Se redefinen los resúmenes estructurados en PubMed


En el 2010 PubMed anunció la aparición de los resúmenes estructurados en su base de datos (lo anunciamos en este post), que permitirían una lectura más fácil y amigable, para poder ir directamente a la información que nos interesaba. En el boletín técnico de la NLM nos explican así el cambio que tiene lugar ahora:

NLM previously defined a Structured Abstract to be:

“. . . one that contained at least 3 labels that represented 3 distinct concepts (e.g., “INTRODUCTION,” “METHODS,” “CONCLUSIONS”), of which 1 must be considered an ending concept (such as “RESULTS” or “CONCLUSIONS”).

To enhance readability, NLM’s new definition of Structured Abstracts is:

…one that has at least one label that:

Anteriormente, los resúmenes que no contenían al menos tres etiquetas, se mostraban como un bloque en un mismo párrafo, como se puede ver en la siguiente imagen:

resumen estructurado con menos de tres etiquetas

Con la nueva definición, se añade un valor llamado UNASSIGNED que reorganiza internamente el resumen y permite mostrarlo, independientemente del número de etiquetas, estructurado por párrafos, de manera que se facilite su lectura:

resúmenes estructurados

Quiero aprovechar para recordar que si seleccionáis la opción “Abstract” en “Display Settings” podréis leer en español los resúmenes que se hayan enviado en este idioma para su incorporación en PubMed. Lo expliqué en este post de febrero de 2013. Por defecto, si el idioma original del artículo es el español, el resumen lo leeremos directamente en español.

Nota técnica sobre la actualización en la definición de resúmenes estructurados.
Nota técnica sobre la actualización en la definición de resúmenes estructurados.
Nota técnica sobre la actualización en la definición de resúmenes estructurados.

Novedades en el historial de Pubmed y en la barra de búsqueda


Dos actualizaciones más que sacará Pubmed en los próximos días.

    • En el apartado History. Como sabéis, para acceder al historial de búsquedas hay que pinchar en el enlace de “Búsqueda avanzada” que aparece debajo de la caja de búsqueda. Hasta ahora nos mostraba el historial de búsqueda de la siguiente forma:
      visualización actual de la opción History

      visualización actual de la opción History

      A la hora de recopilar nuestras búsquedas teníamos dos opciones. O guardar una búsqueda en nuestro perfil de MyNCBI (y en ese caso podíamos crear alertas o simplemente almacenarlas para reutilizarlas posteriormente) o copiarlas y pagarlas, “a mano”, en un documento de texto para conservarlas. El problema de guardar las búsquedas en MyNCBI es que sólo puedes guardar una búsqueda, no toda la estrategia seguida. Sin embargo, se va a añadir una nueva funcionalidad a nuestro historial de búsqueda: “Download history“. Este enlace, que aparecerá en la parte superior derecha, junto al link “Clear history”, nos permitirá descargar nuestro historial de búsquedas en formato .csv

      Próxima visualización de la opción History

      Próxima visualización de la opción History

       

  • En la barra de búsqueda: La barra de búsqueda está compuesta por el desplegable que permite seleccionar la base de datos de la NCBI y la caja de búsqueda propiamente dicha. Próximamente este desplegable se actualizará mostrando en primer lugar las cuatro últimas bases de datos utilizadas . Tras estas cuatro base de datos se mostrarán, como hasta ahora, el resto de bases de datos ordenadas alfabéticamente:

    Nueva forma de mostrar las bbdd utilizadas

    Se muestran las 4 últimas bbdd utilizadas

Más información:

Boletín técnico de la NLM
Boletín técnico de la NLM
Boletín técnico de la NLM

Cambios en Pubmed: los filtros sustituyen a la página de límites.


Una vez más, la NLM realiza cambios en la base de datos Pubmed. En esta ocasión no se trata de un cambio de diseño, sino de funcionalidad (que acarrea un nuevo diseño de pantalla, obviamente).

Hasta hace unos días, junto al cuadro de búsqueda de pubmed teníamos un enlace a los límites, que nos permitían acotar los resultados de búsqueda según nuestras necesidades. A partir de ahora, este enlace a la página de límites desaparece, convirtiéndose estos en parte de los filtros, que ahora se sitúan en un menú lateral en la parte izquierda de la pantalla.

A continuación, un antes y un después de la página principal de búsqueda:

ANTES: Limits

AHORA - sin limits

AHORA – sin limits

Sigue leyendo

Pubmed y MyNCBI añaden “favorites collection”


Pubmed ahora incluye una nueva característica dentro del formato de salida Abstract (en Display Settings). Esta característica está directamente relacionada con MyNCBI y si alguien quiere utilizarla sin haber iniciado sesión en MyNCBI le saltará directamente la pantalla de registro.

Para contaros esta nueva característica tomaré prestados los pantallazos con los que lo explican en el boletín técnico de la NLM:

Favorites” es una nueva colección dentro de MyNCBI que permite a los usuarios guardar automáticamente una cita en la colección “favoritos”:

pubmed favorites

Cuando seleccionen el desplegable, además, podrán seleccionar la colección donde quieren guardarlo. También permite crear en el mismo momento una nueva colección. Estas nuevas colecciones se añadirán automáticamente a nuestra cuenta de MyNCBI:

pubmed favorites

Para desmarcar una colección elegida previamente, bastaría con marcar de nuevo la estrellita para quitar la selección (indicada con la estrella en azul).

Recordad que podéis modificar el nombre y el carácter público/privado de las colecciones dentro del apartado “Manage Collection” de MyNCBI.

http://www.nlm.nih.gov/pubs/techbull/ma12/ma12_pm_favorites.html
http://www.nlm.nih.gov/pubs/techbull/ma12/ma12_pm_favorites.html
http://www.nlm.nih.gov/pubs/techbull/ma12/ma12_pm_favorites.html 

Novedades en PubMed: versiones de citas.


Versiones en PubMed: desde mediados de febrero, PubMed incluye las versiones de las citas:

Revisions, scientific updates, and updates of reviews are examples of content that could be versioned. Versions are not intended for correcting specific errors in an article, for which published errata notices should continue to be used.

El identificador PMID seguirá inalterable para un mismo documento, pudiendo utilizarse la notación “PMID.version” como identificador único para diferenciar entre diferentes versiones de un mismo documento. Todas las citas que no contengan una versión se considerarán como la primera. En el caso de que una de las versiones se eliminara, su número de versión se saltará, desapareciendo y recibiendo, la siguiente versión, el número correlativo a la versión eliminada.

Se pueden consultar las versiones en los formatos de salida Summary, Summary (text), Abstract, Abstract (text) (imágenes recogidas del boletín técnico de la NLM):

summary display
Summary Display

*-*-*-*-*-*

summary text
Summary text

*-*-*-*-*-*

Abstract display
Abstract display

*-*-*-*-*-*

Abstract text

Abstract text display

*-*-*-*-*-*

¿Cómo buscar por versiones?

Sólo la versión más reciente estará indizada en PubMed y será la que se devuelva al hacer una búsqueda por PMID. Para acceder a las versiones anteriores se puede buscar en el formato Abstract o utilizar alguna de las siguientes estrategias:

  • Buscar por una versión específica utilizando el formato PMID.versión (por ejemplo 20029611.1) en la caja de búsqueda de Pubmed. Se pueden utilizar operadores booleanos para buscar más de una versión.
  • Buscar todas las versiones de una cita introduciendo el formato PMID.* (por ejemplo 20029611.*) en la caja de búsqueda de Pubmed.
  • Buscar una versión específica añadiendo el número de versión al final de la url (por ejemplo: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/20029611.1)

 

Más información:

http://www.nlm.nih.gov/pubs/techbull/jf12/jf12_pm_versioning.html
http://www.nlm.nih.gov/pubs/techbull/jf12/jf12_pm_versioning.html
http://www.nlm.nih.gov/pubs/techbull/jf12/jf12_pm_versioning.html

Novedades en PubMed: Quality Improvement.


Como es habitual, la NLM está constantemente mejorando PubMed, añadiendo nuevas características, alguna modificación o eliminando detalles aparentemente sin importancia.

  • PubMed Queries: se añade la categoría “Quality Improvement” al apartado “Health Services Research” de las preguntas clínicas de PubMed. Esta nueva categoría viene a cubrir un área muy importante y demandada últimamente: la seguridad del paciente. El término “Quality Improvement” se añadió como término MeSH en el año 2011:

The new QI broad (sensitive) search query goes beyond the MeSH definition to retrieve studies that consider aspects of quality such as Clinical Competence, Outcomes and Process Assessment, Program Evaluation, Quality Indicators, and Quality Assurance. The new QI narrow (specific) search query retrieves studies that are methodologically rigorous and ready for application to practice and thus may not retrieve all studies relating to Quality Improvement. The purpose of these search queries is to help users quickly identify a set of relevant citations as a starting point, using the broad query when time allows or using the narrow query for a more manageable retrieval when there are time constraints. PubMed Related citations feature is useful for helping further identify relevant citations.

 

 

http://www.nlm.nih.gov/pubs/techbull/jf12/jf12_hsr_pm_queries.html
http://www.nlm.nih.gov/pubs/techbull/jf12/jf12_hsr_pm_queries.html
http://www.nlm.nih.gov/pubs/techbull/jf12/jf12_hsr_pm_queries.html 

Nuevos cambios en los límites de PubMed


boletín técnico de la NLM

Un apunte rápido para anunciar los cambios al apartado “Limits” de PubMed:

  • Se agregan dos nuevos subset: “Dietary Supplements” (suplementos dietéticos) y “Veterinary Science” (ciencias veterinarias)
  • Se eliminan “Space Life Science” y “PubMed Central” como subsets, aunque aún se podrán seguir utilizando en búsquedas directas con los calificadores [sb].
  • Las etiquetas dentro de los subset: “Journal Groups”, “Topics” y “More Subsets” desaparecerán y el resto de subconjuntos se ordenarán alfabéticamente.
  • Se añaden dos nuevos tipos de publicaciones como consecuencia de los cambios del Mesh 2011: “Autobiography” y “Video-Audio Media”.
  • El encabezado “Gender” pasará a denominarse “Sex” para distinguir entre hombre y mujer.

Limits - cambios

 

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/limits
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/limits
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/limits

Send to “My bibliography”


My Bibliography es una opción de My NCBI pensada para almacenar los trabajos en los que aparecemos como autores. Ahora, Pubmed añade una mejora: ha incluido “My Bibliography” dentro del apartado “Send To”.

send to my bibliography

Cuando se selecciona la opción “My Bibliography” de “Send to” aparece un mensaje con el número de registros que se van a incluir. Si no se ha seleccionado ninguno por defecto se añadirán todos hasta un máximo de 500. Tras pinchar en el botón “Add to My Bibliography” se abrirá automáticamente la página de My NCBI para guardar esta información. En el caso de no haber abierto la sesión anteriormente en My NCBI será necesario introducir el usuario y la contraseña para poder continuar. El registro en My NCBI es gratuito.

Quiero aprovechar este post para mostrar el primer vídeo que he hecho de captura de pantallas. Creo que es la forma más fácil de mostrar cómo funcionan las cosas. Recordad que los vídeos que vaya creando estarán siempre disponibles desde el canal de Youtube.

 

Información obtenida del Boletín Técnico de la NLM:

http://tinyurl.com/savetomybibliography
http://tinyurl.com/savetomybibliography
http://tinyurl.com/savetomybibliography

Integrando NCBI Images con PubMed


Parece que se avecinan cambios y mejoras, otra vez, en los productos de NCBI. Parece que dentro de poco se lanzará una nueva base de datos de imágenes: NCBI Images, y que además se integrará en los resultados de PubMed, aunque sólo para los artículos de PubMed Central. Esta información la he obtenido del boletín técnico y de ahí es de donde tomo las imágenes para mostraros un adelanto de lo que será esta integración:

Captura de pantalla de cómo será la integración de Images con PubMed.

La tira con los thumbnails de las imágenes se colocará al final del resumen, después del PMID. Además se podrá acceder a todas las imágenes gracias al enlace “See all images” en el caso de que no queramos utilizar las flechas situadas en los extremos de la tira y que nos permite navegar por todas las imágenes. Como los artículos de PubMed Central son de carácter gratuito, junto al enlace a las imágenes habrá un enlace al texto completo.

La previsualización de la imagen la podremos obtener pasando el puntero del ratón por encima de la imagen deseada. Para ir directamente a la imagen sólo habrá que pinchar sobre ella en la tira de imágenes o en la imagen de previsualización:

Previsualización de las imágenes

 

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed