Search-a-Thon es el último proyecto en el que me he embarcado. El año pasado empecé a acudir como voluntaria a varios de los hackathones organizados por HackathonLovers. Tras ver cómo funcionaban, decidí, animada por una amiga, intentar hacer algo parecido pero enfocado en mi trabajo. En marzo-abril empecé a darle forma, contactar con posibles colaboradores, buscar patrocinios, preparar la web y en septiembre lo hice público.
¿En qué consiste?
Un hackathon es un evento lúdico y competitivo donde se propone un problema que ha de resolverse por equipos en un periodo de tiempo corto (entre uno y dos días normalmente). En los hackathon el problema se suele resolver con el desarrollo de una aplicación, una web, un algoritmo o un prototipo. La premisa me venía muy bien porque esto es, precisamente, lo que hacemos en una investigación: hay un problema y hay que resolverlo.
Por otro lado, otra de las tareas que hago como bibliotecaria/documentalista especializada en Ciencias de la Salud es la formación de personal sanitario en búsquedas bibliográficas y en gestores de referencias (entre otras cosas).
Así, con la idea del hackathon y con la de las formaciones, decidí unirlas y crear un evento en el que se dieran las dos cosas. El nombre era fácil: search (buscar)-athon (como terminación de marathon). La iniciativa era buena y no me costó conseguir que otros colegas y amigos se unieran a colaborar.
Pero, ¿en qué consiste? Bien, el Search-a-Thon tendrá lugar durante un sábado y parte de un domingo en Madrid (16 y 17 de noviembre de 2019). El sábado comenzaremos con varias charlas y talleres relacionados con la metodología de la investigación, las búsquedas bibliográficas y los gestores de referencias.
Luego formaremos equipos, un máximo de 5 componentes por equipos aunque lo ideal es que sean 4. Estos equipos se intentará que sean multidisciplinares porque en la diversidad es donde encontramos la excelencia. Para mí, el equipo ideal debería contar con perfiles diferentes (medicina, enfermería, bibliotecas, investigación, biología, etc. también estudiantes de cualquier rama biosanitaria) para que los conocimientos de todos se complementen entre sí. Una vez que los equipos estén formados lanzaremos una pregunta o un caso clínico o de intervención. Cada equipo tendrá que desarrollar la estrategia de búsqueda para MedLine (a través de PubMed, por ejemplo), en EMBASE y en Cochrane, descargar los resultados a un gestor de referencias (Zotero o Mendeley) y entregar al jurado una plantilla -las daremos nosotros- con el informe de búsqueda. Durante este tiempo, los mentores estarán dando apoyo a los participantes, resolviendo dudas y guiando. Recordad que el fin último es el aprendizaje, aunque tenga un punto de competición también.
¿Cómo participar?
Es necesario inscribirse y adquirir las entradas. De todas formas en nuestra web tienes toda la información:
Si quieres colaborar pero no puedes participar, se han dejado también unas entradas de donación que ayudarán a llevar a cabo el evento. Contamos con tres patrocinadores pero no nos cubren todos los gastos, así que cualquier ayuda es bienvenida :)
Hoy os traigo un post para plantear una cuestión. De un tiempo a esta parte está aumentando el número de revistas que yo llamo «hermanas». Muchas revistas indexadas en JCR, con su cuartil y su factor de impacto, tienen revistas de temática similar que normalmente son Open Access (OA) o aceptan la publicación en OA, pero no están indexadas.
Es posible que os haya pasado que al recibir una negativa de publicación en una de estas revistas indexadas, el mismo editor os sugiera la publicación en otra de sus revistas, de la misma especialidad, nombre parecido en muchos casos, pero que no está indexada. Y aquí surge la duda: tus revisores me han rechazado el manuscrito en tu revista indexada pero me estás diciendo que me lo vas a publicar en tu revista «hermana». Puede que sea OA, así que además deberé pagar por los APC (Article Processing Charge). No sabemos si la intención de estos editores es alimentar estas revistas de cara al Plan S (en el caso de que sean revistas totalmente Open Access), si quieren llevarse el artículo a su negociado quizás para empezar a alimentar una revista OA que puede llegar a posicionarse por citas (no es lo suficientemente bueno o impactante como para publicarlo en la revista principal, pero tampoco es lo suficientemente malo como para preferir que lo publique otra editorial).
Y aquí surge la duda: investigadores y autores que quieren publicar los resultados de sus investigaciones y observaciones, pero que al mismo tiempo se sienten apurados por la presión de tener que publicar en revistas indexadas y a ser posible con alto factor de impacto, ya sea para una acreditación ANECA (en España) o consecución de fondos o becas para seguir investigando y publicando.
¿No es hora de empezar a evaluar a los autores por sus trabajos y no por la revista en la que se publican? ¿Será el Plan S una solución a pesar de todos los flecos que parece que tiene? ¿Qué alternativas ofrecerán las editoriales que ahora están tan a gusto con su modelo de negocio? Está claro que se avecinan grandes cambios, pero hasta que lleguen: ¿cuál es la mejor opción?
La International Society for Medical Publication Professionals publicó hace poco el libro blanco sobre las partes interesadas en Open Access, sobre todo de cara al Plan S que entrará en vigor próximamente. El libro está en inglés pero es fácil de leer:
Zotero es el gestor de referencias que enseño en mis formaciones a profesionales sanitarios (y últimamente también a no sanitarios). Es una herramienta open source y gratuita, muy versátil, intuitiva y tan útil que una vez que empiezas a usarla no sabes cómo has vivido hasta ese momento sin ella. No exagero.
Zotero suele ir incluyendo actualizaciones y características relativamente a menudo. La última se anunció ayer 14 de junio y hoy ya está funcionando. Si ya usas Zotero sólo tienes que actualizar a la última versión.
Retraction Watch es la mayor base de datos de artículos retractados, correcciones y expresiones de preocupación (expression of concern). Puede que alguno se pregunte por qué los artículos retractados siguen estando disponibles. Primero porque son parte de la historia de la Medicina, también porque sirven como prueba de que hay algo que está mal, se ha comprobado y se ha corregido. Además es casi imposible eliminar estos artículos. Pensad en aquellos que se hayan publicado en revisas en papel o los que ya hayan sido descargados como copia local en pdf. ¿Y si además ya han sido citados en otros trabajos?
Y ahí está el gran problema: citar trabajos que han sido retractados. ¿Cómo podemos saber que tienen una enmienda o han sido retractados? En Pubmed ya aparecen estos artículos marcados para que al localizarlos no tengas ninguna duda (en septiembre de 2018 me encontré mi primer aviso de este tipo en Pubmed):
Pero puede que Pubmed no sea tu fuente de búsqueda, sino otra base de datos o la propia revista. Consultar Retraction Watch para cada una de tus referencias puede ser eterno si lo haces, por ejemplo, para tu tesis. Con Zotero ahora todo es más fácil: han llegado a un acuerdo con Retraction Watch, de manera que cada vez que guardas una referencia de un artículo retractado, Zotero te avisa poniendo una X delante. Si esa cita la incluiste antes de que el artículo fuera retractado, al actualizar Zotero se actualizará también la información y aparecerá la alerta:
Y también te avisará cuando vayas a incluir una cita en tu documento y la cita pertenezca a un artículo retractado:
Resumiendo, si aún no usáis Zotero como vuestro gestor de referencias de cabecera, estáis tardando. La descarga es gratuita:
En el post invitado de hoy participa Elena Pastor, documentalista especializada en Ciencias de la Salud que actualmente trabaja como bibliotecaria en Bibliosalut.com y es parte del grupo de trabajo del canal de Telegram Investiga, que algo queda. Elena, como todas las bibliotecarias del sector, vemos cómo muchos de nuestros usuarios hacen un uso indiscriminado de la web sci-hub, sin saber muy bien en qué consiste, cómo funciona o quién está detrás. En el post de hoy Elena Pastor nos habla de esta web:
Si consultamos la Wikipedia podemos ver que
Sci-hub es un repositorio y página web de más de 62 millones de artículos académicos. Fue fundado por Alexandra Elbakyan, de Kazajistán, el 5 de septiembre del 2011, como reacción contra el alto coste de compra de los artículos académicos.
La propia creadora de esta web, Alexandra Elbakyan, como investigadora de un país emergente como es Kazajistán, no podía acceder a los artículos que necesitaba para sus trabajos, seguramente por falta de medios de su centro, y debido a los precios de los artículos no podía asumir su compra personalmente. Es en ese momento cuando decide crear una web que se saltase los paywall y así poder dar acceso a todo el contenido científico a otros investigadores que, igual que ella, contaban con un acceso limitado a los recursos. Entonces, ¿en qué momento se pervirtió este sistema que ofrecía una visión tan ideal? Pues cuando los profesionales de los países occidentales, los cuales sí podían acceder a los artículos porque sus bibliotecas pagan suscripciones y en muchos casos sí podían asumir la compra personalmente, empezaron a utilizarlo.
Desde hace un tiempo el uso de Sci-Hub por parte de los usuarios lleva por la calle de la amargura a las documentalistas de bibliotecas especializadas porque no les llegamos a hacer entender que no hace falta piratear para poder conseguir los artículos. Tenemos un sistema de préstamo interbibliotecario a nivel español que funciona perfectamente, podríamos decir que es una rueda muy bien engrasada. Además, en algunas bibliotecas, entre ellas Bibliosalut.com, podemos solicitar artículos a otros consorcios europeos como el italiano NILDE o el alemán SUBITO, así que difícilmente damos respuesta negativa a las peticiones: en nuestra biblioteca servimos a nuestros usuarios el 94% de las peticiones totales, durante 2018 sólo un 4,89% fue imposible encontrarlas en otras bibliotecas españolas o europeas.
Muchos de estos usuarios ni siquiera saben cómo funciona Sci-Hub. Este repositorio se nutre de los contenidos que suscriben las bibliotecas, especialmente las universitarias. Colaboradores de este repositorio acceden a las publicaciones a través de las bibliotecas de las universidades y descargan en sus servidores el máximo número de referencias, creando un problema a estos centros porque los proveedores detectan un uso inadecuado de los recursos y cortan esa suscripción, por lo que los investigadores de esa universidad ya no puede acceder. Paradójicamente, muchos acabarán entrando a Sci-Hub para acceder a las referencias a las que tenían acceso antes del pirateo.
Cuando pregunto a los usuarios si conocen cómo consigue Sci-Hub los artículos no lo saben; cuando les pregunto si creen que piratean o lo hacen porque están totalmente de acuerdo con el acceso abierto a las referencias todos dicen, convencidísimos, que sí, que quieren todo en acceso abierto, pero cuál es la sorpresa cuando, si analizamos la producción científica de ese profesional, vemos que no ha publicado ninguno o casi ningún artículo en Open Access. He aquí la paradoja, no queremos a las editoriales y los pirateamos cual Robin Hood pero no salimos de su sistema a la hora de publicar.
He aquí la paradoja, no queremos a las editoriales y los pirateamos cual Robin Hood pero no salimos de su sistema a la hora de publicar.
Muchos usuarios se quejan porque para solicitar un artículo tienen que hacer demasiados clics y eso les quita tiempo. Durante estos meses he tenido que utilizar mi biblioteca como usuaria, estoy en el proceso de redacción de mi trabajo de final de máster y me he dado cuenta de lo maravillosa que es. Cabe decir que no soy una de las que tramitan las peticiones así que no me estoy tirando flores a mí misma. Empecé a hacer las búsquedas y muchos artículos estaban accesibles en Open Access, fui guardándolos en mi gestor bibliográfico y los que no podía tener en ese momento los fui pidiendo. En mi gestor guardé unos 20 ó 30 artículos, tenía que ir leyéndolos, así que no necesitaba los 80 que encontré porque no me los leería al momento. En pocos días tuve todos los artículos que había solicitado a mi biblioteca sin problemas y sin necesidad de piratear nada.
Además, tenemos diferentes sistemas para poder acceder a muchos artículos de forma gratuita y legal, María lo explica en su entrada Acceso al pdf gratuito de forma legal, gracias a complementos como UnpayWall podemos saber en el momento en el que hacemos la búsqueda si ese artículo está accesible porque el candado se pone en color verde, puede que sea el artículo enviado a la revista o el depositado en el repositorio (legal) de turno.
Sabemos que es difícil acabar con el pirateo, pero debemos ser conscientes de que, sea o no lícito el fondo, la realidad es que se está robando y se hace a la propia biblioteca, a la que no llegamos a acceder porque creemos que hay demasiados clics para acceder al texto completo.
Como usuarios nuestros profesionales deben saber que en la biblioteca:
Dejamos de controlar cuáles son sus necesidades. Si no nos solicitan artículos no sabemos cuáles son las revistas que más consultan y, por lo tanto, no podemos pedir que se suscriban.
Con la bajada del uso de los recursos de la biblioteca las estadísticas bajan y, sin uso, los recursos tienen que eliminarse. Podéis ver en las estadísticas de nuestra biblioteca cómo ha bajado el presupuesto durante estos últimos años y cómo ha bajado el uso del Servicio de Obtención de Documentos.
Las bibliotecas ofrecemos muchas más cosas que acceso a los documentos, pero al no acceder a ella el profesional cree que sólo con el acceso al texto completo le basta, dejan de usar el resto de servicios: formación, atención al usuario, servicio de búsquedas bibliográficas, etc.
En diferentes jornadas y reuniones hemos propuesto otros sistemas para poder acceder a los artículos igual que se hizo en su momento con el pirateo audiovisual, un acceso tipo Netflix será el modelo del futuro y al cual las bibliotecas nos suscribiremos y adaptaremos como hemos ido haciendo durante estos años en los que ha cambiado tanto el modelo de acceso a los contenidos científicos. También irá en aumento la publicación en Open Access.
Si necesitáis información podéis acudir a vuestra biblioteca y os informaremos sobre las diferentes vías. Open Access no significa menos calidad, recuérdalo. Pero, mientras todo esto se pone en marcha y se convierte en una realidad, seguid acudiendo a vuestra biblioteca y si no sabes si tienes pregúntanos y te enviaremos a la de tu comunidad autónoma.
El año pasado tuve la gran suerte de juntarme con un grupo magnífico de profesionales con los que monté el grupo de trabajo Investiga, que algo queda. Además de lo que hacemos en conjunto, cada uno de nosotros participa en otros proyectos y hoy quería hablaros de uno que acaba de ver la luz y en el que está involucrado Iván H. Peco. Se trata de BiblioRE-SEARCH, una herramienta enfocada a ofrecer recursos, instrumentos y fuentes de información para la investigación. Se trata de una iniciativa puesta en marcha por un equipo multidisciplinar de profesionales de la Universidad de Almería, de la UNED, de la Universidad Alfonso X El Sabio, la Universidad Autónoma de Chile y la Fundación UAX.
Este recurso se concibe como una biblioteca virtual de herramientas para la investigación. Tiene como objetivo facilitar el acceso a información relevante sobre las diferentes etapas del proceso de investigación en cualquier ámbito del conocimiento. Además, es un recurso en constante crecimiento porque permite que los propios usuarios sugieran recursos para que sean incluidos en la biblioteca.
Dispone de un buscador que permite realizar una búsqueda rápida por un tema y que nos dará de manera gráfica el número de recursos localizados y estructurados por Fuentes de información, Instrumentos, Metodologías y análisis de datos, Citas y referencias y por último Intervención/Proyectos.
Una vez seleccionado un tipo de recurso, se puede centrar más la búsqueda introduciendo alguna palabra del título, palabras clave, año o población a la que se dirige o centra dicho recurso.
Un recurso muy interesante y útil que os recomiendo que guardéis en favoritos y consultéis de manera habitual (y aportad, que así ganamos todos) Os dejo también un enlace al vídeo de presentación de la herramienta:
Podéis acceder a la herramienta desde la siguiente url:
La firma de los trabajos científicos puede traer dudas a los autores: ¿quiénes deberían aparecer como autores y en qué orden? ¿tiene cada autor una firma normalizada para aparecer siempre de la misma forma y ser recuperado en las bases de datos? ¿tenemos clara la firma normalizada de nuestra institución?
Para contestar la primera pregunta, ¿quién debería aparecer como autor, coautor y en qué orden?, os voy a remitir al blog de Lluís Codina(1), ya que lo explica muy bien y no tiene sentido que yo diserte aquí sobre lo mismo.
Sin embargo, hay veces que las bases de datos cometen errores al incluir a los autores o según las diferentes prácticas editoriales de las revistas los apellidos pueden variar en su presentación. Esto es un problema cuando queremos seguir la trayectoria profesional e investigadora de un autor, calcular su productividad, visibilidad e impacto. Para resolver estos problemas de variabilidad de las firmas han surgido iniciativas en estos últimos años, como ORCID o ResearcherID. Pero tampoco me voy a meter a contar este tema porque ya hay alguien que lo ha hecho muy bien: mis colegas María Sobrido Prieto, Uxía Gutiérrez Couto y Carlos González Guitián publicaron en Index de Enfermería el artículo De la normalización de la firma científica a la identificación digital del autor(3)
Ahora que ya tenéis información sobre quién puede firmar y en qué orden y la importancia de la firma, dejadme que os cuente una historia que suelo contar a mis alumnos. La historia de cómo uno de los estudios más relevantes del siglo XIX se atribuyó durante unos 50 años a un investigador fantasma y al que, sin embargo, todo el mundo citaba: el doctor O. Uplavici.
Jaroslav Hlava (1855-1924)
Todo comienza cuando me estoy documentando para preparar un curso. Llego a un artículo publicado en 1990 por Eugene Garfield(5) en el que habla de los errores que se encuentran en las citas y bibliografías. Aquí es donde me topo con la historia de la que os quiero hablar:
En 1938, el dr. Clifford Dobell contaba la historia del Dr. Uplavici(6), nacido en 1887 y que publicó su único paper en ese mismo año. Sí, no es una errata. Seguimos. El Dr. O. Uplavici, además, moría en el mismo momento en el que el Dr. Dobell escribía su historia, en 1938:
Imagen extraída de: Dr O. Uplavici (1887–1938) (6)
Dr. Dobell había escrito una monografía titulada The Amoebae Living in Man (1919). Quiso incluir en su bibliografía al Dr. Uplavici, ya que aparecía como autor del estudio en el que descubrió amebas en las heces y en las úlceras intestinales de pacientes con disentería. Realmente este descubrimiento no era nuevo, pero el autor informaba de que había contagiado exitosamente la disentería a varios gatos a partir de la inoculación intrarectal de heces disentéricas (que presumiblemente contenían las amebas) de humanos contagiados. Obtuvo 4 resultados positivos de 6 intentos. Por lo tanto, parece que estos fueron los primeros experimentos en los que la Entamoeba histolytica se transmitió del hombre a un gato: y cómo gatos, o gatitos, desde entonces se han utilizado ampliamente para el estudio experimental de la disentería amebiana.
Este estudio apareció publicado en checo en el Journal of Czech Physicians (7) Pero quien firmaba este artículo era el doctor Jaroslav Hlava (1855-1924), profesor de Anatomía Patológica en Praga.
Comenta el Dr. Dobell que fue incapaz de localizar ningún ejemplar del Journal of Czech Physicians (Prague) ni en Londres ni en ningún otro sitio. Consultó incluso el catálogo World List of Scientific Periodicals, pero no indicaba que existiera ningún ejemplar en ninguna biblioteca de Gran Bretaña. Os recuerdo que estamos a principios del s.XX. No se dio por vencido y tras muchas pesquisas, el Dr. Dobell consigue una copia mecanografiada gracias al Dr. J Drbohlav; su amigo checo, el Dr. F. Simer, fue quien se lo tradujo enteramente al inglés.
El paper de Hlava de 1887 estaba publicado en checo y se titulaba O úplavici. Předběžná sdělení (Sobre disentería. Comunicación preliminar)(7). Parece ser que nunca se había hecho una traducción oficial del paper a otro idioma y que los resultados del estudio se habían dado a conocer a la comunidad científica internacional a partir de un breve informe firmado por el Dr. S. Kartulis de Alexandria. Este resumen fue publicado en la revista alemana Centralblatt für Bakteriologie und Parasitenkunde. Sin embargo, por algún misterioso error, el nombre del autor fue enteramente omitido. En su lugar se tomó la primera parte del título del paper como si fuera el nombre del autor: O Úplavici (=Sobre disentería). Así fue como, en 1887, nacía el Dr. O. Uplavici de Praga y publicaba su primer ensayo sobre disentería amebiana.
Imagen extraída de: Ces auteurs qui n’ont jamais existé : Student, N. Bourbaki et la figure emblématique de la référence erronée, O. Uplavici (8)
A pesar de que el Dr. Kartulis comenta sobre su intercambio de correspondencia con el autor del paper, se refiere siempre a él como Uplavici y nunca por su verdadero nombre: Hlava. Es curioso también que alguien capaz de leer el artículo original en checo para publicar un resumen en inglés, pueda confundir el título del trabajo. Además, si se analizan los índices de la revista Centralblatt se observa que en el número 18, en el que se resumió el trabajo de Hlava, se le nombra como Uplavici, O., pero en el índice de temas del volumen aparece como Hlava, Uplavici y al final, en el índice de autores, la única entrada es Hlava (desaparece «Uplavici» sin explicaciones).
Esta situación provocó gran confusión en la literatura sobre la amebiasis y la atribución de la «Comunicación preliminar» de Hlava a varios autores: a veces la referencia es correcta a Hlava (aunque sin indicar inicial del nombre u otros calificadores), otras veces se hace referencia a «O. Hlava» (en vez de a J. Hlava), a «Hlava, Uplavici» (como si Uplavici fuera el nombre) o incluso usando «O. Hlava (O. Uplavici)» como si ambos fueran sinónimos. Incluso se ha llegado a mencionar a Hlava y a Updavici como si fueran dos autores diferentes que hubieran estudiado la disentería en gatos en sus comienzos.
Fue en 1910 cuando el Index-Catalogue of Medical and Veterinaty Zoology le otorga el título de Doctor a O. Uplavici. En 1905, en este mismo catálogo, había aparecido ya indexado el paper por primera vez, aunque la entrada estaba incompleta y se otorgó la autoría al Dr. O. Hlava. En 1910 se asigna la misma entrada a «Uplavici, O» seguido de la información «Dr.» consignado entre corchetes. No podemos saber por qué, los autores del catálogo, supieron que «O. Uplavici» era doctor.
Durante 50 años el Dr. O Uplavici ha aparecido citado en libros y revistas en Europa, América y Asia. Durante 50 años el autor real del estudio, Jaroslav Hlava, no obtuvo el reconocimiento por su trabajo.
Quizás en pleno siglo XXI ya no se perpetúen estos errores durante tantos años, pero es muy fácil que nuestro apellido aparezca mal escrito en alguna publicación y sea así incluido en una base de datos importante. Ahora sería más fácil pedir la modificación de estos errores, pero mientras tanto son citas nuestras que no aparecen y que no cuentan para nuestra producción científica. Y ojo, que nosotros también podemos ser los culpables de que un autor pierda autoría por citar mal su obra. Desde aquí te animo a que te tomes una tarde para mimar tu perfil profesional, darle una entidad a través de ORCID y ResearcherID, comprobar tus publicaciones y, por supuesto, normalizar tu firma. Tu yo del futuro te lo agradecerá.
Como siempre, si tienes alguna duda sobre firmas, autorías, cómo referenciar un artículo o cómo enviar un artículo para su publicación, recuerda que las bibliotecarias médicas estamos para ayudarte. Confía en tu bibliotecaria de cabecera.
BIBLIOGRAFÍA:
1. Artículos científicos: quién puede firmarlos y en qué orden. Ética y pragmatismo de la publicación académica [Internet]. Lluís Codina. 2018 [cited 2019 Mar 24]. Available from: https://www.lluiscodina.com/etica-publicacion-academica/
3. Sobrido Prieto M, Gutiérrez Couto U, González Guitián C. De la normalización de la firma científica a la identificación digital del autor. Index de Enfermería. 2016 Jun;25(1–2):56–9.
5. Garfield E. Journal editors awaken to the impact of citation errors. How we control them at ISI. Current Contents. 1990;41(13):367–75.
6. Dobell C. Dr O. Uplavici (1887–1938). Parasitology. 1938 Jun;30(02):239.
7. Hlava J. O úplavici. Předběžná sdělení . Časopis lékařův českých. 1887;26(5):70–4.
8. Lienhart A. Ces auteurs qui n’ont jamais existé : Student, N. Bourbaki et la figure emblématique de la référence erronée, O. Uplavici [Internet]. Club de l’Histoire de l’Anesthésie et de la Réanimation. [cited 2019 Mar 24]. Available from: https://www.char-fr.net/Ces-auteurs-qui-n-ont-jamais.html
Estar formado continuamente, la presión por publicar y la necesidad de estar actualizado en un campo como son las Ciencias de la Salud se ha vuelto un reto con la cantidad de información publicada cada día. Ya hemos hablado en este blog de las revistas depredadoras que basan su negocio en la publicación indiscriminada de artículos científicos sin tener en cuenta la calidad de los mismos. Millones de artículos localizables al instante mediante una búsqueda en Google. También las revistas con buena reputación y que siguen unas normas de calidad publican más artículos que antes, y es que la facilidad de los autores para investigar y enviar artículos, y las nuevas formas de presentación de las revistas, agilizan los procesos de creación, maquetación y difusión de las mismas.
Sin embargo, el acceso al texto completo de los artículos científicos no siempre es fácil. En el post de hoy quiero hablaros de algunas herramientas que os pueden ayudar a localizar el pdf de los artículos de manera legal. Aunque quienes me seguís en Twitter quizás ya lo habéis leído (he hecho algún hilo al respecto), voy a explicar un poco cada opción. Para desarrollar este post me he basado tanto en mis conocimientos previos como en la recopilación deGuus Van Den Brekel, How to Get The PDF?y que ha convertido en un curso muy interesante.
Busca en tu biblioteca de cabecera
La institución donde trabajas o estudias debería contar con una biblioteca especializada (la mayoría tiene; si no tiene, pásales mi contacto y vemos si se puede montar una). La institución paga por la suscripción de revistas y bases de datos que te permitirán acceder a los artículos a texto completo. En el caso de que no tengas acceso y necesites un artículo, solicítalo en tu biblioteca: nosotros lo buscamos por ti. Si, además, tu biblioteca pertenece al C17, puedes hacer la búsqueda en PubMed y solicitar el artículo a través del icono Localizar en mi Biblioteca, que te llevará directamente a tu biblioteca para descargarlo vía suscripción institucional o solicitar que te lo envíen a tu correo electrónico.
Buscar artículos Open Access
Muchos artículos pueden ser localizados en la web gracias al acceso abierto. Además de buscar directamente en directorios y revistas Open Access, se pueden instalar plug-ins y extensiones de navegador que facilitan la tarea de localización de estos artículos. Pongo aquí un post de hace dos años hablando sobre los artículos a texto completo gratuito. Además de los enlaces que apunto en ese post, te añado los siguientes:
Dimensions: en su versión gratuita (uso no comercial) permite hacer búsquedas y distinguir los resultados de acceso abierto por su vía o ruta de publicación.
Zenodo: archivo abierto desarrollado por el CERN donde los investigadores pueden depositar sus trabajos, preprints, software y datos de investigación.
BioRxiv: archivo para preprints en acceso abierto de temas relacionados con Ciencias de la Vida. Desarrollado por Cold Spring Harbor Laboratory.
OpenDoar: directorio global de repositorios Open Access.
ScienceOpen: contiene más de 37 millones de artículos, muchos de ellos en Open Access.
Contactar al autor
Muchos autores comparten su trabajo si la política de copyright firmada se lo permite. Hasta ahora la opción más común era escribir directamente al autor y solicitarle una copia de su trabajo. Pero también existen redes sociales de investigadores que te permiten contactar directamente con el autor sin necesidad de conocer su correo electrónico, como por ejemplo ResearchGate o Academia.
Esta herramienta permite al usuario instalarse una extensión del navegador que buscará la versión en pdf del artículo que aparezca en pantalla. Funciona muy bien desde PubMed, por ejemplo. Mediante un mensaje flotante en la pantalla ofrece un botón verde para descargar el pdf. Es capaz de buscar entre varias bases de datos y entre las suscripciones institucionales del usuario. Cuando descargas el artículo se guarda una versión en el locker del usuario y en próximas búsquedas incluirá tu propio locker por si ya lo tuvieras almacenado. Recientemente ha sido apoyado por Clarivate y probablemente lo hayas visto al acceder a la Web of Science.
Se trata de otra extensión de navegador que busca la versión open access del artículo. Se puede instalar en Chrome y en Firefox y permite la integración también con las suscripciones de la propia institución, además de dar la oportunidad de incluir repositorios institucionales para facilitar la localización de los artículos que contienen.
Permite la búsqueda directamente en su web o instalando la extensión del navegador. Además, si se encuentra el artículo pero este es de pago, te ofrece la opción de solicitar a los autores que depositen su artículo en un repositorio institucional para que sea localizado en acceso abierto.
Se trata de una extensión del navegador que funciona con Chrome, Firefox y Safari. Esta extensión permite la localización de artículos open access a texto completo en Google Scholar. También permite la integración con la url de la biblioteca para acceder a las suscripciones institucionales.
Se puede utilizar la búsqueda avanzada de Google para localizar el pdf de los artículos. Otra opción es poner el título del artículo entre comillas seguido de la orden filetype:pdf
Desde Twitter se puede solicitar el pdf de un artículo a otros colegas. Usando el hashtag #icanhazpdf puedes lanzar la petición y, con un poco de suerte, alguien con acceso te enviará el texto completo del artículo. Ponemos esta opción aquí aunque no podemos asegurar que sea totalmente legal, ya que dependerá del copyright de cada artículo y si se puede compartir públicamente o no.
Aunque hemos incluido la opción de solicitar el artículo por Twitter y comentamos que no será legal siempre, queremos comentar el caso de Sci-Hub. Sé que muchos de vosotros usáis esta opción para acceder de manera inmediata a los artículos, muchas veces pertenecientes a revistas de pago y que no suele ser fácil conseguir. Por un lado, personalmente, entiendo que un usuario utilice esta puerta de acceso a los artículos: sólo necesitas el identificador del artículo o su url para, en 2 clicks, llegar al pdf. Sin embargo, como bibliotecaria, te advierto de los inconvenientes de su uso:
Se salta las políticas de copyright, lo que en muchos casos supone un acto ilegal. Por ahora las editoriales están cargando directamente contra el servicio y no contra sus usuarios. Por ahora.
No da acceso al material suplementario de los artículos. Si necesitas leer un artículo a texto completo para analizar su metodología y sus resultados, vas a necesitar también consultar los datos relativos a la investigación o los materiales suplementarios (a veces son vídeos, otras veces son hojas tipo excel con las tablas, por ejemplo). Sci-Hub sólo te da el pdf del artículo, no los materiales suplementarios.
No queda constancia de tu necesidad. Las bibliotecas de las instituciones nos encargamos de analizar las necesidades de los usuarios para poder suscribir o renovar títulos de revistas. Tenemos en cuenta las descargas de pdf o consultas al texto completo de los artículos en las revistas, pero también tenemos en cuenta (mucho) las peticiones de artículos que recibimos. Si el usuario descarga los artículos directamente desde Sci-Hub y no realiza la petición a la biblioteca, esta necesidad no queda recogida y no se tendrá en cuenta posteriormente para suscribir o renovar títulos. Y ojo, que Sci-Hub se nutre de las suscripciones institucionales. Si ninguna institución suscribe, Sci-Hub dejará de tener recursos que ofrecer. Al final es una retroalimentación constante.
¿DUDAS?
Contacta con tu bibliotecaria de cabecera. Tenemos conocimientos y estamos para ayudarte.
La tecnología ha traído consigo herramientas que facilitan la transparencia de la presentación de informes científicos, la comunicación y la mejora en los esfuerzos de colaboración entre investigadores. Sin embargo, en los últimos tiempos se han detectados altos índices de prácticas de investigación cuestionables, ha aumentado el número de retracciones y en general se hace necesario un escrutinio de las prácticas científicas y sus resultados. Todo esto ha dado lugar a la llamada crisis de replicabilidad.
Hoy os traigo un informe titulado Digital tools and services to support research replicability and verifiability, de octubre de este año y publicado por Jisc y escrito por Caroline Skirrow y Marcus Munafò de la Universidad de Bristol. Este informe me llegó por Twitter y no recuerdo quién lo compartió. Os cuento algunas cosas que se pueden leer en él. Este informe examina los diferentes enfoques y herramientas TIC disponibles para mejorar la replicabilidad y verificabilidad de la investigación en el área de las ciencias biomédicas y medioambientales.
Image credit: Shout
Para elaborar este informe, además de una revisión de la literatura utilizaron el método de bola de nieve o snowballing, que es una técnica de muestreo para conseguir un marco muestral de una población. En este caso contactaron con varios investigadores y les hicieron varias preguntas como:
¿Qué herramientas digitales/webs/infraestructuras conoces que promuevan la ciencia abierta?
¿Qué herramientas utiliza? ¿Cómo le ayudan en su investigación?
¿Qué herramientas, si las hay, le ofrecen algún tipo de ahorro en su investigación?
¿Cuáles son los puntos fuertes y débiles de las herramientas que utiliza?
¿Se le ocurre alguna otra herramienta o servicio digital (no disponible actualmente) que pueda ser de ayuda en su trabajo?
También se les pidió que nombraran a otros colegas que pudieran contestar estas preguntas, de manera que así también aumentó el tamaño muestral.
Comienza el informe comentando algunas de las barreras que se dan en cuanto a la replicabilidad y verificabilidad de las investigaciones. Por ejemplo, habla de los sesgos que se pueden dar al publicar: cuando un autor decide publicar un hallazgo de investigación en particular, cuando los hallazgos generan interés editorial y son revisados favorablemente por los revisores o cuando hay intereses financieros o de otro tipo. La Open Science Collaboration publicó un artículo en el que explicaban que habían intentado replicar varias investigaciones publicadas en tres de las principales revistas de Psicología. Encontraron que a pesar de que el 97% de los estudios informaron de hallazgos estadísticamente significativos, sólo el 39% pudo ser replicado. En la investigación preclínica se estima que alrededor del 50% de la investigación no es replicable.
La flexibilidad de los investigadores para elegir cómo seleccionar los datos y de informar de sus hallazgos implica que también pueden decidir si comunican o no los datos, cuáles comunicar y cómo hacerlo. Esto, a la larga, favorece la aparición de prácticas de investigación cuestionables.
Pero no sólo los investigadores tienen la culpa de los sesgos en la publicación. Las revistas publican preferentemente hallazgos estadísticamente significativos, novedosos o sorprendentes (puedes leer información relacionada aquí, aquí o aquí). Además, los investigadores se encuentran en la encrucijada de tener que publicar con regularidad y a ser posible en revistas de impacto. Esto también puede influir en los tipos de estudios que se hacen y en cómo se presentan.
El informe continúa hablando sobre los cambios culturales de años recientes sobre el modo en el que se hace la ciencia, con muchos cambios apoyados por el aumento de las conexiones, plataformas mejoradas para la comunicación de los investigadores y una amplia oferta de opciones para almacenar datos e información. Además, estos cambios han sido apoyados por iniciativas como la Transparency and Openness (TOP) guidelines, la Declaration On Research Assessment (DORA) de San Francisco o la iniciativa All Trials que aboga por la publicación de todos los resultados de ensayos clínicos con un foco muy claro en la diseminación y transparencia de la ciencia.
Los principales interesados en las prácticas de investigación abiertas, según se indica en este informe, son:
Los propios científicos
Las revistas
Patrocinadores y gobiernos
Organizaciones mundiales
A continuación comentan las soluciones digitales de apoyo a la replicabilidad y verificabilidad de los estudios. Desde los registros de ensayos clínicos, los repositorios institucionales, plataformas que facilitan a los investigadores un pre-registro de sus investigaciones. El siguiente gran punto del informe es el dedicado a la publicación y difusión. Para paliar en la medida de lo posible algunos de los sesgos que se nombraban al principio, aparecen iniciativas para fomentar la comunicación y el debate sobre la reproducibilidad entre los investigadores. Por ejemplo PsychFileDrawer para subir y consultar los resultados de los intentos de replicación en Psicología Experimental, o esta iniciativa más general: StudySwap. También se habla de la importancia de la publicación abierta y los e-prints. El pago para poder publicar en revistas Open Access revisadas por pares muchas veces es una barrera para la difusión de las investigaciones. Publicar los e-prints (incluyendo pre-prints) es una forma de evitar esta barrera, mejorar la transparencia de las actividades de investigación y reducir la posible duplicidad de trabajos. Los repositorios institucionales pueden almacenar los e-prints de sus investigadores, aunque también existen bases de datos de pre-prints como arXiv, PsyArXiv o PeerJ preprints. Para asegurarse de que estos pre-prints cumplen con las especificaciones de la revista, habría que consultar la herramienta Sherpa
Otro punto muy interesante de este informe es el que se refiere a las directrices mínimas para presentar informes. Hay evidencia de que completar una checklist puede mejorar la comprensión y calidad de los informes en artículos de investigación. La Equator Network es un catálogo de normas para la presentación de informes de investigación en salud. Incluye más de 400 directrices, por ejemplo las STROBE para los estudios observacionales, CONSORT para los ensayos aleatorios, PRISMA para las revisiones sistemáticas y meta-análisis y ARRIVE para la investigación animal en experimentos in vivo.
Finaliza el informe comentando la importancia de enlazar digitalmente y de manera permanente en el tiempo todos los documentos creados en el contexto de una investigación (registro de los datos del estudio, materiales, protocolos, guión y resultados del análisis, publicaciones y materiales suplementarios). El Open Science Framework provee una plataforma única para el pre-registro, y que de forma colaborativa se emprenda, archive y compartan proyectos de investigación.
Tras la discusión, que os invito a leerla (os pongo el enlace al informe al final), podréis encontrar los anexos con información y enlaces a sitios webs, iniciativas y herramientas sobre todos los puntos que se han tratado previamente. Merece mucho la pena.
Leíamos la noticia en el boletín técnico de la Biblioteca Nacional de Medicina (NLM por sus siglas en inglés) de EEUU: el YEP (Year-End-Processing) es como se conoce al mantenimiento anual y durante el cual se realizan cambios en MEDLINE. Uno de los cambios más importantes es el que afecta al tesauro MeSH (Medical Subject Headings) y que es el vocabulario controlado que se usa para catalogar los registros en MEDLINE. Cada artículo que se cataloga en MEDLINE recibe una serie de descriptores que definen el tema/s que trata ese artículo.
Para empezar, 73 encabezamientos MeSH o han sufrido cambios o bien han sido eliminados y reemplazados por terminología más actual. Durante el YEP, la NLM actualizará estos encabezamientos en los registros de MEDLINE.
Además, se añaden 402 nuevos encabezamientos y 20 tipos de publicación. Os dejo aquí el listado completo en pdf de los nuevos encabezamientos con sus notas de alcance, notas y localizaciones en el árbol jerárquico.
Normalmente no se hace una catalogación retrospectiva cuando aparecen nuevos descriptores, por lo que buscar en PubMed por un nuevo término MeSH con las etiquetas [mh] o [majr] limita la búsqueda a los registros indexados después de que se haya añadido el descriptor al MeSH. Para recuperar registros indexados antes de la introducción del nuevo MeSH podemos ayudarnos del ATM (Automatic Term Mapping) de PubMed (quienes hayáis venido a alguno de mis cursos ya sabéis cómo funciona). El ATM expande la búsqueda de los términos que no están etiquetados para buscar tanto por términos MeSH como por los términos indexados en All Fields. No es mala idea tampoco consultar la base de datos MeSH para ver los términos indexados previamente sobre un concepto en particular.
Para el año 2019 contamos con una excepción: el nuevo tipo de publicación Systematic Review sí será añadido a los registros ya existentes en MEDLINE y que cumplan con los criterios de inclusión. Es decir, se hará una catalogación retrospectiva para facilitar la recuperación de todas las revisiones sistemáticas.
Además de Systematic Review como tipo de publicación tenemos también Systematic Review as Topic (como tema). Al hacer una búsqueda, podemos encontrarnos con revisiones sistemáticas y con trabajos que hablen sobre revisiones sistemáticas.
Ten en cuenta que si tienes alguna búsqueda guardada y alguna alerta activa, los resultados se pueden ver alterados por la inclusión y modificación de los términos MeSH. Aprovecha para darle una vuelta a los términos y asegurarte de que estás recuperando toda la información relevante.
En PubMed contamos con un filtro metodológico en las Clinical Queries para recuperar revisiones sistemáticas. Aún no está actualizado (ignoro si lo actualizarán o lo dejarán igual), así que yo seguiría usando este filtro y el nuevo descriptor de tipo de publicación hasta comprobar exactamente cómo funcionan ambos y qué recuperan.
Algunas combinaciones de encabezamiento/subencabezamiento, llamadas Entry Combinations, también serán modificadas de manera retrospectiva, de manera que si haces una búsqueda por alguna de las combinaciones y no recuperas nada, deberás comprobar si en estas Entry Combinations se indica algún término nuevo. Tenlo también en cuenta si tienes búsquedas guardadas. Por ejemplo, hay algunas Entry Combinations que se reemplazan por encabezamientos directamente (pongo algunos ejemplos, no están todos), y otros que se modifican:
Encabezamiento/subencabezamiento previo
Enzymes/therapeutic use
Jaw/surgery
Pharmacy/history
Encabezamiento por el que se reemplaza en 2019
Enzyme Therapy
Orthognathic Surgical Procedures
History of Pharmacy
Como siempre, si tienes alguna duda sobre cómo hacer búsquedas en PubMed, cómo utilizar los términos MeSH, qué significan las etiquetas de campo o cómo funciona el Automatic Term Mapping, o cualquier otra pregunta relacionada con la gestión de la información biomédica, tienes a tu bibliotecaria de cabecera en tu biblioteca o a un click de distancia. Estamos para ayudarte. Y si quieres que me acerque a tu institución a dar formación sobre búsquedas, gestores, herramientas para mantenerte actualizado, apoyo a la investigación, etc. siempre puedes ponerte en contacto conmigo a través del correo o de linkedin.
Biblioteca Médica Virtual - Blog 