bien. Al contrario, si uno de los pasos no está bien planteado o realizado, los siguientes nos llevarán a un resultado no real, erróneo. De ahí la importancia de saber formular bien una pregunta de investigación. El Investigador Principal debería consultar con el Metodólogo. Para mí es una figura clave en una Investigación para, por ejemplo, una revisión sistemática. El equipo de investigadores y metodólogo definirán los apartados de la pregunta PICO y será el Documentalista quien formule la estrategia de búsqueda. Es importante que exista comunicación para no dejar fuera de la estrategia ningún elemento clave.

El primer paso es identificar todos los conceptos de cada apartado PICO. Después, una vez identificada la base o bases de datos donde se va a buscar, se traducirán esos conceptos al lenguaje específico del tesauro correspondiente. Por ejemplo, en PubMed y MedLine se usa MeSH. En Embase se utiliza Emtree. Es importante saberlo porque esto implica que no puedes “copiar y pegar” una estrategia hecha en PubMed para hacerla igual en Embase. La pregunta y los términos son los mismos, los descriptores del tesauro no lo son.

Los operadores booleanos son iguales: AND, OR, NOT. Pero en algunas bases de datos se toma por defecto el AND entre los términos, aunque no se especifique. Es importante emplear 5min en leer cómo se usa la base de datos que vamos a usar.

Como regla general, vamos a ir haciendo búsquedas simples con cada término de la pregunta PICO. Cada apartado puede estar formado por más de un término, del cual vamos a necesitar su descriptor (si lo tiene) y sus sinónimos, que uniremos con OR. ¿Que por qué usaremos los sinónimos? Porque hay algunos artículos que aún no están indexados con descriptores, con el tesauro. Por ejemplo, en PubMed son documentalistas quienes indexan y otorgan MeSH a los artículos. No todos los artículos que incluye PubMed tienen MeSH, los más recientes de algunas revistas tardan en disponer de descriptores y la única forma de recuperarlos en una búsqueda es a través de palabras clave.

Como os decía: para cada elemento de la pregunta PICO buscamos por separado descriptor y sinónimos. Vamos construyendo primero la estrategia de búsqueda para la P. Cuando la tenemos, pasamos a la I siguiendo los mismos pasos. Es importante ir viendo los resultados de cada búsqueda para detectar posibles errores. Puede que hayamos equivocado un operador booleano o uno de los sinónimos nos esté devolviendo demasiado ruido. Es importante ir ajustando cada búsqueda simple. Cada elemento de la pregunta PICO se unirá con AND. La mayor parte de las veces sólo haremos la búsqueda de PIC, incluso sólo la PI. Depende de la pregunta de investigación. La O será determinada por los expertos que hagan la lectura crítica.

Pensad que hacer la estrategia de búsqueda a partir de la pregunta de investigación es un trabajo en equipo y puede llevar unas 20 horas de trabajo especializado. Entended la importancia de contar con un bibliotecario o documentalista experto en Ciencias de la Salud. Y de contar con un Metodólogo y un Bioestadístico. Esto no quita para que cada miembro del equipo entienda un poco del trabajo del resto, pero es bueno que cada uno se pueda centrar en lo suyo.

Los resultados de la búsqueda se trasladarán a un gestor de referencias, mejor uno que permita el trabajo colaborativo, para que los expertos puedan hacer la lectura crítica de los artículos recuperados. Es importante que la fase de búsqueda no haya dejado fuera ningún artículo. Y es importante la fase de lectura crítica porque será la que determine las conclusiones finales.

Escuela Universitaria Enfermería - FJD

 

Más enlaces interesantes:

Enlace al hilo de Twitter:

María bibliovirtual en Twitter -hilo-
María bibliovirtual en Twitter -hilo-
María bibliovirtual en Twitter -hilo-

 

 

Search Workbench – compara y comprende tus búsquedas en PubMed


Esta mañana he estado probando una nueva herramienta creada por Edwin Sperr, Clinical Information Librarian en la Universidad de Augusta/Universidad de Georgia (EEUU). La herramienta deriva de su trabajo en Visualizing PubMed y se llama Search Workbench.

Cuando queremos realizar una búsqueda compleja en PubMed tenemos que pensar en unir los términos de nuestra búsqueda con lógica Booleana, es decir, usando los conectores AND, OR o NOT. Como utilidad primaria, esta herramienta te puede ayudar a entender el uso de los operadores booleanos, ya que muestra los resultados en un diagrama de Venn. En el siguiente ejemplo vemos los resultados de introducir el operador OR o el operador AND con los mismos términos. ¿Ves la diferencia de resultados al utilizar un operador u otro? (pincha en la imagen para agrandar)

diferencia entre AND y OR

Esta herramienta además ofrece una visualización por años de publicación en PubMed, de manera que podemos ver cuándo se ha comenzado a investigar y publicar más sobre un tema en concreto. En el siguiente ejemplo vemos que fue a partir del año 2010 cuando se empezó a publicar sobre la cirugía laparoscópica de puerto único:

comparación de una estrategia y sus años

Hay veces que realizas una búsqueda en PubMed y la lanzas varias veces modificando algunos términos, ya que quieres comprobar el grado de relevancia de los resultados utilizando un término u otro. Comparar esos resultados, ver cuáles son los artículos que son sólo de una de las estrategias y no de la otra, puede ser bastante engorroso con la interfaz actual de PubMed. Search Workbench permite ver los resultados de una estrategia de manera gráfica utilizando un diagrama de Venn. En este ejemplo comparamos dos estrategias, una usando cirugía laparoscópica como término MeSH y en la otra como término Major Topic. Como veis hay pocos artículos de diferencia:

comparar dos búsquedas

Para ver cuáles son los artículos únicos de una búsqueda puedes pinchar en el botón Show Unique Records. En este caso, todos los artículos que recupera la búsqueda usando Major Topic se recuperan también en la otra búsqueda, por lo que no aparece ningún artículo único. Podríamos hacer esto a mano combinando las dos búsquedas con un NOT, pero existiendo una herramienta como esta, que nos facilita la vida, tampoco hace falta ir a PubMed a complicarla, ¿no?

Espero que os resulte de utilidad. Probadla porque tiene alguna cosa más que os puede interesar:

https://searchworkbench.info
https://searchworkbench.info
https://searchworkbench.info

Plagio en trabajos científicos


Hace poco, comentaba con un usuario de la biblioteca el tema del plagio en la publicación científica. Salían temas desde la publicación de artículos casi copiados palabra a palabra de otro artículo anterior, como del envío del mismo manuscrito con pequeñas variaciones y diferente título a varias revistas, como la realización de una investigación copiando el método de otra anterior, llegando al mismo resultado y publicándolo como original. También comentábamos que a veces podría darse el caso de dos investigadores llegando a las mismas conclusiones casi al mismo tiempo sin tener conocimiento del trabajo del otro investigador.

¿Cuándo hablamos de plagio? La acepción más aceptada es la que define el plagio como aquella apropiación del producto intelectual de otra persona dando a entender o afirmando que es fruto del trabajo propio.

Os decía que uno de los comentarios que surgieron en la conversación era la de la reproducción de una investigación. De hecho, para que un estudio sea válido ha de ser reproducible. Cada vez que se reproduce un estudio y se publica se debería citar la primera investigación y aportar los resultados de manera que puedan apoyar o refutar las conclusiones de la original. Cuando se copia parte del artículo publicado por otra persona y se presenta como propio también estaríamos hablando de plagio. El plagio puede ser intencionado, pero también puede que nosotros mismos estemos plagiando sin saberlo. En el blog de Neoscentia (siempre de lectura imprescindible) tenéis más información en el post “Todo lo que necesitas saber para evitar el plagio en tu tesis“.

Pero ¿quién debe proteger a los lectores/investigadores de este plagio? Las grandes editoriales ya cuentan con herramientas para comprobar si los artículos que les llegan para publicar coinciden con otros ya publicados. No suele ser un software propio, que sólo podría hacer comprobaciones en sus archivos o en aquello que esté libre en internet, sino suscripciones a herramientas que se nutren de la información de varios clientes.

Aunque es imposible comparar con todo lo publicado hasta la fecha, la herramienta Similarity Check, de CrossRef (te suena porque también es una de las agencias de registro del DOI), tiene dos funcionalidades: por un lado cuenta con una base de datos a texto completo de las copias y material de archivo de los miembros participantes (editoriales y sociedades principalmente) y por otro acceso a la herramienta de comprobación de plagios iThenticate (de Turnitin). Los grandes grupos editoriales usan Similarity Check para comprobar plagios.

Habrá más herramientas, pero creo que lo ideal sería tener una base de datos en común donde consultar todas las publicaciones.

¿Pero qué pasa si sospechas que alguien te ha plagiado? Es muy probable que en algunas revistas depredadoras (tengo un post pendiente al respecto) no se haga una comprobación de plagio. De hecho en muchas ni siquiera hay una revisión por pares del artículo. Es posible que quieras utilizar alguna de las herramientas gratuitas que tienes en el mercado y que te permitirán introducir una cadena de caracteres que se comparará con infinidad de documentos en páginas web. No serán lo más fiable del mercado, pero algo pueden hacer. En la Universidad de Murcia han recopilado unas cuantas.

En fin, este es un tema complejo que daría para muchos comentarios, ejemplos y anécdotas. ¿Conoces herramientas útiles que quieras compartir? ¿Te plagiaron y te enteraste? Adelante, el apartado comentarios es gratis.

 

Pubmed: acceso al texto completo a través de repositorios institucionales


Ayer nos anunciaban desde la NLM una nueva característica de PubMed: la posibilidad de acceder al texto completo de los artículos depositados en repositorios institucionales. Hasta este año existían tres formas de acceder al texto completo de los artículos desde PubMed:

  • Icono del editor que enlazaba directamente con el artículo en la revista (puede requerir la suscripción a la misma)
  • Icono con enlace a PMC (PubMed Central) que lleva al texto completo gratuito.
  • DOI que enlaza directamente con el artículo en la web de la revista (puede requerir suscripción a la misma)

Ahora PubMed añade nuevos iconos a repositorios institucionales (que han de solicitar su inclusión) y que permitirían el acceso al texto completo de artículos que en principio son de pago en las web de sus revistas, pero que al haber sido depositados en repositorios institucionales están disponibles de forma gratuita para la comunidad investigadora (conocido normalmente como green open access).

En la imagen podéis ver dónde localizar estos enlaces LinkOut:

resources

 

Por ahora, sólo 4 repositorios participan en esta iniciativa. Si conoces algún repositorio institucional que proporcione acceso al texto completo o bien quieres proponer el repositorio de tu institución para que aparezca en PubMed, puedes escribir para solicitarlo. Tienes toda la información aquí.

 

También te puede interesar leer este post que publiqué sobre acceso al texto completo gratuito de artículos.

 

 

PubMed Journals


Hace más de 5 años que desapareció la base de datos de revistas de NCBI, que pasó a integrarse en el catálogo de la NLM. Ahora vuelve a aparecer, esta vez con novedades y una nueva fachada de la mano de Pubmed Labs.

pubmed journals

PubMed Journals te permitirá:

  • Encontrar y seguir revistas de tu interés
  • Buscar nuevos artículos en tus revistas preferidas
  • Mantenerte al día gracias al Journal News Feed, que te permitirá conocer qué revistas se incorporan, nuevos enlaces, actualizaciones importantes de artículos…

El acceso a PubMed Journals se hace desde este enlace o bien desde la nueva home de PubMed (en unos días verás que la han actualizado con más información).

Lo primero que verás al acceder a PubMed Journals es un listado de los títulos más populares. Si pinchas en el título de uno de ellos podrás navegar en el contenido más reciente. Para empezar a seguir un título desde PubMed Journals es necesario estar registrado en NCBI. Si ya tienes usuario para acceder a PubMed, puedes utilizarlo también para acceder al perfil privado de PubMed Journals. Los títulos que vayas siguiendo irán apareciendo al inicio de la página de PMJ (mientras estés registrado con usuario y contraseña):

follow-journals

En el menú lateral de la página vemos un adelanto de los artículos publicados en los últimos números de las revistas que estamos siguiendo.

Cuando pinchas en el título de una revista, podrás ver en la parte central de la página un listado con los últimos artículos publicados. Aquellos artículos que sean revisiones están marcados con un “Review Article“. En el menú lateral ahora nos mostrará un listado de los artículos publicados en esa revista en los últimos números. Al final de este listado tenemos una cajita con información sobre la revista y que se extrae del catálogo de la NLM:moreinfo

De cada artículo se muestra el título, referencia, unas líneas del resumen y el PMID y el DOI del artículo. Si pinchamos en el título se abre una nueva página con la referencia y resumen completo del artículo y un enlace para acceder directamente al artículo en la revista original. Además, en el menú lateral derecho podemos ver un listado de artículos similares. Es la misma información que se encuentra al buscar el artículo en PubMed:

Artículo en PubMed Journals

Artículo en PubMed Journals

El mismo artículo en PubMed

El mismo artículo en PubMed

PubMed Journals es un experimento de PubMed Labs, por lo que no es seguro que sea algo continuo o mantenido en el tiempo, pero agradecen feedback y comentarios, así que no tengáis problema en enviar vuestras impresiones y sugerencias sobre esta nueva herramienta:

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/labs/journals/
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/labs/journals/
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/labs/journals/