Nueva home de Pubmed


Nueva home de Pubmed

La home de PubMed ha cambiado, como ya os adelantaba en el post sobre PubMed Journals, para incluir nueva información: en la primera columna aparece Latest Literatura, que muestra los artículos más leídos de las revistas que más se han consultado desde PubMed Journals; la segunda columna, Trending Articles, muestra los artículo indizados en PubMed y con mayor número de visitas; la tercera columna, PubMed Commons, muestra los comentarios más destacados a los artículos indizados en PubMed.

Por cierto, si aún no tienes claro que es PubMed Commons, puedes leer este post donde explican su historia.

Novedades en los resultados de búsqueda en PMC


PubMed Central, que cambió su nombre a PMC hace un tiempo, acaba de introducir otro cambio mucho más interesante: los filtros, del estilo a PubMed, en sus resultados de búsqueda.

PMC es un archivo gratuito de artículos a texto completo localizados en revistas de ciencias de la vida y biomédicas. Se encuentra alojado en los servidores de los US NIH/NLM (National Institutes of Health’s National Library of Medicine). PMC provee acceso gratuito a artículos de revistas que depositan su contenido en este archivo, aunque el uso de estos artículos sigue regido por leyes de copyright. También incluye manuscritos remitidos por autores y que han sido revisados por pares.

Hasta ahora, los resultados de una búsqueda en PMC se mostraban como un listado simple. Desde este mes de agosto se han incluido filtros en la parte izquierda de la pantalla, de igual forma que los podemos encontrar en PubMed. Y funcionan de la misma manera:

Filtros PMC - ejemplo

Se puede acotar el resultado de la búsqueda usando los filtros de disponibilidad del texto, fecha de publicación, campos de búsqueda, organizaciones que financian una investigación (research funder) o características del artículo (se refiere al tipo de material que representa el artículo: manuscritos de autor, archivos añadidos como parte del proyecto PMC Back Issue Digitization, Open Access o artículos retractados.

Cada vez que queremos aplicar un filtro tendremos que marcarlo y, de esa forma, lo activaremos. Tenemos que tener en cuenta que ese filtro, igual que pasa en PubMed, quedará activo para las siguientes búsquedas. Debemos desmarcarlo si no queremos que se aplique en las siguientes búsquedas que realicemos. Para ello podemos eliminar el filtro uno a uno o bien pinchando en el enlace Clear all para eliminarlos todos de golpe. Si somos usuarios de MyNCBI podemos además utilizar los filtros personalizados que tengamos almacenados en nuestro perfil.

Otro cambio interesante en los resultados de búsqueda es que ahora, si un artículo ha sido retractado, se marca en rojo y se incluye un enlace, de manera que sea más fácil para el usuario llevar un seguimiento y ver fácilmente las actualizaciones posteriores de una publicación o de una investigación.

retracted in PMC

Acceso a PMC:

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc

Buscar Zika en Pubmed y MeSH


El virus de Zika se descubrió en 1947, pero durante muchos años solo se detectaron casos humanos esporádicos de la enfermedad en África y Asia meridional. En 2007 se declaró en el Pacífico el primer brote documentado de enfermedad por el virus de Zika. Desde 2013, se han notificado casos y brotes de la enfermedad en el Pacífico occidental, las Américas y África. Dada la ampliación de los hábitats en que los mosquitos pueden vivir y reproducirse a causa de la urbanización y la mundialización, podrían producirse importantes epidemias urbanas de la enfermedad por el virus de Zika en todo el planeta.

Esto es lo que se puede leer en la web de la OMS. Tal es la relevancia que ha tomado este virus que hace apenas 3 días se incluyeron dos términos MeSH relacionados con él:

Uno de los puntos más interesantes de las formaciones que doy sobre el uso de Pubmed es el apartado dedicado a los términos MeSH (Medical Subject Headings). Cada artículo indizado en Pubmed tiene asignados unos 10-12 términos o descriptores MeSH, de los cuales un promedio de 2-4 reflejan el tema predominante del artículo. Las búsquedas en Pubmed utilizando los términos MeSH devuelven artículos más relevantes, pero hemos de recordar que no devuelven todo.

Cuando se incorpora un término MeSH a la base de datos éste puede ser utilizado por los indizadores para asignarlo a los artículos “a partir de ese momento”. Es decir, excepto en ocasiones o temas puntuales, los artículos que hubieran sido indizados previamente sobre ese tema no llevarán el término MeSH. Pensad que son 25 millones de registros los que contiene Pubmed y que sería una tarea ardua la de repasar cada año cada registro para poder añadir los nuevos términos MeSH.

Os decía antes que, salvo ocasiones puntuales, los artículos indizados con anterioridad a la aparición del término MeSH y que trataran ese tema no se indizaban de nuevo para asignarles el descriptor. Con el virus Zika y la infección por este virus sí se va a hacer la excepción.

Si ahora mismo (30 enero 2016) hacéis una búsqueda por el término “Zika Virus”[Mesh]  o por “Zika virus infection”[Mesh] no vais a recuperar ningún artículo puesto que aún no ha dado tiempo a realizar la indización (estos términos se añadieron el 27 de enero). Para hacer la búsqueda sería recomendable buscar “Zika” en el título o resumen de los artículos. Para ello podéis utilizar el limitador de campo correspondiente:

A día de hoy recuperaréis 174 artículos, 28 de los cuales (el 16%) han sido publicados en este mes de enero, y siendo el más antiguo un artículo de 1952:

zika 1952

Si alguno de vosotros se pregunta por qué hay que usar el limitador de campo de título y resumen [tiab] es para evitar recuperar artículos irrelevantes para nuestra búsqueda. Por ejemplo, si hacéis una búsqueda tipo Google, introduciendo ZIKA en la caja de búsqueda, sin especificar nada más, además de los artículos que hablen sobre este virus o la infección, recuperaréis también los artículos escritos por autores apellidados Zika:

autores zika

A la hora de buscar en Pubmed hay que ser conscientes de cómo funciona la indización de los artículos para poder recuperar lo que sea más relevante para nosotros. No es sólo importante (muy importante) saber exactamente qué estamos buscando, sino cómo funciona la fuente donde vamos a hacer esa búsqueda. No dudes en ponerte en contacto conmigo si quieres ofrecer formación sobre Pubmed en tu institución.

Pubmed para Enfermería – tutoriales


pubmed for nurses
La semana pasada Pubmed publicaba una serie de videotutoriales con sus respectivos cuestionarios dirigidos a la comunidad enfermera. Estos videotutoriales (en inglés) están centrados en Pubmed y en su uso para localizar información biomédica. Los vídeos, de entre 1 y 5 minutos de duración, explican varios aspectos básicos de Pubmed:

  • ¿Qué es Pubmed?
  • ¿Cómo realizar una búsqueda (simple) utilizando el formato PICO?
  • Uso de filtros para acotar los resultados
  • ¿Cómo puedo centrarme en artículos que sean clínicamente relevantes? (uso de las Clinical Queries)
  • ¿Cómo puedo guardar y crear alertas de búsquedas?

Si estás iniciándote en el uso de Pubmed, aunque no seas del ámbito enfermero, no dudes en consultar este recurso gratuito que pone a tu disposición la Biblioteca Nacional de Medicina de EEUU.

https://www.nlm.nih.gov/bsd/disted/nurses/cover.html
https://www.nlm.nih.gov/bsd/disted/nurses/cover.html
https://www.nlm.nih.gov/bsd/disted/nurses/cover.html

Pubmed: filtro para buscar por medicina alternativa y complementaria


Las medicinas alternativas y complementarias abarcan multitud de prácticas que puede ser interesante conocer para apoyar o desmentir afirmaciones, sustentar la aplicación de un tratamiento o simplemente hacer una búsqueda bibliográfica centrada en este subconjunto.

Existe una estrategia de búsqueda ya creada para buscar en el subconjunto de medicinas alternativas y complementarias. Se ha elaborado utilizando términos pertenecientes a la jerarquía MeSH de este tipo de medicinas, además de términos adicionales y títulos de las revistas de Medline proporcionados por Centro Nacional de Medicina Complementaria y Alternativa (NCCIH), NIH.

Además del filtro, que podéis descargar aquí en formato word (la última actualización de este filtro se hizo en junio de 2015), tenéis la opción de utilizarlo directamente como cam[sb]. Por ejemplo:

arthritis AND cam[sb]

Más información sobre filtros temáticos de Pubmed:

http://www.nlm.nih.gov/bsd/pubmed_subsets.html
http://www.nlm.nih.gov/bsd/pubmed_subsets.html
http://www.nlm.nih.gov/bsd/pubmed_subsets.html

Pubmed: disponibles los títulos en lengua vernácula para artículos que no dispongan de traducción al inglés


Siempre os comento los continuos cambios a los que nos tiene acostumbrados Pubmed. Y personalmente estoy encantada porque eso significa que a la NLM le importa su producto y está constantemente poniéndolo a prueba y mejorándolo.

Hace unos dos años, os anunciaba que Pubmed empezaba a incorporar resúmenes en otros idiomas diferentes del inglés. La novedad de hoy radica en los títulos de los artículos en otros idiomas.

Hasta ahora, los títulos de los artículos que no estaban traducidos al inglés aparecían en Pubmed como [Not Available]. En breve, estos títulos aparecerán en su idioma original:

antes

despues

Las búsquedas no se verán afectadas por este cambio, ya que la búsqueda por título en Pubmed se hace sólo en los títulos en inglés y en aquellos que están traducidos. Para buscar por los títulos en lengua vernácula habría que utilizar la etiqueta de campo [tt] de “Transliterated Title”.

 

 

 

Nueva característica de PubMed: “PubMed Also-Viewed”


PubMed is free, but finding the important articles on a topic can cost a lot of time.

Cuando estás en cualquier web de compras, por ejemplo, es habitual ver mensajes del tipo “los usuarios/clientes que compraron este producto también se interesaron por este/estos otro/s”. Ahora PubMed quiere ayudar a sus usuarios con un nuevo enlace llamado “Articles frequently viewed together” y que, basándose en los click hechos por otros usuarios durante el año anterior, identifica los artículos que se leen relacionados entre sí. El hecho de que el algoritmo utilizado esté basado en los clicks hechos durante el año inmediatamente anterior implica que los artículos antiguos están pobremente representados. De hecho, de los más de 24 millones de registros que contiene PubMed, sólo 1,3 millones dispone de este link. alsoviewed

¿Cómo lo vemos? Pincha en el título del artículo para leer su resumen. En la columna de la derecha verás un apartado que dice “Related information” y el enlace “Articles frequently viewed together”. Si el artículo no tiene otros registros relacionados por consulta no aparecerá nada. Si queréis hacer una búsqueda y que en los resultados aparezcan sólo artículos con registros vinculados por la consulta deberéis introducir pubmed_pubmed_alsoviewed[filter] en la estrategia de búsqueda. Por ejemplo, para buscar artículos que hablen sobre la diabetes melitus y tengan artículos que se consulten juntos:

“Diabetes Mellitus”[Mesh] AND pubmed_pubmed_alsoviewed[filter]

Es importante no confundir el enlace “Similar articles” que aparece al final de cada referencia de PubMed con la nueva característica “Also viewed”. Los artículos similares están basados en un algoritmo donde se tienen en cuenta los términos Mesh y las palabras clave y su ubicación dentro del texto entre otras cosas.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed

Pubmed: de guardar búsquedas a crear alertas


Una de las características de Pubmed es la posibilidad de registrarse en MyNCBI para poder personalizar algunas de las características de esta base de datos, así como guardar búsquedas y crear alertas.

Cuando lanzamos una búsqueda en Pubmed, justo debajo del cuadro de texto donde introducimos nuestra estrategia de búsqueda, aparece un link a “Save search“. Al pinchar en él te pide que accedas con tu usuario y contraseña para guardarla en tu perfil privado:

save search

register in MyNCBI

registro en MyNCBI

Como veis en la imagen anterior, registrarse en MyNCBI permite acceder a diferentes características y personalizaciones de varias de las bases de datos que componen NCBI, entre ellas Pubmed.

Cuando guardamos una búsqueda, ya dentro de nuestra área privada, Pubmed nos ofrece la opción de crear una alerta. Para facilitar la localización de esta opción, en unos días el link “Save search” que aparece justo debajo del cuadro de búsqueda pasará a llamarse “Create alert“. También, el link RSS cambiará de nombre a “Create RSS”:

create alert

Recordad que lo único que cambiará es la denominación, pero seguirá funcionando igual que hasta ahora.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed

Desaparecen las Cancer Topic Searches de Pubmed


cancer topic searches Desde el apartado Pubmed Tools disponible en la home de Pubmed hay un enlace a las Topic-Specific Queries. Se trata de estrategias de búsqueda predefinidas que acotan los resultados a un tema concreto: SIDA, bioética, cáncer, medicina complementaria, historia de la medicina, alfabetización en salud, etc.

Son un recurso muy útil y fácil de utilizar cuando queremos reducir los resultados de nuestra búsqueda a un tema muy específico. Uno de estos temas es “cáncer”, pero nos avisan de que próximamente será retirada esta opción debido a que el National Cancer Institute (NCI) ha dejado de mantener/actualizar las búsquedas personalizadas para Pubmed.

En la siguiente imagen podéis ver que haciendo una búsqueda por “Depression” y aplicando el filtro “Cancer” de las topic-specific queries descartamos directamente más de 287600 artículos. Si alguien está interesado en la estrategia de búsqueda para crearse un filtro personalizado con ella, puede descargarla del siguiente archivo: cancer-filtro

filtro activado

http://www.nlm.nih.gov/bsd/special_queries.html
http://www.nlm.nih.gov/bsd/special_queries.html
http://www.nlm.nih.gov/bsd/special_queries.html

Indicadores clave de MedLine


Llega el fin de año y con él las revisiones de todo lo que ha acontecido durante los meses anteriores. Desde la Biblioteca Nacional de Medicina de EEUU nos llegan los indicadores clave de MedLine hasta ahora. Unos datos curiosos que nos muestran la importancia de esta base de datos imprescindible para los profesionales sanitarios y los bibliotecarios de ciencias de la salud. Por ejemplo, nos dicen que se han realizado más de 2’7 billones (americanos) de búsquedas en Pubmed (un 8% más respecto al año anterior) o que en Medline hay indizados 5647 títulos.

key indicators

Conociendo estas cifras cada vez se hace más importante saber buscar para localizar la información relevante, sin recuperar ruido documental y sin perder información clave. Os dejo aquí el link a los tutoriales de Pubmed para que podáis sacarle el mayor partido a vuestras búsquedas: http://www.nlm.nih.gov/bsd/disted/pubmed.html

Más información sobre estos indicadores y acceso a otras estadísticas:

http://www.nlm.nih.gov/bsd/bsd_key.html
http://www.nlm.nih.gov/bsd/bsd_key.html
http://www.nlm.nih.gov/bsd/bsd_key.html