Proyecto “Author ID” en PubMed


En julio del año pasado, en el post titulado “Identificación única para investigadores” comentamos la problemática de la escasa normalización en los nombres con los que los investigadores firmaban sus trabajos, lo que lleva a una dispersión de sus obras, una difícil localización de las mismas y pérdida de información real sobre trabajos hechos y publicados. Se nombraron las siguientes iniciativas para intentar solucionar este problema:

Además, la NLM ha puesto en marcha el proyecto “PubMed Author ID”, que pretende solventar los problemas de nombres de autor ambiguos dentro de PubMed para ofrecer resultados más precisos. Este control de autoridades se lanzará a partir de mediados de 2011 (volveremos a sacar el tema para entonces con más información):

The specifics of PubMed Author ID, as the system is now known, are still evolving. It is currently envisioned that authors (or their designees) would register for the service through My NCBI and identify their research articles in PubMed using provided tools; this identification of articles will allow NCBI to link alternate names/spellings associated with an individual.

Tal vez a más de uno se le ocurra que si ya existen otros sistemas (los nombrados anteriormente, por ejemplo), el hecho de que exista uno más puede ser motivo de dispersión de nombres. Por esto, la NLM nos señala lo siguiente:

NLM expects to make PubMed Author ID interoperable with multiple external author ID systems, such as those developed by publisher groups, non-profit organizations, and other countries. NLM has not yet identified external author ID systems that it will incorporate in PubMed Author ID, but will work with outside groups as systems are developed in this rapidly evolving area.

Seguiremos informando.

http://www.pubmed.com
http://www.pubmed.com
http://www.pubmed.com

PubMed y los 20 millones de citas


Leo en el Boletín Técnico de la National Library of Medicine de EEUU que PubMed alcanzó el pasado mes de julio la impresionante cifra de 20 millones de citas.

A pesar de que aún me encuentro con alguna revista que no está recogida en esta base de datos bibliográfica (no confundir con MEDLINE: consultad la diferencia entre ambas), la velocidad a la que se indizan los artículos da un poco de miedo. Como curiosidad, os comento que MEDLINE se actualiza normalmente cada día (de martes a sábado)

pubmed a 7 de septiembre

Acabo de consultar PubMed y a esta hora el último artículo incluido lleva el PMID 20827825 (el PMID es el número identificador, unívoco, de cada artículo incluido en PubMed). Es decir, en 3 días se han incluido 678045 artículos:

último artículo de pubmed

Y sé que es el último porque el siguiente número, el 20827826 (qué bonito, ¿verdad?) aún no está asignado:

este pmid no está asignado

Por cierto, aprovecho para dejaros aquí el enlace donde explica las diferencias entre  [PubMed – indexed for MEDLINE], [PubMed – in process], [PubMed – as supplied by publisher] y [Epub ahead of print]

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/

ScienceDirect (Lite)


sciencedirect-lite Siguen apareciendo aplicaciones para dispositivos móviles que nos facilitan el trabajo diario. ScienceDirect ha sacado una aplicación para el iPhone (también compatible para el iPod Touch y el iPad).

La aplicación es gratuita y pretende facilitar el acceso al texto completo de los artículos a aquellas personas que dispongan de una suscripción institucional.

¿Tu biblioteca está suscrita a ScienceDirect? Perfecto, lo único que tienes que hacer es descargar la aplicación gratuita que encontrarás en la App Store de tu iPhone, iPod Touch, iPad y que se llama ScienceDirect (Lite) (puedes consultarla aquí) y seguir las instrucciones. Te mandarán a una página donde tendrás que registrarte creando una contraseña (el usuario te lo asignan ellos). Te enviarán un mail a tu correo electrónico con un enlace en el que tendrás que pinchar para activar tu cuenta. Te recomiendan que esta activación la hagas directamente desde tu dispositivo móvil ya que se lanzará automáticamente la aplicación.

Cada vez que la inicies te saldrá la pantalla que tienes a la izquierda. Simplemente pincha en Login y ya puedes comenzar a leer tus artículos incluidos en ScienceDirect (y suscritos por tu biblioteca) sin importar tu ubicación.

Como dicen en Elsevier: ¿cómo has podido vivir antes sin ella?

http://itunes.apple.com/us/app/sciencedirect-lite-institutional/id383622545?mt=8
http://itunes.apple.com/us/app/sciencedirect-lite-institutional/id383622545?mt=8
http://itunes.apple.com/us/app/sciencedirect-lite-institutional/id383622545?mt=8

Por cierto, ¿has visto que justo al final de este post hay un botón de twitter? Si te ha gustado lo que has leído puedes compartirlo en Twitter. Lo único que tienes que hacer es pinchar en él. ¡Gracias!

JANE (Journal Author/Name Estimator)


JANE

Imagina que acabas de terminar de escribir un artículo y quieres publicarlo. ¿A qué revista deberías enviarlo?

Imagina que eres un editor en busca de revisores para los trabajos que llegan a tu revista.

JANE (Journal Author/Name Estimator) es una herramienta creada por Biosemantics Group que permite introducir el título o el resumen de tu artículo, o incluso palabras clave, y la herramienta hace una búsqueda entre los registros de MedLine para encontrar las coincidencias y ponderar así las publicaciones, autores o artículos que mejor concuerdan con los datos introducidos.

búsqueda JANE

La ponderación de los resultados se hace según el Eigenfactor:

What is the Article Influence score?

The Article Influence (AI) measures how often articles in the journal are cited within the first five years after its publication. These citations are weighted based the influence of the journals from which citations are received: being cited in an article in Science can boost a journal’s AI more than being cited in an article in an obscure journal. For more detailed information, see the eigenfactor.org website.

http://jane.biosemantics.org/
http://jane.biosemantics.org/
http://jane.biosemantics.org/

Tiene usted un tumor, ¡pero es tan mono!


El post original se titula Bad news: you have a tumor. Good news: it’s really cute!, del blog NCBI ROFL. Este blog lo tenía incluido en el apartado “humor” de mi lector de feeds, ya que se trata de un blog donde sus autores, estudiantes de doctorado en Biología Molecular y Celular, recogen los artículos reales de estudios divertidos o curiosos indizados en PubMed. Hace un tiempo, la popularidad de este blog creció tanto que fue absorbido por Discoblogs.

Volvamos al tema del post… en la entrada original los autores han localizado varios artículos que hablan sobre las imágenes curiosas que localizan algunos patólogos en sus trabajos diarios, por ejemplo:

Nonproliferative Fibrocystic Changes and the Easter Bunny:

A 46-year-old woman had an excisional breast biopsy that revealed nonproliferative fibrocystic changes as the only histopathologic abnormality. Although it was not Easter at the time of diagnosis, an Easter bunny was found hiding in one of the dilated ducts, which also contained amorphous eosinophilic secretions. A benign diagnosis in a breast biopsy (or any other biopsy) is good news for the patient at any time of the year, but even more special when accompanied by this little fellow.

Images in pathology. Even the bone smiles!

Figure 1 shows an unusual bone finding from a 56-year-old woman’s biopsy. We encountered a “smiling” osseous trabecula; we do not know why it is so happy; nevertheless we want to share it with all fellow pathologists because a beautiful smile is always a beautiful smile!

Images in pathology. Invasive squamous cell carcinoma of vulva that wanted to be a puppy.

Squamous cell carcinomas of the vulva are usually well differentiated. Foci of invasion may be well circumscribed and show maturation (the head of the puppy). For such foci located close to the epidermis, diagnosis of invasion may pose a challenge. Careful examination and deeper levels may disclose clear cut foci of invasion. How many such foci can you find here?  For answer see below.

NCBI ROFL: Bad news: you have a tumor. Good news: it’s really cute!
NCBI ROFL: Bad news: you have a tumor. Good news: it’s really cute!
NCBI ROFL: Bad news: you have a tumor. Good news: it’s really cute!

Los 5 pasos de la MBE


The Five Steps of EBM (graphic by Duncan Dixon, librarian)

A raíz de una pregunta recibida en formspring, me he puesto a trastear por algunas wikis que, la verdad, tenía bastante olvidadas. En “HLWIKI Canada“, wiki para bibliotecarios en ciencias de la salud, me encuentro con el artículo titulado “Five steps of EBM” y que no tiene más que un gráfico muy descriptivo y una enumeración de los 5 pasos que formarían el “camino” de la medicina basada en la evidencia:

  1. Hacer preguntas que se puedan responder.
  2. Encontrar la mejor evidencia.
  3. Hacer una evaluación crítica de la evidencia.
  4. Actuar a partir de esa evidencia, aplicando los valores al paciente.
  5. Evaluación de los resultados resultantes de la decisión tomada.

El papel de los bibliotecarios médicos en la MBE, como indica Dixon en el cuadro que ilustra esta entrada, se circunscribiría a los dos primeros puntos: la formulación de la pregunta y la localización de la mejor evidencia. El resto de los pasos están destinados a ser dados por los profesionales de la salud, pero se sustentan en los dos primeros (que no son sólo de nuestra competencia, obviamente). De esto se deduce la importancia, como bibliotecarios, de saber “construir” las preguntas adecuadas y conocer las herramientas y lugares donde localizar la mejor evidencia.

Por ejemplo:

Pero podéis consultar también la web de Rafa Bravo en Infodoctor, en el apartado “Medicina basada en la evidencia“. O incluso artículos que hablan del tema (“Best evidence continuous medical education“, “Evidence-based medicine must be…“, “Evidence-based medicine: applying valid evidence“, etc.) De todas formas recordad que tenéis a vuestra disposición el apartado comentarios para poder sugerir más enlaces y sitios, temas de interés, etc. Quiero escucharos :)

Pubmed Faceoff


Hoy estaba repasando algunas de las herramientas que se basan en pubmed y recordé una que me llamó la atención hace cosa de año y medio. Se trata de Pubmed Faceoff. Este programa aplica una variante de la técnica de visualización de caras de Chernoff al factor de impacto de los artículos recogidos en pubmed:

Basically it allows you to search PubMed and have the results represented as a set of human faces.

The theory is that mapping multidimensional data (in this case the age, journal impact factor and citation count associated with each paper) to facial features takes advantage of the fact that our brains are highly tuned to recognise, process and differentiate between human faces.

[…]

Each paper is represented as a face. The ethnicity and gender of the face is selected at random for visual interest – you can turn this feature off if you so choose.

The age of a face correlates with the publication date of the paper. Younger faces are more recent papers.

smile means that the paper has been cited more times than expected (based on its age). Larger smiles mean more citations.

frown means that the paper has been cited far less than you might expect.

The raised eyebrows correlate with the impact factor (sort of – actually the Eigenfactor) of the journal in which the paper was published.

Interesante, ¿verdad? Pues parece que se queda sólo en eso. Creo recordar que en su momento lo probé y funcionaba (mediados de 2008), pero ya no devuelve ningún resultado. Me parece una forma muy curiosa de tratar los datos que se recuperan, aunque imaginad cómo sería recuperar una cara humana con cada registro.  Inquietante cuanto menos.

http://www.postgenomic.com/faces/
http://www.postgenomic.com/faces/
http://www.postgenomic.com/faces/

Quertle (Beta): more semantic Medline search


Parece que la mañana va de buscadores. Consultando el blog de David Rothman descubro otro buscador de Medline. Ya habíamos hablado en este blog de GoPubMed y NovoSeek y ahora le toca el turno a Quertle.

logoquertle

Este buscador permite realizar búsquedas en Medline, utilizando “Power terms” para acotar los resultados de la búsqueda. El problema que yo le veo es que estos términos no se encuentran en la misma página, de manera que para seleccionarlos hay que pinchar en el enlace que se ofrece, de manera que “salta” una capa (tipo ventana emergente) con los términos y su definición. Esto puede estar bien, pero si necesitas uno que no aparece en este listado te dan la opción de consultar el listado completo, de manera que pierdes momentáneamente la página de búsqueda y tienes que utilizar el botón “retroceder” del navegador para volver.

Como apunta Rothman, que se resalten las relaciones del texto con el término buscado es una gran y buena idea. Tienes, por un lado, el número de artículos devueltos en la búsqueda y, además, el número de relaciones existentes. Para refinar los resultados también se pueden utilizar las opciones del menú de la derecha. O incluso acotar por autores o publicaciones.

Otro punto a tener en cuenta es que muestran el PMID del artículo recuperado, que abre en una ventana nueva la cita en PubMed. Echo de menos que indiquen el volumen, número y páginas donde se encuentra el artículo, ya que podría ahorrar el paso de tener que acudir a PubMed.

No he profundizado en el uso de esta herramienta, pero no me parece muy intuitiva a primera vista. Además, la presentación de los resultados no es cómoda y  no da ninguna opción para seleccionar los artículos que nos interesan y exportarlos ya sea a un archivo, a la impresora o por correo electrónico.

Además, como leo en el blog de Rothman -y compruebo por mí misma-, no se sabe quién está realmente detrás de este buscador, lo que quizás no da mucha confianza (al menos a mí). Y tampoco permite la búsqueda con operadores Booleanos (AND, OR, NOT), lo que facilitaría mucho las búsquedas. También es verdad que es un buscador en fase beta y que todo esto puede cambiar a mejor. Mientras tanto, creo que no va a ser una de mis herramientas de trabajo.

Medstory (beta): un nuevo buscador para salud y medicina


Medstory_beta_home

Medstory es un buscador (según he leído fue comprado por Microsoft en el año 2007) que pretende facilitar las búsquedas complejas sobre medicina y salud en Internet. El método de búsqueda consiste en guiar al usuario para concretar los resultados en aquellos que sean más relevantes según el contexto en el que se encuentra. Para ello muestra diferentes conceptos relacionados con el término de búsqueda de manera que el usuario pueda añadirlos fácilmente a su estrategia de búsqueda, limitando así los resultados. Esto se encuentra en el apartado “Information that Matters” (Información que importa), pero también ofrecen otros apartados como “The web“, “News media“, “Audio Video“, “Clinical trials” y “Research articles” (los cuatro últimos permiten ordenar los resultados por relevancia o por fecha).

No he probado la herramienta mucho más, pero si alguien quiere probarla y contarnos sus impresiones, tiene el apartado comentarios de esta entrada a su disposición.

Article of the Future: una iniciativa de Cell Press y Elsevier


En el día de ayer, 20 de julio de 2009, tuvo la presentación de “Article of the Future“, un proyecto conjunto de Elsevier y Cell Press que pretende ser una colaboración permanente con la comunidad científica para redefinir la forma en la que el artículo científico se presenta en línea. El objetivo del proyecto es aprovechar al máximo las capacidades en línea, ofreciendo a los lectores puntos de entrada y rutas individualizadas a través del contenido, a la vez que utilizan los últimos avances en técnicas de visualización.

Por ahora sólo se han desarrollado dos prototipos de artículos para mostrar los conceptos iniciales y recibir las opiniones de la comunidad científica. A continuación os muestro las principales características y os animo a que entréis a probar estos prototipos y enviéis vuestras opiniones a través del cuestionario en línea o mediante un correo electrónico.

article prototype

Prototipo #1–          /           –Prototipo #2

Características principales de los prototipos:

  • Presentación jerárquica del texto y de las cifras de manera que los usuarios puedan elegir y profundizar en los detalles a través de las capas de contenidos basándose en su nivel de experiencia e interés.
  • Un resumen gráfico permite a los lectores obtener una rápida comprensión de los temas principales del artículo. Este resumen gráfico se destina a fomentar la navegación, promover la interdisciplinariedad y ayuda a los lectores a identificar más rápidamente qué artículos son los más relevantes para la investigación de su interés.
  • Apuntes destacados que proporcionan una lista con los principales resultados del artículo.
  • Afiliación del autor/es.
  • Imagen que proporciona áreas donde el lector puede pinchar y acceder a subsecciones específicas de los resultados.
  • La integración audio-video permite a los autores presentar el contexto del artículo a través de una entrevista o de un video o animaciones, haciendo más fácil la comprensión del artículo.
  • La sección “Experimental Procedures” contiene vistas alternativas del artículo, de manera que los lectores puedan elegir ver un resumen o todos los detalles que permitan reproducir el experimento.
  • Un nuevo enfoque para mostrar las tablas y figuras permite que el lector identifique rápidamente qué imágenes son de su interés, facilitando la navegación hacia otras imágenes relacionadas.
  • Un análisis de la referencia en tiempo real proporciona un entorno perfecto para explorar el contenido del artículo a través de la lista de citas.