Nuevo filtro en PubMed y PMC


Cuando se realiza una búsqueda en PubMed o en PMC tenemos la opción de usar los filtros que aparecen por defecto en la parte izquierda de la pantalla. Los filtros permiten acotar los resultados para eliminar el mayor número de documentos no relevantes del conjunto de referencias recuperadas, es decir, no se deben aplicar sólo para reducir un número excesivo de resultados.

Pero también podemos aplicar estos filtros para recuperar subconjuntos que cumplan un criterio específico que nos interese o que nos pueda ayudar con nuestra investigación. Para ello, ahora PubMed y PMC nos ofrecen nuevos filtros.

Los filtros permiten acotar los resultados para eliminar el mayor número de documentos no relevantes del conjunto de referencias recuperadas

PubMed ofrece la opción data[filter] para acotar los resultados por aquellos que disponen de enlaces externos a información relacionada tanto en el campo Secondary Source ID on en el campo Link Out-Other Literature Resources. Estos enlaces pueden ser a otras bases de datos de la NLM o a repositorios de datos externos como Figshare.

El modo de uso de este filtro es muy fácil: desde el apartado filtros del menú lateral izquierdo, podemos localizarlo en el apartado Search Fields (donde, por cierto, ya desapareció el 1 de abril la opción de PubMed Commons); pero también lo podemos escribir a mano usando la expresión data[filter] en nuestra búsqueda.

PMC ofrece tres tipos diferentes de filtros:

  • has suppdata[filter] para localizar artículos con material suplementario
  • has data avail[filter] para localizar artículos que incluyen información sobre la disponibilidad de datos o declaración sobre la accesibilidad de esos datos
  • has data citations[filter] para localizar artículos que incluyen información sobre citas
  • has associated data[filter] sería el filtro que se puede usar de manera alternativa para recuperar información de cualquiera de los tres filtros anteriores.

Al igual que en PubMed, los filtros en PMC se pueden localizar en el menú lateral izquierdo o se pueden incluir directamente como expresiones en nuestra estrategia de búsqueda.

PubMed: (“diabetes mellitus”[MeSH Terms] AND data[filter])

PMC: (“diabetes mellitus”[MeSH Terms] AND has suppdata[filter])

Como podemos observar, los filtros de PMC son mucho más específicos que el de PubMed, que engloba mucha más información.

 

Si esta información te ha resultado útil y crees que en tu institución sería buena idea que yo os diera un curso de formación sobre búsquedas bibliográficas en PubMed, ponte en contacto conmigo para pedir presupuesto (tus datos no se almacenarán ni tratarán de ninguna forma, sólo se utilizarán para ponernos en contacto contigo en relación al tema del formulario):

High Impact PubMed: buscar por especialidades


A través de un tuit de la cuenta Biblioteca de Salut he tenido conocimiento de la herramienta High Impact PubMed, desarrollada por la Universidad Case Western Reserve, y que permite realizar búsquedas en PubMed acotando los resultados a las 20 revistas de una especialidad concreta y basándose en el índice h.

El buscador acepta búsquedas complejas (con términos MeSH y operadores booleanos), aunque se trata de un cuadro de texto simple. Los resultados se ven directamente en la página de resultados de PubMed, donde la aplicación ya filtra por las revistas de la especialidad elegida. Así, por ejemplo, la búsqueda “Diabetes Mellitus”[Majr] AND “Hypertension”[Mesh] en PubMed devuelve, a día de hoy, 29 de agosto de 2017, 12059 resultados. Tenemos la opción de acotar los resultados con el filtro Core Clinical Journals que nos mostraría artículos publicados en revistas con alto F.I. (sin especificar especialidad) y, en ese caso, reduciríamos la búsqueda a 1235 resultados. Sin embargo, High Impact PubMed ofrece la posibilidad de buscar sólo en revistas de la especialidad, por ejemplo, Diabetes, lo que nos ofrece un total de 1775 resultados.

Si quisiéramos buscar en revistas de más de una especialidad, sólo tendremos que añadirla al cuadro de búsqueda, y la aplicación añadirá esos 20 títulos a nuestra estrategia de búsqueda.

Una herramienta muy útil que nos permite ahorrar tiempo a la hora de crear filtros específicos para nuestra especialidad. Mi sugerencia: crea tu propio filtro personalizado. Para ello copia y pega el filtro que crea esta herramienta y crea uno propio desde tu perfil de MyNCBI, de esta forma tendrás siempre disponible un filtro con las revistas de tu especialidad cada vez que hagas una búsqueda.

http://hipubmed.com/
http://hipubmed.com/
http://hipubmed.com/

 

 

Novedades en los resultados de búsqueda en PMC


PubMed Central, que cambió su nombre a PMC hace un tiempo, acaba de introducir otro cambio mucho más interesante: los filtros, del estilo a PubMed, en sus resultados de búsqueda.

PMC es un archivo gratuito de artículos a texto completo localizados en revistas de ciencias de la vida y biomédicas. Se encuentra alojado en los servidores de los US NIH/NLM (National Institutes of Health’s National Library of Medicine). PMC provee acceso gratuito a artículos de revistas que depositan su contenido en este archivo, aunque el uso de estos artículos sigue regido por leyes de copyright. También incluye manuscritos remitidos por autores y que han sido revisados por pares.

Hasta ahora, los resultados de una búsqueda en PMC se mostraban como un listado simple. Desde este mes de agosto se han incluido filtros en la parte izquierda de la pantalla, de igual forma que los podemos encontrar en PubMed. Y funcionan de la misma manera:

Filtros PMC - ejemplo

Se puede acotar el resultado de la búsqueda usando los filtros de disponibilidad del texto, fecha de publicación, campos de búsqueda, organizaciones que financian una investigación (research funder) o características del artículo (se refiere al tipo de material que representa el artículo: manuscritos de autor, archivos añadidos como parte del proyecto PMC Back Issue Digitization, Open Access o artículos retractados.

Cada vez que queremos aplicar un filtro tendremos que marcarlo y, de esa forma, lo activaremos. Tenemos que tener en cuenta que ese filtro, igual que pasa en PubMed, quedará activo para las siguientes búsquedas. Debemos desmarcarlo si no queremos que se aplique en las siguientes búsquedas que realicemos. Para ello podemos eliminar el filtro uno a uno o bien pinchando en el enlace Clear all para eliminarlos todos de golpe. Si somos usuarios de MyNCBI podemos además utilizar los filtros personalizados que tengamos almacenados en nuestro perfil.

Otro cambio interesante en los resultados de búsqueda es que ahora, si un artículo ha sido retractado, se marca en rojo y se incluye un enlace, de manera que sea más fácil para el usuario llevar un seguimiento y ver fácilmente las actualizaciones posteriores de una publicación o de una investigación.

retracted in PMC

Acceso a PMC:

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc

Pubmed: filtro para buscar por medicina alternativa y complementaria


Las medicinas alternativas y complementarias abarcan multitud de prácticas que puede ser interesante conocer para apoyar o desmentir afirmaciones, sustentar la aplicación de un tratamiento o simplemente hacer una búsqueda bibliográfica centrada en este subconjunto.

Existe una estrategia de búsqueda ya creada para buscar en el subconjunto de medicinas alternativas y complementarias. Se ha elaborado utilizando términos pertenecientes a la jerarquía MeSH de este tipo de medicinas, además de términos adicionales y títulos de las revistas de Medline proporcionados por Centro Nacional de Medicina Complementaria y Alternativa (NCCIH), NIH.

Además del filtro, que podéis descargar aquí en formato word (la última actualización de este filtro se hizo en junio de 2015), tenéis la opción de utilizarlo directamente como cam[sb]. Por ejemplo:

arthritis AND cam[sb]

Más información sobre filtros temáticos de Pubmed:

http://www.nlm.nih.gov/bsd/pubmed_subsets.html
http://www.nlm.nih.gov/bsd/pubmed_subsets.html
http://www.nlm.nih.gov/bsd/pubmed_subsets.html

Desaparecen las Cancer Topic Searches de Pubmed


cancer topic searches Desde el apartado Pubmed Tools disponible en la home de Pubmed hay un enlace a las Topic-Specific Queries. Se trata de estrategias de búsqueda predefinidas que acotan los resultados a un tema concreto: SIDA, bioética, cáncer, medicina complementaria, historia de la medicina, alfabetización en salud, etc.

Son un recurso muy útil y fácil de utilizar cuando queremos reducir los resultados de nuestra búsqueda a un tema muy específico. Uno de estos temas es “cáncer”, pero nos avisan de que próximamente será retirada esta opción debido a que el National Cancer Institute (NCI) ha dejado de mantener/actualizar las búsquedas personalizadas para Pubmed.

En la siguiente imagen podéis ver que haciendo una búsqueda por “Depression” y aplicando el filtro “Cancer” de las topic-specific queries descartamos directamente más de 287600 artículos. Si alguien está interesado en la estrategia de búsqueda para crearse un filtro personalizado con ella, puede descargarla del siguiente archivo: cancer-filtro

filtro activado

http://www.nlm.nih.gov/bsd/special_queries.html
http://www.nlm.nih.gov/bsd/special_queries.html
http://www.nlm.nih.gov/bsd/special_queries.html

Filtros personalizados en MyNCBI


Hace ya casi 3 años os expliqué cómo incluir filtros personalizados en MyNCBI para usarlos directamente en nuestras búsquedas habituales de Pubmed. El diseño y la interfaz de MyNCBI ha cambiado bastante desde entonces, así que ha llegado el momento de actualizar la información:

1.– Accedemos a Pubmed y nos registramos en MyNCBI. Podemos crearnos un usuario y contraseña o bien utilizar, por ejemplo, nuestro correo electrónico de gmail para vincular nuestra cuenta:

registro en myncbi

2.- En la página principal encontramos varias cajas movibles con los servicios que ofrece MyNCBI: búsqueda en las bases de datos, búsquedas guardadas, filtros, colecciones… Localizamos la que dice «Filters» y pinchamos en «Manage Filters»:

filters

3.– En la página de filtros vamos a ver tres apartados: el primero me permite elegir sobre qué base de datos vamos a crear y gestionar los filtros (yo tengo seleccionada Pubmed). En la mitad izquierda tenemos nuestra propia lista de filtros activos junto con el botón que permite crear filtros personalizados. En la parte derecha podemos buscar por filtros ya creados y añadirlos a nuestra lista:

filters

 

«Browse/Search for Pubmed Filters»

El apartado «Browse/Search for Pubmed Filters» me va a permitir elegir filtros que ya estén creados por PubMed. Se clasifican en:

  • Popular: son los filtros más usados (búsqueda de ensayos clínicos, por idioma inglés, publicados en los últimos 5 años, revisiones…)
  • LinkOut: si nuestra institución tiene contratada o implementada esta funcionalidad, podemos buscar aquí nuestro filtro linkout, que nos llevará directamente al texto completo de los recursos contratados por nuestra institución o a nuestro repositorio. Nos permite elegir si queremos tener un icono o un enlace Linkout en el apartado Filtros.
  • Properties: añadir filtros por grupos de edad, clinical queries, idiomas, tipo de publicaciones, fechas…
  • Links: enlaces a otros recursos relacionados con NCBI, como Pubmed Central o Genome.

Para incluir cualquiera de estos filtros sólo hay que marcarlo y automáticamente aparecerá en la parte izquierda:

addto

 

«Create custom filter»

Si necesitamos un filtro que no aparece por defecto en el apartado que hemos visto antes, podemos crearlo y añadirlo a nuestro perfil. Para ello pinchamos en el botón «Create custom filter» y aparecerá una ventana flotante donde podremos escribir la estrategia o filtro. Los filtros los podéis crear haciendo uso de los limitadores de campo y etiquetas. Como ayuda, también podéis echarle un vistazo a este post y crearos un filtro específico para una búsqueda concreta, aunque en ese caso puede que sea más lógico utilizarlo puntualmente.

Por ejemplo, queremos añadir un filtro que sea Conflicto de interés, la estrategia sería la siguiente (copiar y pegar en la ventanita emergente):

conflict of interest[mh] OR “conflict of interest”[tiab] OR “conflicts of interest”[tiab] OR “conflict of interests”[tiab] OR “conflicting interest”[tiab] OR “conflicting interests”[tiab] OR “competing interest”[tiab] OR “competing interests”[tiab] OR “financial conflict”[tiab] OR “financial conflicts”[tiab] OR “commercial conflicts”[tiab] OR ((“conflict”[tiab] OR “conflicts”[tiab] OR funding[tiab] OR financial[ti]) AND (“disclosure”[tiab] OR “disclosures”[tiab] OR “disclose”[tiab] OR “disclosed”[tiab]))

Podemos probarlo para ver cuántos artículos hay que cumplan esos criterios. Nombramos este filtro para identificarlo en nuestra lista y lo guardamos pinchando en «Save Filter»:

filtro

Automáticamente se añade a nuestro listado, indicando que es un filtro personalizado y permitiendo que lo modifiquemos si pinchamos en la ruedita azul que aparece tras el nombre del filtro o eliminarlo si pinchamos en el enlace que dice «delete».

guardado

 

Una vez que ya tengamos todos nuestros filtros, sólo tendremos que volver a Pubmed y lanzar nuestra búsqueda. En la parte derecha de la pantalla tendremos un listado con nuestros filtros personales:

final

 

Podéis leer más información sobre filtros:

Working with Filters – My NCBI Help
Working with Filters – My NCBI Help
Working with Filters – My NCBI Help

Cambios en Pubmed: los filtros sustituyen a la página de límites.


Una vez más, la NLM realiza cambios en la base de datos Pubmed. En esta ocasión no se trata de un cambio de diseño, sino de funcionalidad (que acarrea un nuevo diseño de pantalla, obviamente).

Hasta hace unos días, junto al cuadro de búsqueda de pubmed teníamos un enlace a los límites, que nos permitían acotar los resultados de búsqueda según nuestras necesidades. A partir de ahora, este enlace a la página de límites desaparece, convirtiéndose estos en parte de los filtros, que ahora se sitúan en un menú lateral en la parte izquierda de la pantalla.

A continuación, un antes y un después de la página principal de búsqueda:

ANTES: Limits

AHORA - sin limits

AHORA – sin limits

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Añadir filtros personalizados en PubMed


A raíz del post de ayer alguien me ha preguntado cómo añadir este filtro a nuestra búsqueda, así que voy a intentar explicarlo de forma muy gráfica mediante pantallazos de PubMed:

1.- Registrarse en MyNCBI:

Registrarse en MyNCBI

Registrarse en MyNCBI (esquina superior derecha)

El registro es gratuito, si no tienes una cuenta creada, la puedes hacer en el mismo momento. Sólo necesitas una dirección de correo electrónico. O utilizar tu cuenta de Google, por ejemplo.

2.- Una vez dentro de MyNCBI pincharemos en la opción Search Filters (menú de la izquierda):

Search Filters

Search Filters

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¿Conflicto de interés? Fíltralo.


El año pasado os presenté el blog “PubMed Search Strategies” donde se recogen filtros creados por profesionales de la información en ciencias de la salud. Por cierto que uno de estos profesionales es Concha Campos-Asensio, compañera de la Biblioteca del Hospital de Getafe.

Como os comentaba, en este blog podéis localizar filtros que podéis añadir a vuestras búsquedas en PubMed para localizar información más relevante y precisa. El último que han añadido se refiere a conflictos de interés:

conflict of interest[mh] OR “conflict of interest”[tiab] OR “conflicts of interest”[tiab] OR “conflict of interests”[tiab] OR “conflicting interest”[tiab] OR “conflicting interests”[tiab] OR “competing interest”[tiab] OR “competing interests”[tiab] OR “financial conflict”[tiab] OR “financial conflicts”[tiab] OR “commercial conflicts”[tiab] OR ((“conflict”[tiab] OR “conflicts”[tiab] OR funding[tiab] OR financial[ti]) AND (“disclosure”[tiab] OR “disclosures”[tiab] OR “disclose”[tiab] OR “disclosed”[tiab]))

Aunque a primera vista parece fácil, debemos recordar que crear un filtro completo requiere conocer todas las posibilidades de la base de datos: no sólo los descriptores, sino también los campos donde se pueden buscar los términos y, por supuesto, los sinónimos y términos relacionados. Este filtro ha sido realizado por Jeannine C. Gluck que nos hace la siguiente observación en cuanto al filtro:

The [ti] tag rather than a [tiab] tag is used with “financial” to eliminate retrieval of many irrelevant abstracts which ended with a statement of the author’s financial disclosures.

Os recomiendo que no dejéis de visitar este blog cuando tengáis que hacer una búsqueda en PubMed, seguro que encontráis información útil que os ayuda a mejorar los resultados.

http://pubmedsearches.blogspot.com/2010/08/conflict-of-interest-keyword-search.html
http://pubmedsearches.blogspot.com/2010/08/conflict-of-interest-keyword-search.html
http://pubmedsearches.blogspot.com/2010/08/conflict-of-interest-keyword-search.html