Search-a-Thon


Searchathon

Search-a-Thon es el último proyecto en el que me he embarcado. El año pasado empecé a acudir como voluntaria a varios de los hackathones organizados por HackathonLovers. Tras ver cómo funcionaban, decidí, animada por una amiga, intentar hacer algo parecido pero enfocado en mi trabajo. En marzo-abril empecé a darle forma, contactar con posibles colaboradores, buscar patrocinios, preparar la web y en septiembre lo hice público.

¿En qué consiste?

Un hackathon es un evento lúdico y competitivo donde se propone un problema que ha de resolverse por equipos en un periodo de tiempo corto (entre uno y dos días normalmente). En los hackathon el problema se suele resolver con el desarrollo de una aplicación, una web, un algoritmo o un prototipo. La premisa me venía muy bien porque esto es, precisamente, lo que hacemos en una investigación: hay un problema y hay que resolverlo.

Por otro lado, otra de las tareas que hago como bibliotecaria/documentalista especializada en Ciencias de la Salud es la formación de personal sanitario en búsquedas bibliográficas y en gestores de referencias (entre otras cosas).

Así, con la idea del hackathon y con la de las formaciones, decidí unirlas y crear un evento en el que se dieran las dos cosas. El nombre era fácil: search (buscar)-athon (como terminación de marathon). La iniciativa era buena y no me costó conseguir que otros colegas y amigos se unieran a colaborar.

Pero, ¿en qué consiste? Bien, el Search-a-Thon tendrá lugar durante un sábado y parte de un domingo en Madrid (16 y 17 de noviembre de 2019). El sábado comenzaremos con varias charlas y talleres relacionados con la metodología de la investigación, las búsquedas bibliográficas y los gestores de referencias.

Luego formaremos equipos, un máximo de 5 componentes por equipos aunque lo ideal es que sean 4. Estos equipos se intentará que sean multidisciplinares porque en la diversidad es donde encontramos la excelencia. Para mí, el equipo ideal debería contar con perfiles diferentes (medicina, enfermería, bibliotecas, investigación, biología, etc. también estudiantes de cualquier rama biosanitaria) para que los conocimientos de todos se complementen entre sí. Una vez que los equipos estén formados lanzaremos una pregunta o un caso clínico o de intervención. Cada equipo tendrá que desarrollar la estrategia de búsqueda para MedLine (a través de PubMed, por ejemplo), en EMBASE y en Cochrane, descargar los resultados a un gestor de referencias (Zotero o Mendeley) y entregar al jurado una plantilla -las daremos nosotros- con el informe de búsqueda. Durante este tiempo, los mentores estarán dando apoyo a los participantes, resolviendo dudas y guiando. Recordad que el fin último es el aprendizaje, aunque tenga un punto de competición también.

¿Cómo participar?

Es necesario inscribirse y adquirir las entradas. De todas formas en nuestra web tienes toda la información:

Compra tus entradas

Si quieres colaborar pero no puedes participar, se han dejado también unas entradas de donación que ayudarán a llevar a cabo el evento. Contamos con tres patrocinadores pero no nos cubren todos los gastos, así que cualquier ayuda es bienvenida :)

¿Dudas o preguntas?

Puedes escribirnos un correo a info@searchathon.es o darte de alta en nuestra newsletter desde http://searchathon.es

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Actualización de MeSH 2019


Leíamos la noticia en el boletín técnico de la Biblioteca Nacional de Medicina (NLM por sus siglas en inglés) de EEUU: el YEP (Year-End-Processing) es como se conoce al mantenimiento anual y durante el cual se realizan cambios en MEDLINE. Uno de los cambios más importantes es el que afecta al tesauro MeSH (Medical Subject Headings) y que es el vocabulario controlado que se usa para catalogar los registros en MEDLINE. Cada artículo que se cataloga en MEDLINE recibe una serie de descriptores que definen el tema/s que trata ese artículo. 

Para empezar, 73 encabezamientos MeSH o han sufrido cambios o bien han sido eliminados y reemplazados por terminología más actual. Durante el YEP, la NLM actualizará estos encabezamientos en los registros de MEDLINE.

Además, se añaden 402 nuevos encabezamientos y 20 tipos de publicación. Os dejo aquí el listado completo en pdf de los nuevos encabezamientos con sus notas de alcance, notas y localizaciones en el árbol jerárquico. 

Normalmente no se hace una catalogación retrospectiva cuando aparecen nuevos descriptores, por lo que buscar en PubMed por un nuevo término MeSH con las etiquetas [mh] o [majr] limita la búsqueda a los registros indexados después de que se haya añadido el descriptor al MeSH. Para recuperar registros indexados antes de la introducción del nuevo MeSH podemos ayudarnos del ATM (Automatic Term Mapping) de PubMed (quienes hayáis venido a alguno de mis cursos ya sabéis cómo funciona). El ATM expande la búsqueda de los términos que no están etiquetados para buscar tanto por términos MeSH como por los términos indexados en All Fields. No es mala idea tampoco consultar la base de datos MeSH para ver los términos indexados previamente sobre un concepto en particular. 

Para el año 2019 contamos con una excepción: el nuevo tipo de publicación Systematic Review sí será añadido a los registros ya existentes en MEDLINE y que cumplan con los criterios de inclusión. Es decir, se hará una catalogación retrospectiva para facilitar la recuperación de todas las revisiones sistemáticas. 

Además de Systematic Review como tipo de publicación tenemos también Systematic Review as Topic (como tema). Al hacer una búsqueda, podemos encontrarnos con revisiones sistemáticas y con trabajos que hablen sobre revisiones sistemáticas.

Ten en cuenta que si tienes alguna búsqueda guardada y alguna alerta activa, los resultados se pueden ver alterados por la inclusión y modificación de los términos MeSH. Aprovecha para darle una vuelta a los términos y asegurarte de que estás recuperando toda la información relevante.

En PubMed contamos con un filtro metodológico en las Clinical Queries para recuperar revisiones sistemáticas. Aún no está actualizado (ignoro si lo actualizarán o lo dejarán igual), así que yo seguiría usando este filtro y el nuevo descriptor de tipo de publicación hasta comprobar exactamente cómo funcionan ambos y qué recuperan. 

Algunas combinaciones de encabezamiento/subencabezamiento, llamadas Entry Combinations, también serán modificadas de manera retrospectiva, de manera que si haces una búsqueda por alguna de las combinaciones y no recuperas nada, deberás comprobar si en estas Entry Combinations se indica algún término nuevo. Tenlo también en cuenta si tienes búsquedas guardadas. Por ejemplo, hay algunas Entry Combinations que se reemplazan por encabezamientos directamente (pongo algunos ejemplos, no están todos), y otros que se modifican: 

 Encabezamiento/subencabezamiento previo

Enzymes/therapeutic use

Jaw/surgery

Pharmacy/history

Encabezamiento por el que se reemplaza en 2019

Enzyme Therapy

Orthognathic Surgical Procedures

History of Pharmacy

Como siempre, si tienes alguna duda sobre cómo hacer búsquedas en PubMed, cómo utilizar los términos MeSH, qué significan las etiquetas de campo o cómo funciona el Automatic Term Mapping, o cualquier otra pregunta relacionada con la gestión de la información biomédica, tienes a tu bibliotecaria de cabecera en tu biblioteca o a un click de distancia. Estamos para ayudarte. Y si quieres que me acerque a tu institución a dar formación sobre búsquedas, gestores, herramientas para mantenerte actualizado, apoyo a la investigación, etc. siempre puedes ponerte en contacto conmigo a través del correo o de linkedin.

 

MeSH on Demand


MeSH on Demand es una herramienta del Medical Text Indexer (MTI), producida por la Biblioteca Nacional de Medicina de EEUU, que sugiere términos de indexación del vocabulario MeSH.

¿Y para qué podemos usarlo? Por ejemplo, cuando queremos enviar nuestro artículo para su publicación es posible que nos pidan (o que queramos) añadir palabras clave. Seleccionar las palabras clave adecuadas es importante para facilitar la localización posterior de nuestro artículo, y podemos asignarlas a partir de los términos MeSH que mejor lo describan. También podemos investigar qué hay publicado sobre nuestro tema basándonos en los términos MeSH generados a partir de nuestro artículo. Así podemos utilizar esta herramienta como apoyo a la hora de decidir a qué revista enviar nuestro artículo.

Mesh on Demand

¿Cómo funciona? Desde MeSh on Demand podemos introducir nuestro texto en inglés (un máximo de 10.000 caracteres) y pinchamos en el botón Search. La herramienta hará un análisis del texto después de haberlo formateado a caracteres ingleses (por ejemplo si hemos dejado tildes o caracteres propios de otros idiomas) y mostrará varias palabras resaltadas y un listado de descriptores MeSH que se corresponden con el texto marcado. En algunos casos, el MTI sugerirá términos adicionales relacionados con los descriptores sugeridos. Además, justo debajo del texto que hemos introducido, MeSH on Demand nos proporciona un listado de hasta 10 artículos de PubMed similares a nuestro texto, basados en los descriptores sugeridos.

Otra utilidad es la de poder hacer búsquedas bibliográficas en PubMed con los términos MeSH adecuados partiendo de un texto libre introducido en la herramienta. Veremos un botón que dice Start PubMed Search. Si lo pulsamos, nos llevará a otra página donde podremos seleccionar aquellos descriptores sugeridos en la página anterior. Una vez seleccionados, se generará de manera automática una estrategia de búsqueda y se lanzará en PubMed, donde veremos los resultados de esa búsqueda.

En esta página tenéis un videotutorial de 5 minutos sobre el uso de MeSH on Demand:

https://www.nlm.nih.gov/research/umls/user_education/quick_tours/MoD/MoD1.html

Y si queréis empezar a usar MeSH on Demand, aquí tenéis la dirección. Directa a favoritos:

https://meshb.nlm.nih.gov/MeSHonDemand
https://meshb.nlm.nih.gov/MeSHonDemand
https://meshb.nlm.nih.gov/MeSHonDemand

Nuevo filtro en PubMed y PMC


Cuando se realiza una búsqueda en PubMed o en PMC tenemos la opción de usar los filtros que aparecen por defecto en la parte izquierda de la pantalla. Los filtros permiten acotar los resultados para eliminar el mayor número de documentos no relevantes del conjunto de referencias recuperadas, es decir, no se deben aplicar sólo para reducir un número excesivo de resultados.

Pero también podemos aplicar estos filtros para recuperar subconjuntos que cumplan un criterio específico que nos interese o que nos pueda ayudar con nuestra investigación. Para ello, ahora PubMed y PMC nos ofrecen nuevos filtros.

Los filtros permiten acotar los resultados para eliminar el mayor número de documentos no relevantes del conjunto de referencias recuperadas

PubMed ofrece la opción data[filter] para acotar los resultados por aquellos que disponen de enlaces externos a información relacionada tanto en el campo Secondary Source ID on en el campo Link Out-Other Literature Resources. Estos enlaces pueden ser a otras bases de datos de la NLM o a repositorios de datos externos como Figshare.

El modo de uso de este filtro es muy fácil: desde el apartado filtros del menú lateral izquierdo, podemos localizarlo en el apartado Search Fields (donde, por cierto, ya desapareció el 1 de abril la opción de PubMed Commons); pero también lo podemos escribir a mano usando la expresión data[filter] en nuestra búsqueda.

PMC ofrece tres tipos diferentes de filtros:

  • has suppdata[filter] para localizar artículos con material suplementario
  • has data avail[filter] para localizar artículos que incluyen información sobre la disponibilidad de datos o declaración sobre la accesibilidad de esos datos
  • has data citations[filter] para localizar artículos que incluyen información sobre citas
  • has associated data[filter] sería el filtro que se puede usar de manera alternativa para recuperar información de cualquiera de los tres filtros anteriores.

Al igual que en PubMed, los filtros en PMC se pueden localizar en el menú lateral izquierdo o se pueden incluir directamente como expresiones en nuestra estrategia de búsqueda.

PubMed: (“diabetes mellitus”[MeSH Terms] AND data[filter])

PMC: (“diabetes mellitus”[MeSH Terms] AND has suppdata[filter])

Como podemos observar, los filtros de PMC son mucho más específicos que el de PubMed, que engloba mucha más información.

 

Si esta información te ha resultado útil y crees que en tu institución sería buena idea que yo os diera un curso de formación sobre búsquedas bibliográficas en PubMed, ponte en contacto conmigo para pedir presupuesto (tus datos no se almacenarán ni tratarán de ninguna forma, sólo se utilizarán para ponernos en contacto contigo en relación al tema del formulario):

A propósito de enseñar a hacer una búsqueda bibliográfica


La semana pasada sustituí a una compañera en la Escuela Universitaria de Enfermería de la Fundación Jiménez Díaz (Madrid) en la asignatura optativa Documentación y Lectura Crítica, de 2º de Enfermería. Sólo iba a dar 4 horas de la asignatura, así que quedé con la profesora titular en que haría una introducción basándome en las primeras unidades. Mi idea era empezar explicando la importancia de ser críticos con la información que nos llega (o nos encontramos), tanto en Internet como en cualquier otro ámbito. También quería explicarles que si se entiende el funcionamiento de una base de datos es más fácil luego utilizarla y extraer la información relevante de ellas. Otro de mis objetivos era que salieran de clase entendiendo para qué servían los tesauros y cómo funcionaban.

Quienes me seguís en Twitter (@bibliovirtual) sabéis que de vez en cuando me salen hilos de conversación donde comento temas relacionados con las bibliotecas médicas o sus profesionales.

Esta mañana me topé con una frase de R.L. Ackoff, de su obra “The Design of Social Research” (1953), que me hubiera gustado mostrarle a mis alumnos de 2º de Enfermería, pero que no llegué a ella antes de las clases, así que la puse en Twitter:

Un problema correctamente planteado está parcialmente resuelto.

A ese tuit le siguió otro porque quería explicar la importancia de comenzar cualquier investigación con una pregunta correctamente planteada. Cuando me quise dar cuenta había creado un hilo. Ha tenido tanto éxito que he decidido añadirlo aquí para quienes no usan Twitter. He usado la herramienta Spooler para convertir el hilo en texto plano. Pensad que cada tuit puede contener un máximo de 280 caracteres. La negrita la he añadido en este post, no se encuentra en Twitter:

Para mis alumnos de 2º de enfermería del otro día, recordad: “Un problema correctamente planteado está parcialmente resuelto” Ackoff, 1953. Un estudio o una investigación ha de comenzar con una pregunta de investigación correctamente planteada. Ha de ser concisa y clara, y se ha de poder descomponer en formato PICO (Patient, Intervention, Comparation, Outcome)

Cada paso se ve facilitado si el anterior se ha realizado bien. Al contrario, si uno de los pasos no está bien planteado o realizado, los siguientes nos llevarán a un resultado no real, erróneo. De ahí la importancia de saber formular bien una pregunta de investigación. El Investigador Principal debería consultar con el Metodólogo. Para mí es una figura clave en una Investigación para, por ejemplo, una revisión sistemática. El equipo de investigadores y metodólogo definirán los apartados de la pregunta PICO y será el Documentalista quien formule la estrategia de búsqueda. Es importante que exista comunicación para no dejar fuera de la estrategia ningún elemento clave.

El primer paso es identificar todos los conceptos de cada apartado PICO. Después, una vez identificada la base o bases de datos donde se va a buscar, se traducirán esos conceptos al lenguaje específico del tesauro correspondiente. Por ejemplo, en PubMed y MedLine se usa MeSH. En Embase se utiliza Emtree. Es importante saberlo porque esto implica que no puedes “copiar y pegar” una estrategia hecha en PubMed para hacerla igual en Embase. La pregunta y los términos son los mismos, los descriptores del tesauro no lo son.

Los operadores booleanos son iguales: AND, OR, NOT. Pero en algunas bases de datos se toma por defecto el AND entre los términos, aunque no se especifique. Es importante emplear 5min en leer cómo se usa la base de datos que vamos a usar.

Como regla general, vamos a ir haciendo búsquedas simples con cada término de la pregunta PICO. Cada apartado puede estar formado por más de un término, del cual vamos a necesitar su descriptor (si lo tiene) y sus sinónimos, que uniremos con OR. ¿Que por qué usaremos los sinónimos? Porque hay algunos artículos que aún no están indexados con descriptores, con el tesauro. Por ejemplo, en PubMed son documentalistas quienes indexan y otorgan MeSH a los artículos. No todos los artículos que incluye PubMed tienen MeSH, los más recientes de algunas revistas tardan en disponer de descriptores y la única forma de recuperarlos en una búsqueda es a través de palabras clave.

Como os decía: para cada elemento de la pregunta PICO buscamos por separado descriptor y sinónimos. Vamos construyendo primero la estrategia de búsqueda para la P. Cuando la tenemos, pasamos a la I siguiendo los mismos pasos. Es importante ir viendo los resultados de cada búsqueda para detectar posibles errores. Puede que hayamos equivocado un operador booleano o uno de los sinónimos nos esté devolviendo demasiado ruido. Es importante ir ajustando cada búsqueda simple. Cada elemento de la pregunta PICO se unirá con AND. La mayor parte de las veces sólo haremos la búsqueda de PIC, incluso sólo la PI. Depende de la pregunta de investigación. La O será determinada por los expertos que hagan la lectura crítica.

Pensad que hacer la estrategia de búsqueda a partir de la pregunta de investigación es un trabajo en equipo y puede llevar unas 20 horas de trabajo especializado. Entended la importancia de contar con un bibliotecario o documentalista experto en Ciencias de la Salud. Y de contar con un Metodólogo y un Bioestadístico. Esto no quita para que cada miembro del equipo entienda un poco del trabajo del resto, pero es bueno que cada uno se pueda centrar en lo suyo.

Los resultados de la búsqueda se trasladarán a un gestor de referencias, mejor uno que permita el trabajo colaborativo, para que los expertos puedan hacer la lectura crítica de los artículos recuperados. Es importante que la fase de búsqueda no haya dejado fuera ningún artículo. Y es importante la fase de lectura crítica porque será la que determine las conclusiones finales.

Escuela Universitaria Enfermería - FJD

 

Más enlaces interesantes:

Enlace al hilo de Twitter:

María bibliovirtual en Twitter -hilo-
María bibliovirtual en Twitter -hilo-
María bibliovirtual en Twitter -hilo-

 

 

Search Workbench – compara y comprende tus búsquedas en PubMed


Esta mañana he estado probando una nueva herramienta creada por Edwin Sperr, Clinical Information Librarian en la Universidad de Augusta/Universidad de Georgia (EEUU). La herramienta deriva de su trabajo en Visualizing PubMed y se llama Search Workbench.

Cuando queremos realizar una búsqueda compleja en PubMed tenemos que pensar en unir los términos de nuestra búsqueda con lógica Booleana, es decir, usando los conectores AND, OR o NOT. Como utilidad primaria, esta herramienta te puede ayudar a entender el uso de los operadores booleanos, ya que muestra los resultados en un diagrama de Venn. En el siguiente ejemplo vemos los resultados de introducir el operador OR o el operador AND con los mismos términos. ¿Ves la diferencia de resultados al utilizar un operador u otro? (pincha en la imagen para agrandar)

diferencia entre AND y OR

Esta herramienta además ofrece una visualización por años de publicación en PubMed, de manera que podemos ver cuándo se ha comenzado a investigar y publicar más sobre un tema en concreto. En el siguiente ejemplo vemos que fue a partir del año 2010 cuando se empezó a publicar sobre la cirugía laparoscópica de puerto único:

comparación de una estrategia y sus años

Hay veces que realizas una búsqueda en PubMed y la lanzas varias veces modificando algunos términos, ya que quieres comprobar el grado de relevancia de los resultados utilizando un término u otro. Comparar esos resultados, ver cuáles son los artículos que son sólo de una de las estrategias y no de la otra, puede ser bastante engorroso con la interfaz actual de PubMed. Search Workbench permite ver los resultados de una estrategia de manera gráfica utilizando un diagrama de Venn. En este ejemplo comparamos dos estrategias, una usando cirugía laparoscópica como término MeSH y en la otra como término Major Topic. Como veis hay pocos artículos de diferencia:

comparar dos búsquedas

Para ver cuáles son los artículos únicos de una búsqueda puedes pinchar en el botón Show Unique Records. En este caso, todos los artículos que recupera la búsqueda usando Major Topic se recuperan también en la otra búsqueda, por lo que no aparece ningún artículo único. Podríamos hacer esto a mano combinando las dos búsquedas con un NOT, pero existiendo una herramienta como esta, que nos facilita la vida, tampoco hace falta ir a PubMed a complicarla, ¿no?

Espero que os resulte de utilidad. Probadla porque tiene alguna cosa más que os puede interesar:

https://searchworkbench.info
https://searchworkbench.info
https://searchworkbench.info

High Impact PubMed: buscar por especialidades


A través de un tuit de la cuenta Biblioteca de Salut he tenido conocimiento de la herramienta High Impact PubMed, desarrollada por la Universidad Case Western Reserve, y que permite realizar búsquedas en PubMed acotando los resultados a las 20 revistas de una especialidad concreta y basándose en el índice h.

El buscador acepta búsquedas complejas (con términos MeSH y operadores booleanos), aunque se trata de un cuadro de texto simple. Los resultados se ven directamente en la página de resultados de PubMed, donde la aplicación ya filtra por las revistas de la especialidad elegida. Así, por ejemplo, la búsqueda “Diabetes Mellitus”[Majr] AND “Hypertension”[Mesh] en PubMed devuelve, a día de hoy, 29 de agosto de 2017, 12059 resultados. Tenemos la opción de acotar los resultados con el filtro Core Clinical Journals que nos mostraría artículos publicados en revistas con alto F.I. (sin especificar especialidad) y, en ese caso, reduciríamos la búsqueda a 1235 resultados. Sin embargo, High Impact PubMed ofrece la posibilidad de buscar sólo en revistas de la especialidad, por ejemplo, Diabetes, lo que nos ofrece un total de 1775 resultados.

Si quisiéramos buscar en revistas de más de una especialidad, sólo tendremos que añadirla al cuadro de búsqueda, y la aplicación añadirá esos 20 títulos a nuestra estrategia de búsqueda.

Una herramienta muy útil que nos permite ahorrar tiempo a la hora de crear filtros específicos para nuestra especialidad. Mi sugerencia: crea tu propio filtro personalizado. Para ello copia y pega el filtro que crea esta herramienta y crea uno propio desde tu perfil de MyNCBI, de esta forma tendrás siempre disponible un filtro con las revistas de tu especialidad cada vez que hagas una búsqueda.

http://hipubmed.com/
http://hipubmed.com/
http://hipubmed.com/