Actualización de MeSH 2019


Leíamos la noticia en el boletín técnico de la Biblioteca Nacional de Medicina (NLM por sus siglas en inglés) de EEUU: el YEP (Year-End-Processing) es como se conoce al mantenimiento anual y durante el cual se realizan cambios en MEDLINE. Uno de los cambios más importantes es el que afecta al tesauro MeSH (Medical Subject Headings) y que es el vocabulario controlado que se usa para catalogar los registros en MEDLINE. Cada artículo que se cataloga en MEDLINE recibe una serie de descriptores que definen el tema/s que trata ese artículo. 

Para empezar, 73 encabezamientos MeSH o han sufrido cambios o bien han sido eliminados y reemplazados por terminología más actual. Durante el YEP, la NLM actualizará estos encabezamientos en los registros de MEDLINE.

Además, se añaden 402 nuevos encabezamientos y 20 tipos de publicación. Os dejo aquí el listado completo en pdf de los nuevos encabezamientos con sus notas de alcance, notas y localizaciones en el árbol jerárquico. 

Normalmente no se hace una catalogación retrospectiva cuando aparecen nuevos descriptores, por lo que buscar en PubMed por un nuevo término MeSH con las etiquetas [mh] o [majr] limita la búsqueda a los registros indexados después de que se haya añadido el descriptor al MeSH. Para recuperar registros indexados antes de la introducción del nuevo MeSH podemos ayudarnos del ATM (Automatic Term Mapping) de PubMed (quienes hayáis venido a alguno de mis cursos ya sabéis cómo funciona). El ATM expande la búsqueda de los términos que no están etiquetados para buscar tanto por términos MeSH como por los términos indexados en All Fields. No es mala idea tampoco consultar la base de datos MeSH para ver los términos indexados previamente sobre un concepto en particular. 

Para el año 2019 contamos con una excepción: el nuevo tipo de publicación Systematic Review sí será añadido a los registros ya existentes en MEDLINE y que cumplan con los criterios de inclusión. Es decir, se hará una catalogación retrospectiva para facilitar la recuperación de todas las revisiones sistemáticas. 

Además de Systematic Review como tipo de publicación tenemos también Systematic Review as Topic (como tema). Al hacer una búsqueda, podemos encontrarnos con revisiones sistemáticas y con trabajos que hablen sobre revisiones sistemáticas.

Ten en cuenta que si tienes alguna búsqueda guardada y alguna alerta activa, los resultados se pueden ver alterados por la inclusión y modificación de los términos MeSH. Aprovecha para darle una vuelta a los términos y asegurarte de que estás recuperando toda la información relevante.

En PubMed contamos con un filtro metodológico en las Clinical Queries para recuperar revisiones sistemáticas. Aún no está actualizado (ignoro si lo actualizarán o lo dejarán igual), así que yo seguiría usando este filtro y el nuevo descriptor de tipo de publicación hasta comprobar exactamente cómo funcionan ambos y qué recuperan. 

Algunas combinaciones de encabezamiento/subencabezamiento, llamadas Entry Combinations, también serán modificadas de manera retrospectiva, de manera que si haces una búsqueda por alguna de las combinaciones y no recuperas nada, deberás comprobar si en estas Entry Combinations se indica algún término nuevo. Tenlo también en cuenta si tienes búsquedas guardadas. Por ejemplo, hay algunas Entry Combinations que se reemplazan por encabezamientos directamente (pongo algunos ejemplos, no están todos), y otros que se modifican: 

 Encabezamiento/subencabezamiento previo

Enzymes/therapeutic use

Jaw/surgery

Pharmacy/history

Encabezamiento por el que se reemplaza en 2019

Enzyme Therapy

Orthognathic Surgical Procedures

History of Pharmacy

Como siempre, si tienes alguna duda sobre cómo hacer búsquedas en PubMed, cómo utilizar los términos MeSH, qué significan las etiquetas de campo o cómo funciona el Automatic Term Mapping, o cualquier otra pregunta relacionada con la gestión de la información biomédica, tienes a tu bibliotecaria de cabecera en tu biblioteca o a un click de distancia. Estamos para ayudarte. Y si quieres que me acerque a tu institución a dar formación sobre búsquedas, gestores, herramientas para mantenerte actualizado, apoyo a la investigación, etc. siempre puedes ponerte en contacto conmigo a través del correo o de linkedin.

 

MeSH on Demand


MeSH on Demand es una herramienta del Medical Text Indexer (MTI), producida por la Biblioteca Nacional de Medicina de EEUU, que sugiere términos de indexación del vocabulario MeSH.

¿Y para qué podemos usarlo? Por ejemplo, cuando queremos enviar nuestro artículo para su publicación es posible que nos pidan (o que queramos) añadir palabras clave. Seleccionar las palabras clave adecuadas es importante para facilitar la localización posterior de nuestro artículo, y podemos asignarlas a partir de los términos MeSH que mejor lo describan. También podemos investigar qué hay publicado sobre nuestro tema basándonos en los términos MeSH generados a partir de nuestro artículo. Así podemos utilizar esta herramienta como apoyo a la hora de decidir a qué revista enviar nuestro artículo.

Mesh on Demand

¿Cómo funciona? Desde MeSh on Demand podemos introducir nuestro texto en inglés (un máximo de 10.000 caracteres) y pinchamos en el botón Search. La herramienta hará un análisis del texto después de haberlo formateado a caracteres ingleses (por ejemplo si hemos dejado tildes o caracteres propios de otros idiomas) y mostrará varias palabras resaltadas y un listado de descriptores MeSH que se corresponden con el texto marcado. En algunos casos, el MTI sugerirá términos adicionales relacionados con los descriptores sugeridos. Además, justo debajo del texto que hemos introducido, MeSH on Demand nos proporciona un listado de hasta 10 artículos de PubMed similares a nuestro texto, basados en los descriptores sugeridos.

Otra utilidad es la de poder hacer búsquedas bibliográficas en PubMed con los términos MeSH adecuados partiendo de un texto libre introducido en la herramienta. Veremos un botón que dice Start PubMed Search. Si lo pulsamos, nos llevará a otra página donde podremos seleccionar aquellos descriptores sugeridos en la página anterior. Una vez seleccionados, se generará de manera automática una estrategia de búsqueda y se lanzará en PubMed, donde veremos los resultados de esa búsqueda.

En esta página tenéis un videotutorial de 5 minutos sobre el uso de MeSH on Demand:

https://www.nlm.nih.gov/research/umls/user_education/quick_tours/MoD/MoD1.html

Y si queréis empezar a usar MeSH on Demand, aquí tenéis la dirección. Directa a favoritos:

https://meshb.nlm.nih.gov/MeSHonDemand
https://meshb.nlm.nih.gov/MeSHonDemand
https://meshb.nlm.nih.gov/MeSHonDemand

A propósito de enseñar a hacer una búsqueda bibliográfica


La semana pasada sustituí a una compañera en la Escuela Universitaria de Enfermería de la Fundación Jiménez Díaz (Madrid) en la asignatura optativa Documentación y Lectura Crítica, de 2º de Enfermería. Sólo iba a dar 4 horas de la asignatura, así que quedé con la profesora titular en que haría una introducción basándome en las primeras unidades. Mi idea era empezar explicando la importancia de ser críticos con la información que nos llega (o nos encontramos), tanto en Internet como en cualquier otro ámbito. También quería explicarles que si se entiende el funcionamiento de una base de datos es más fácil luego utilizarla y extraer la información relevante de ellas. Otro de mis objetivos era que salieran de clase entendiendo para qué servían los tesauros y cómo funcionaban.

Quienes me seguís en Twitter (@bibliovirtual) sabéis que de vez en cuando me salen hilos de conversación donde comento temas relacionados con las bibliotecas médicas o sus profesionales.

Esta mañana me topé con una frase de R.L. Ackoff, de su obra “The Design of Social Research” (1953), que me hubiera gustado mostrarle a mis alumnos de 2º de Enfermería, pero que no llegué a ella antes de las clases, así que la puse en Twitter:

Un problema correctamente planteado está parcialmente resuelto.

A ese tuit le siguió otro porque quería explicar la importancia de comenzar cualquier investigación con una pregunta correctamente planteada. Cuando me quise dar cuenta había creado un hilo. Ha tenido tanto éxito que he decidido añadirlo aquí para quienes no usan Twitter. He usado la herramienta Spooler para convertir el hilo en texto plano. Pensad que cada tuit puede contener un máximo de 280 caracteres. La negrita la he añadido en este post, no se encuentra en Twitter:

Para mis alumnos de 2º de enfermería del otro día, recordad: “Un problema correctamente planteado está parcialmente resuelto” Ackoff, 1953. Un estudio o una investigación ha de comenzar con una pregunta de investigación correctamente planteada. Ha de ser concisa y clara, y se ha de poder descomponer en formato PICO (Patient, Intervention, Comparation, Outcome)

Cada paso se ve facilitado si el anterior se ha realizado bien. Al contrario, si uno de los pasos no está bien planteado o realizado, los siguientes nos llevarán a un resultado no real, erróneo. De ahí la importancia de saber formular bien una pregunta de investigación. El Investigador Principal debería consultar con el Metodólogo. Para mí es una figura clave en una Investigación para, por ejemplo, una revisión sistemática. El equipo de investigadores y metodólogo definirán los apartados de la pregunta PICO y será el Documentalista quien formule la estrategia de búsqueda. Es importante que exista comunicación para no dejar fuera de la estrategia ningún elemento clave.

El primer paso es identificar todos los conceptos de cada apartado PICO. Después, una vez identificada la base o bases de datos donde se va a buscar, se traducirán esos conceptos al lenguaje específico del tesauro correspondiente. Por ejemplo, en PubMed y MedLine se usa MeSH. En Embase se utiliza Emtree. Es importante saberlo porque esto implica que no puedes “copiar y pegar” una estrategia hecha en PubMed para hacerla igual en Embase. La pregunta y los términos son los mismos, los descriptores del tesauro no lo son.

Los operadores booleanos son iguales: AND, OR, NOT. Pero en algunas bases de datos se toma por defecto el AND entre los términos, aunque no se especifique. Es importante emplear 5min en leer cómo se usa la base de datos que vamos a usar.

Como regla general, vamos a ir haciendo búsquedas simples con cada término de la pregunta PICO. Cada apartado puede estar formado por más de un término, del cual vamos a necesitar su descriptor (si lo tiene) y sus sinónimos, que uniremos con OR. ¿Que por qué usaremos los sinónimos? Porque hay algunos artículos que aún no están indexados con descriptores, con el tesauro. Por ejemplo, en PubMed son documentalistas quienes indexan y otorgan MeSH a los artículos. No todos los artículos que incluye PubMed tienen MeSH, los más recientes de algunas revistas tardan en disponer de descriptores y la única forma de recuperarlos en una búsqueda es a través de palabras clave.

Como os decía: para cada elemento de la pregunta PICO buscamos por separado descriptor y sinónimos. Vamos construyendo primero la estrategia de búsqueda para la P. Cuando la tenemos, pasamos a la I siguiendo los mismos pasos. Es importante ir viendo los resultados de cada búsqueda para detectar posibles errores. Puede que hayamos equivocado un operador booleano o uno de los sinónimos nos esté devolviendo demasiado ruido. Es importante ir ajustando cada búsqueda simple. Cada elemento de la pregunta PICO se unirá con AND. La mayor parte de las veces sólo haremos la búsqueda de PIC, incluso sólo la PI. Depende de la pregunta de investigación. La O será determinada por los expertos que hagan la lectura crítica.

Pensad que hacer la estrategia de búsqueda a partir de la pregunta de investigación es un trabajo en equipo y puede llevar unas 20 horas de trabajo especializado. Entended la importancia de contar con un bibliotecario o documentalista experto en Ciencias de la Salud. Y de contar con un Metodólogo y un Bioestadístico. Esto no quita para que cada miembro del equipo entienda un poco del trabajo del resto, pero es bueno que cada uno se pueda centrar en lo suyo.

Los resultados de la búsqueda se trasladarán a un gestor de referencias, mejor uno que permita el trabajo colaborativo, para que los expertos puedan hacer la lectura crítica de los artículos recuperados. Es importante que la fase de búsqueda no haya dejado fuera ningún artículo. Y es importante la fase de lectura crítica porque será la que determine las conclusiones finales.

Escuela Universitaria Enfermería - FJD

 

Más enlaces interesantes:

Enlace al hilo de Twitter:

María bibliovirtual en Twitter -hilo-
María bibliovirtual en Twitter -hilo-
María bibliovirtual en Twitter -hilo-

 

 

Buscar Zika en Pubmed y MeSH


El virus de Zika se descubrió en 1947, pero durante muchos años solo se detectaron casos humanos esporádicos de la enfermedad en África y Asia meridional. En 2007 se declaró en el Pacífico el primer brote documentado de enfermedad por el virus de Zika. Desde 2013, se han notificado casos y brotes de la enfermedad en el Pacífico occidental, las Américas y África. Dada la ampliación de los hábitats en que los mosquitos pueden vivir y reproducirse a causa de la urbanización y la mundialización, podrían producirse importantes epidemias urbanas de la enfermedad por el virus de Zika en todo el planeta.

Esto es lo que se puede leer en la web de la OMS. Tal es la relevancia que ha tomado este virus que hace apenas 3 días se incluyeron dos términos MeSH relacionados con él:

Uno de los puntos más interesantes de las formaciones que doy sobre el uso de Pubmed es el apartado dedicado a los términos MeSH (Medical Subject Headings). Cada artículo indizado en Pubmed tiene asignados unos 10-12 términos o descriptores MeSH, de los cuales un promedio de 2-4 reflejan el tema predominante del artículo. Las búsquedas en Pubmed utilizando los términos MeSH devuelven artículos más relevantes, pero hemos de recordar que no devuelven todo.

Cuando se incorpora un término MeSH a la base de datos éste puede ser utilizado por los indizadores para asignarlo a los artículos “a partir de ese momento”. Es decir, excepto en ocasiones o temas puntuales, los artículos que hubieran sido indizados previamente sobre ese tema no llevarán el término MeSH. Pensad que son 25 millones de registros los que contiene Pubmed y que sería una tarea ardua la de repasar cada año cada registro para poder añadir los nuevos términos MeSH.

Os decía antes que, salvo ocasiones puntuales, los artículos indizados con anterioridad a la aparición del término MeSH y que trataran ese tema no se indizaban de nuevo para asignarles el descriptor. Con el virus Zika y la infección por este virus sí se va a hacer la excepción.

Si ahora mismo (30 enero 2016) hacéis una búsqueda por el término “Zika Virus”[Mesh]  o por “Zika virus infection”[Mesh] no vais a recuperar ningún artículo puesto que aún no ha dado tiempo a realizar la indización (estos términos se añadieron el 27 de enero). Para hacer la búsqueda sería recomendable buscar “Zika” en el título o resumen de los artículos. Para ello podéis utilizar el limitador de campo correspondiente:

A día de hoy recuperaréis 174 artículos, 28 de los cuales (el 16%) han sido publicados en este mes de enero, y siendo el más antiguo un artículo de 1952:

zika 1952

Si alguno de vosotros se pregunta por qué hay que usar el limitador de campo de título y resumen [tiab] es para evitar recuperar artículos irrelevantes para nuestra búsqueda. Por ejemplo, si hacéis una búsqueda tipo Google, introduciendo ZIKA en la caja de búsqueda, sin especificar nada más, además de los artículos que hablen sobre este virus o la infección, recuperaréis también los artículos escritos por autores apellidados Zika:

autores zika

A la hora de buscar en Pubmed hay que ser conscientes de cómo funciona la indización de los artículos para poder recuperar lo que sea más relevante para nosotros. No es sólo importante (muy importante) saber exactamente qué estamos buscando, sino cómo funciona la fuente donde vamos a hacer esa búsqueda. No dudes en ponerte en contacto conmigo si quieres ofrecer formación sobre Pubmed en tu institución.

¿Qué haríamos sin PubMed?


Shudown Pubmed

 

MEDLINE es la principal base de datos de medicina de la Biblioteca Nacional de Medicina de EEUU (NLM). Desde 1997, gracias a la Freedom of Information Act (FOIA) -ley federal americana que permitía la divulgación total o parcial de documentos e información controlada hasta ese momento por el gobierno de EEUU- se puede acceder de forma libre y gratuita a esta base de datos a través de PubMed. La NLM da acceso no sólo a PubMed, sino a otras muchas bases de datos relacionadas, como MeSH, ClinicalTrials.gov o MedlinePlus. Estoy segura que habéis utilizado más de una de ellas y más de una vez.

PubMed se ha convertido casi en la herramienta indispensable para ayudar en el trabajo diario no sólo del personal sanitario, sino de los bibliotecarios de ciencias de la salud que la usan a diario para ayudar a sus usuarios a mantenerse informados y con la información más relevante y actualizada. ¿Qué pasaría si PubMed desapareciera? Como muchos ya sabréis, los recortes en el gobierno de EEUU han provocado el cierre de muchas de estas instituciones. Otras, como la NLM, se quedan bajo mínimos, es decir, no cierra pero hasta nueva orden no actualizará su información. Y nos surgen muchas dudas:

– ¿Cómo vamos a buscar de forma eficiente información médica actualizada?

– A la hora de realizar una bibliografía, ¿podremos asegurar que hemos consultado todo y que aparece adecuadamente reflejado en nuestro paper, artículo, tesis…?

– Aquellas instituciones que no puedan permitirse la suscripción de otras bases de datos o fuentes de información de pago, ¿cómo garantizarán la formación de sus profesionales? y esto me lleva a una pregunta más peliaguda ¿se resentirá la calidad de la práctica clínica?

– Las revisiones sistemáticas serán más y más complicadas de llevar a cabo con todas las garantías de estar recuperando toda la información relativa al tema de investigación.

– Al igual que Pubmed, otras bases de datos especializadas y de gran interés para la comunidad investigadora y sanitaria dejarán de actualizarse, por lo que la falta de calidad y exhaustividad serán un punto en común en la mayoría de los trabajos.

En el Boletín Técnico de la NLM no aparece aún ninguna nota sobre estos hechos, aunque es probable que no se actualice hasta nueva orden. La única información que disponemos de primera mano es el mensaje que aparece en la portada de PubMed y otras bases de datos de la NLM:

pubmed down

 

 

Sinceramente, espero que esta situación se revierta y volvamos a contar con la actualización diaria de estas herramientas tan importantes para nuestro trabajo diario.

Base de datos de Seguridad del Paciente


Seguridad del paciente (via http://bibliovirtual.es)

Si hace unos días os informaba de la inclusión del término “Patient Safety” dentro del nuevo vocabulario MeSH del 2012, hoy os presento la base de datos sobre Seguridad del Paciente que podemos encontrar en la página del Ministerio (MSPSE) dedicada a este tema. Carlos González Guitián compartía esta información con el resto de profesionales a través de la lista de distribución BIB-MED. Como muy bien indicaba él, para acceder a esta base de datos sólo hay que ir a la web de Seguridad del Paciente y pinchar en el apartado Biblioteca.

Esta base de datos nos va a permitir buscar por texto libre en título,  autores y términos MeSH. Y nos ofrece desplegables para que seleccionemos por revistas, años de publicación, tipo de documento, idioma y soporte.

 

http://www.seguridaddelpaciente.es/index.php/lang-es/biblioteca.html
http://www.seguridaddelpaciente.es/index.php/lang-es/biblioteca.html
http://www.seguridaddelpaciente.es/index.php/lang-es/biblioteca.html

Seguridad del Paciente en los términos MeSH


Seguridad del Paciente (via http://bibliovirtual.es)

Hacer búsquedas en PubMed sobre “Seguridad del Paciente” solía traer algunos quebraderos de cabeza, ya que no existía un término claro en el MeSH para identificarlo. Afortunadamente, en la actualización del vocabulario para el 2012 ya se incluye este término con la siguiente definición:

Efforts to reduce risk, to address and reduce incidents and accidents that may negatively impact healthcare consumers.

Los cambios definidos para el 2012 serán efectivos entre noviembre y diciembre de este año. En este enlace podéis ver una introducción al tesauro MeSH, donde el punto 4 trata de los cambios que se harán efectivos para el año entrante.

Para consultar el MeSH, sin embargo, os recomiendo el buscador (Mesh Browser):

http://www.nlm.nih.gov/mesh/MBrowser.html
http://www.nlm.nih.gov/mesh/MBrowser.html
http://www.nlm.nih.gov/mesh/MBrowser.html