Integrando NCBI Images con PubMed


Parece que se avecinan cambios y mejoras, otra vez, en los productos de NCBI. Parece que dentro de poco se lanzará una nueva base de datos de imágenes: NCBI Images, y que además se integrará en los resultados de PubMed, aunque sólo para los artículos de PubMed Central. Esta información la he obtenido del boletín técnico y de ahí es de donde tomo las imágenes para mostraros un adelanto de lo que será esta integración:

Captura de pantalla de cómo será la integración de Images con PubMed.

La tira con los thumbnails de las imágenes se colocará al final del resumen, después del PMID. Además se podrá acceder a todas las imágenes gracias al enlace “See all images” en el caso de que no queramos utilizar las flechas situadas en los extremos de la tira y que nos permite navegar por todas las imágenes. Como los artículos de PubMed Central son de carácter gratuito, junto al enlace a las imágenes habrá un enlace al texto completo.

La previsualización de la imagen la podremos obtener pasando el puntero del ratón por encima de la imagen deseada. Para ir directamente a la imagen sólo habrá que pinchar sobre ella en la tira de imágenes o en la imagen de previsualización:

Previsualización de las imágenes

 

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed

NCBI Images


images database homepage

Dentro de poco estará disponible la base de datos de imágenes del NCBI (National Center for Biotechnology Information), que permitirá la búsqueda de millones de imágenes científicas de los recursos a texto completo de NCBI. Inicialmente, la base de datos incluirá imágenes de artículos de PubMed Central.

Se podrá hacer la búsqueda por términos o por los parámetros de la imagen tales como su altura, ancho o el caption. En el apartado de búsqueda avanzada habrá un listado con todos los campos por los que se podrá realizar la búsqueda.

Inicialmente, los resultados de la búsqueda se mostrarán en formato “summary” (thumbnail de la imagen, título de la imagen como aparece en el artículo, parte del texto, referencia del artículo donde se localiza la imagen y enlaces al texto completo y a las citas). De todas formas se podrá elegir la forma de visualizar los resultados. El orden de los resultados atiende a un algoritmo de relevancia según la estrategia de búsqueda lanzada.

image database summary display

Tiene usted un tumor, ¡pero es tan mono!


El post original se titula Bad news: you have a tumor. Good news: it’s really cute!, del blog NCBI ROFL. Este blog lo tenía incluido en el apartado “humor” de mi lector de feeds, ya que se trata de un blog donde sus autores, estudiantes de doctorado en Biología Molecular y Celular, recogen los artículos reales de estudios divertidos o curiosos indizados en PubMed. Hace un tiempo, la popularidad de este blog creció tanto que fue absorbido por Discoblogs.

Volvamos al tema del post… en la entrada original los autores han localizado varios artículos que hablan sobre las imágenes curiosas que localizan algunos patólogos en sus trabajos diarios, por ejemplo:

Nonproliferative Fibrocystic Changes and the Easter Bunny:

A 46-year-old woman had an excisional breast biopsy that revealed nonproliferative fibrocystic changes as the only histopathologic abnormality. Although it was not Easter at the time of diagnosis, an Easter bunny was found hiding in one of the dilated ducts, which also contained amorphous eosinophilic secretions. A benign diagnosis in a breast biopsy (or any other biopsy) is good news for the patient at any time of the year, but even more special when accompanied by this little fellow.

Images in pathology. Even the bone smiles!

Figure 1 shows an unusual bone finding from a 56-year-old woman’s biopsy. We encountered a “smiling” osseous trabecula; we do not know why it is so happy; nevertheless we want to share it with all fellow pathologists because a beautiful smile is always a beautiful smile!

Images in pathology. Invasive squamous cell carcinoma of vulva that wanted to be a puppy.

Squamous cell carcinomas of the vulva are usually well differentiated. Foci of invasion may be well circumscribed and show maturation (the head of the puppy). For such foci located close to the epidermis, diagnosis of invasion may pose a challenge. Careful examination and deeper levels may disclose clear cut foci of invasion. How many such foci can you find here?  For answer see below.

NCBI ROFL: Bad news: you have a tumor. Good news: it’s really cute!
NCBI ROFL: Bad news: you have a tumor. Good news: it’s really cute!
NCBI ROFL: Bad news: you have a tumor. Good news: it’s really cute!

Visible Human Server


LogoLSPOff

A través del blog USALBiomédica llego a un recurso interactivo y gratuito para estudiar anatomía humana. Se llama Visible Human Server y ha sido creado por la Ecole Polytechnique Fédérale de Lausanne. Del blog USALBiomédica recuperamos este texto:

Mediante la navegación por diversas capas (axial, sagital y coronal) podemos observar el interior del cuerpo humano. El recurso permite  combinar visualizaciones en dos y tres dimensiones. Descargando un pequeño programa, podremos marcar las diferentes estructuras anatómicas con diversos colores y guardar los marcadores de las zonas escogidas.

Recordad que es necesario registrarse (sin coste) para poder acceder a las aplicaciones. En la página web os podéis encontrar lo siguiente:

  • Extract slices, curved surfaces, and slice animations from both datasets (male and female)
  • Interactively navigate by slicing through the male dataset in real-time
  • Construct 3D anatomical scenes using combinations of slices and 3D models of internal structures from the male dataset, and extract 3D animations
  • Add voice comments to video sequences generated using the applets

Visible Human Server - pantallazos

NEJM – Image of the week: images in clinical medicine


La publicación New England Journal of  Medicine ofrece cada semana una imagen acompañada del caso clínico. Además te ofrecen la oportunidad de descargar la imagen y el caso en formato pdf o en una diapositiva power point para utilizarla con fines educativos o de investigación.

Ejemplo:

nejm-thoracic

SpringerImages


En los ratitos libres que he tenido esta mañana me ha dado por trastear un poco con una nueva herramienta de Springer: SpringerImages.

header

Normalmente, lo primero que hago cuando entro a “ver” una nueva herramienta suele ser echar una ojeada general y luego dirigirme hacia cualquier “acerca de” o “preguntas frecuentes” o “tutoriales”. Es una forma de ganar tiempo. Además, si la herramienta permite un registro gratuito, lo hago para poder probarla con todas las características posibles.

Así que me he registrado y además he solicitado un periodo de prueba para los usuarios de la Biblioteca del Hospital. En cuanto me confirmen que se puede acceder os avisaré desde el Blog y probablemente también a través del Portal de Comunicación Interna del Hospital.

¿Qué es SpringerImages?

Es una colección de imágenes, tablas, cuadros y gráficos de varios campos del conocimiento, aunque a nosotros nos interesa el apartado “Medicine & Public Health” e “images.MD”.  Actualmente hay más de un millón y medio de imágenes, pero sólo unas 29.000 son gratuitas. Cualquier persona puede utilizar estas imágenes para propósitos no comerciales y dirigidos especialmente a la enseñanza o investigación, o para incluirlas en presentaciones de power point para un congreso, por ejemplo. Existen ciertas reglas de copyright que se han de aceptar para utilizar las imágenes.

Anyone can create an account and search the free and Open Access images indexed by SpringerImages. Access to the complete collection is available via subscription to libraries, research institutions and individuals. Images obtained from SpringerImages can be used for almost all noncommercial purposes, including integration into presentations and PDF documents.

¿Cómo funciona?

Sigue leyendo

ARRS Goldminer: buscador de imágenes radiológicas


goldminer

A través de USALbiomédica he llegado al buscador de imágenes radiológicas ARRS GoldMiner, desarrollado por la American Roentgenology Ray Society, que proporciona acceso a imágenes radiológicas publicadas en unas 260 revistas revisadas por pares. Como nos dicen en el blog USALbiomédica, ofrece opciones de búsqueda avanzada y la posibilidad de aplicar filtros para ayudar a precisar las búsquedas: tipo de imagen, edad y sexo.

A diferencia de otros buscadores, ARRS GoldMiner incorpora vocabularios especializados, como los Medical Subject Headings (MeSH) de la Biblioteca Nacional de Medicina de Estados Unidos (NLM).

Además, en fase beta, se encuentra una nueva funcionalidad: ARRS GoldMiner Global, que permite buscar más de 213000 imágenes en 11 idiomas. El problema: buscando la palabra “riñón” en español localicé poco más de 11600 imágenes. Introduciendo la palabra “kidney” y buscando en inglés obtuve 12000. Todavía hay un sesgo por idioma, pero están en fase beta. Mejorará.

Visible Body: atlas 3D de anatomía humana


visible body

Argosy Publishing es el productor de Visible Body, una aplicación totalmente interactiva y en 3D del cuerpo humano. Actualmente está en fase beta y se encuentra disponible gratuitamente para aquellos usuarios que se hayan registrado previamente.

face

Se trata de una herramienta muy útil para los estudiantes, y un lugar de referencia y consulta puntual para los profesionales, que la pueden utilizar para explicar dolencias, enfermedades y posibles intervenciones a sus pacientes.

With the Visible Body, you can:

  • Search for and locate anatomical structures by name.
  • Hide, rotate, see through, and explore parts of human anatomy.
  • Move the model in three-dimensional space, by either clicking directly on the
    model or using the virtual joystick.
  • Zoom in and out, using either the on-screen zoom slider or a mouse scroll wheel.
  • Click on systems or structures to make them transparent or hide them entirely.
  • Click on anatomical structures to reveal names.

WebSurg: la universidad quirúrgica virtual


WEBSurg

WeBSurg es una universidad quirúrgica virtual, accesible a todo el mundo a través de internet. El concepto WeBSurg fue concebido por el Profesor Jacques Marescaux y su equipo en el European Institute of Telesurgery (EITS) de Strasbourg, Francia. Nuestro objetivo es brindar a la comunidad quirúrgica, sociedades científicas, centros de enseñanza médica e industrias, un entrenamiento quirúrgico en línea, información acerca de las últimas innovaciones en cirugía y la posibilidad de conferenciar con cirujanos y expertos de todas partes del mundo. WeBSurg y sus fundadores científicos, el Profesor Jacques Marescaux, el Profesor Didier Mutter, el Profesor Joël Leroy y el Doctor Michel Vix, todos ellos expertos reconocidos internacionalmente en el campo de la cirugía y telecirugía, intentan acelerar la difusión del conocimiento e innovaciones tecnológicas a través del mundo, a fin de ofrecer a los cirujanos y sus equipos un acceso directo a los últimos avances de la cirugía, como también mejorar el confort y bienestar de los pacientes.

En esta web, de registro gratuito, se puede acceder a más de 890 vídeos quirúrgicos, 130 técnicas quirúrgicas, más de 1200 entrevistas debates entre expertos y más de 180 miniconferencias. El comité editorial y científico de esta web proporciona fiabilidad en sus contenidos, además de regirse por la normativa HonCode de sitios de salud.

Se puede consultar en varios idiomas: inglés, francés, español, japonés y chino tradicional. Recurso muy recomendable tanto para estudiantes de medicina como para profesionales en activo.

Artroimagen: banco de imágenes en patología osteoarticular


ArtroImagen

ArtroImagen

Leyendo el Blog de la Biblioteca Biosanitaria de la Universidad de Salamanca (USALbiomédica), descubro una nueva herramienta. Se trata de ArtroImagen, un “espacio médico de colaboración profesional para crear un banco de imágenes relacionadas con la patología osteoarticular”. Os dejo aquí el texto que incluye el blog de USALbiomédica sobre esta herramienta:

Se trata de una iniciativa de los Hospitales Vall d’Hebron y  del Mar que ha contado con la colaboración de laboratorios Pfizer. En el momento actual cuenta con más de 1000  imágenes. La visualización es gratuita aunque  es necesario registrarse e identificarse como personal médico o enfermero para poder publicar y hacer comentarios.  Las imágenes son evaluadas por un comité de expertos para garantizar su calidad. Se garantiza la privacidad del paciente. La página web cuenta con un buscador de imágenes que permite realizar búsquedas avanzadas. También incorpora una lupa para centrar  detalles concretos de la imagen.