Pubmed: de guardar búsquedas a crear alertas

Una de las características de Pubmed es la posibilidad de registrarse en MyNCBI para poder personalizar algunas de las características de esta base de datos, así como guardar búsquedas y crear alertas.

Cuando lanzamos una búsqueda en Pubmed, justo debajo del cuadro de texto donde introducimos nuestra estrategia de búsqueda, aparece un link a «Save search«. Al pinchar en él te pide que accedas con tu usuario y contraseña para guardarla en tu perfil privado:

Como veis en la imagen anterior, registrarse en MyNCBI permite acceder a diferentes características y personalizaciones de varias de las bases de datos que componen NCBI, entre ellas Pubmed.

Cuando guardamos una búsqueda, ya dentro de nuestra área privada, Pubmed nos ofrece la opción de crear una alerta. Para facilitar la localización de esta opción, en unos días el link «Save search» que aparece justo debajo del cuadro de búsqueda pasará a llamarse «Create alert«. También, el link RSS cambiará de nombre a «Create RSS»:

Recordad que lo único que cambiará es la denominación, pero seguirá funcionando igual que hasta ahora.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed

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SciENcv: nueva aplicación web para el Curriculum Vitae

Recientemente MyNCBI ha sacado una nueva característica que permite a los autores e investigadores crear un perfil profesional que, si desean, pueden hacer público para la comunidad. En este perfil pueden incluir su información académica, puestos de trabajo, publicaciones, actividades de investigación, premios, becas de investigación y otras contribuciones profesionales. Además, el perfil SciENcv permite añadir el ID de ORCID si el usuario estuviera registrado en esta red.

SciENcv es el producto final de la petición realizada por la Federal Demonstration Partnership (asociación americana de agencias e instituciones relacionadas con la investigación, las becas y ayudas otorgadas para estos fines) para reducir los procesos administrativos relacionados con las solicitudes de ayudas a la investigación.

¿Cómo crear un perfil en SciENcv?

Una vez que hemos accedido a nuestra cuenta de MyNCBI buscaremos la caja perteneciente a SciENcv. Seguiremos el enlace correspondiente según nuestro caso. En el mío, e imagino que para la mayoría de vosotros, sería el de «If you do NOT have an eRa Commons account, follow this link to manually enter your information«. A partir de este punto irán apareciendo ventanas que nos permitirán ir completando nuestra información académica e investigadora. Por defecto, nuestro perfil en SciENcv es privado, pero podemos hacerlo público para que sea accesible para el resto de la comunidad.

Filtros personalizados en MyNCBI

Hace ya casi 3 años os expliqué cómo incluir filtros personalizados en MyNCBI para usarlos directamente en nuestras búsquedas habituales de Pubmed. El diseño y la interfaz de MyNCBI ha cambiado bastante desde entonces, así que ha llegado el momento de actualizar la información:

1.– Accedemos a Pubmed y nos registramos en MyNCBI. Podemos crearnos un usuario y contraseña o bien utilizar, por ejemplo, nuestro correo electrónico de gmail para vincular nuestra cuenta:

2.- En la página principal encontramos varias cajas movibles con los servicios que ofrece MyNCBI: búsqueda en las bases de datos, búsquedas guardadas, filtros, colecciones… Localizamos la que dice «Filters» y pinchamos en «Manage Filters»:

3.– En la página de filtros vamos a ver tres apartados: el primero me permite elegir sobre qué base de datos vamos a crear y gestionar los filtros (yo tengo seleccionada Pubmed). En la mitad izquierda tenemos nuestra propia lista de filtros activos junto con el botón que permite crear filtros personalizados. En la parte derecha podemos buscar por filtros ya creados y añadirlos a nuestra lista:

 

«Browse/Search for Pubmed Filters»

El apartado «Browse/Search for Pubmed Filters» me va a permitir elegir filtros que ya estén creados por PubMed. Se clasifican en:

• Popular: son los filtros más usados (búsqueda de ensayos clínicos, por idioma inglés, publicados en los últimos 5 años, revisiones…)
• LinkOut: si nuestra institución tiene contratada o implementada esta funcionalidad, podemos buscar aquí nuestro filtro linkout, que nos llevará directamente al texto completo de los recursos contratados por nuestra institución o a nuestro repositorio. Nos permite elegir si queremos tener un icono o un enlace Linkout en el apartado Filtros.
• Properties: añadir filtros por grupos de edad, clinical queries, idiomas, tipo de publicaciones, fechas…
• Links: enlaces a otros recursos relacionados con NCBI, como Pubmed Central o Genome.

Para incluir cualquiera de estos filtros sólo hay que marcarlo y automáticamente aparecerá en la parte izquierda:

 

«Create custom filter»

Si necesitamos un filtro que no aparece por defecto en el apartado que hemos visto antes, podemos crearlo y añadirlo a nuestro perfil. Para ello pinchamos en el botón «Create custom filter» y aparecerá una ventana flotante donde podremos escribir la estrategia o filtro. Los filtros los podéis crear haciendo uso de los limitadores de campo y etiquetas. Como ayuda, también podéis echarle un vistazo a este post y crearos un filtro específico para una búsqueda concreta, aunque en ese caso puede que sea más lógico utilizarlo puntualmente.

Por ejemplo, queremos añadir un filtro que sea Conflicto de interés, la estrategia sería la siguiente (copiar y pegar en la ventanita emergente):

conflict of interest[mh] OR “conflict of interest”[tiab] OR “conflicts of interest”[tiab] OR “conflict of interests”[tiab] OR “conflicting interest”[tiab] OR “conflicting interests”[tiab] OR “competing interest”[tiab] OR “competing interests”[tiab] OR “financial conflict”[tiab] OR “financial conflicts”[tiab] OR “commercial conflicts”[tiab] OR ((“conflict”[tiab] OR “conflicts”[tiab] OR funding[tiab] OR financial[ti]) AND (“disclosure”[tiab] OR “disclosures”[tiab] OR “disclose”[tiab] OR “disclosed”[tiab]))

Podemos probarlo para ver cuántos artículos hay que cumplan esos criterios. Nombramos este filtro para identificarlo en nuestra lista y lo guardamos pinchando en «Save Filter»:

Automáticamente se añade a nuestro listado, indicando que es un filtro personalizado y permitiendo que lo modifiquemos si pinchamos en la ruedita azul que aparece tras el nombre del filtro o eliminarlo si pinchamos en el enlace que dice «delete».

 

Una vez que ya tengamos todos nuestros filtros, sólo tendremos que volver a Pubmed y lanzar nuestra búsqueda. En la parte derecha de la pantalla tendremos un listado con nuestros filtros personales:

 

Podéis leer más información sobre filtros:

Working with Filters – My NCBI Help
Working with Filters – My NCBI Help
Working with Filters – My NCBI Help

Mejoras en las búsquedas guardadas de My NCBI

Próximamente, My NCBI permitirá modificar los términos de una búsqueda cuando queramos guardarla.

Las búsquedas que hacemos en Pubmed se puedan guardar para volver a utilizarlas posteriormente, por ejemplo si estamos haciendo una revisión en el tiempo y tenemos que ir recuperando los artículos que se incorporen a la base de datos.

Para guardar nuestras búsquedas utilizamos My NCBI. El primer paso es registrarnos, si aún no lo hemos hecho, en My NCBI con nuestro usuario y contraseña o vinculándolo a nuestra cuenta de correo de Google. Después lanzamos normalmente nuestra búsqueda en Pubmed y una vez que nos muestra los resultados, pinchamos en el link «Save Search» que aparece justo debajo del cuadro de búsqueda:

El siguiente paso es nombrar esta búsqueda para identificarla posteriormente:

Hasta el momento, una vez que nombrábamos la búsqueda y la guardábamos, ésta no se podía modificar. A continuación os pongo una imagen de cómo se hacía hasta este momento y cómo se podrá hacer dentro de poco, cuando permitan modificar la estrategia de búsqueda al guardarla:

Como veis en la imagen derecha, el apartado «Search terms» se convertirá en una caja de texto editable. Esto permitirá modificar la búsqueda y comprobar que funciona pinchando en el link «Test search terms» antes de guardarla:

Puedes completar esta información con el boletín técnico de la NLM:

http://www.nlm.nih.gov/pubs/techbull/ma13/ma13_my_ncbi.html
http://www.nlm.nih.gov/pubs/techbull/ma13/ma13_my_ncbi.html
http://www.nlm.nih.gov/pubs/techbull/ma13/ma13_my_ncbi.html

Pubmed y MyNCBI añaden «favorites collection»

Pubmed ahora incluye una nueva característica dentro del formato de salida Abstract (en Display Settings). Esta característica está directamente relacionada con MyNCBI y si alguien quiere utilizarla sin haber iniciado sesión en MyNCBI le saltará directamente la pantalla de registro.

Para contaros esta nueva característica tomaré prestados los pantallazos con los que lo explican en el boletín técnico de la NLM:

«Favorites» es una nueva colección dentro de MyNCBI que permite a los usuarios guardar automáticamente una cita en la colección «favoritos»:

Cuando seleccionen el desplegable, además, podrán seleccionar la colección donde quieren guardarlo. También permite crear en el mismo momento una nueva colección. Estas nuevas colecciones se añadirán automáticamente a nuestra cuenta de MyNCBI:

Para desmarcar una colección elegida previamente, bastaría con marcar de nuevo la estrellita para quitar la selección (indicada con la estrella en azul).

Recordad que podéis modificar el nombre y el carácter público/privado de las colecciones dentro del apartado «Manage Collection» de MyNCBI.

http://www.nlm.nih.gov/pubs/techbull/ma12/ma12_pm_favorites.html
http://www.nlm.nih.gov/pubs/techbull/ma12/ma12_pm_favorites.html
http://www.nlm.nih.gov/pubs/techbull/ma12/ma12_pm_favorites.html 

Rediseño de MyNCBI

De nuevo toca hablar de rediseños en una herramienta desarrollada por la Biblioteca Nacional de Medicina de EEUU. Esta vez los cambios tienen lugar en MyNCBI (hemos hablado de ella aquí y aquí, aunque tal vez necesite una entrada en profundidad. Para cuando ande mejor de tiempo).

NCBI son las siglas de National Center for Biotechnology Information. A MyNCBI se puede acceder a través del enlace situado en la parte superior derecha de Pubmed. El registro es gratuito y permite un trabajo mucho más óptimo a la hora de gestionar nuestras búsquedas y resultados en Pubmed.

Los cambios que se anuncian para MyNCBI estarán disponibles dentro de poco, mientras tanto os voy avanzando algunas cosillas:

La nueva interfaz eliminará algunas complejidades proporcionando una navegación más intuitiva. Tal vez la característica más importante es que todas las funciones se podrán visualizar directamente desde la página de inicio, que se ha creado de manera que sea configurable por el usuario.

En las dos imágenes que siguen podéis ver, a simple vista, la diferencia entre la actual página principal de MyNCBI (la que yo veo cuando entro con mi usuario -fig.1- ) y la futura (tomada del Boletín Técnico de la NLM -fig.2-):

Fig. 1

Fig. 2

Send to “My bibliography”

My Bibliography es una opción de My NCBI pensada para almacenar los trabajos en los que aparecemos como autores. Ahora, Pubmed añade una mejora: ha incluido «My Bibliography» dentro del apartado «Send To».

Cuando se selecciona la opción «My Bibliography» de «Send to» aparece un mensaje con el número de registros que se van a incluir. Si no se ha seleccionado ninguno por defecto se añadirán todos hasta un máximo de 500. Tras pinchar en el botón «Add to My Bibliography» se abrirá automáticamente la página de My NCBI para guardar esta información. En el caso de no haber abierto la sesión anteriormente en My NCBI será necesario introducir el usuario y la contraseña para poder continuar. El registro en My NCBI es gratuito.

Quiero aprovechar este post para mostrar el primer vídeo que he hecho de captura de pantallas. Creo que es la forma más fácil de mostrar cómo funcionan las cosas. Recordad que los vídeos que vaya creando estarán siempre disponibles desde el canal de Youtube.

 

Información obtenida del Boletín Técnico de la NLM:

http://tinyurl.com/savetomybibliography
http://tinyurl.com/savetomybibliography
http://tinyurl.com/savetomybibliography

Resultados de PubMed con MyNCBI

Resultados de la Búsqueda:

Ya hace unos días que se puede modificar la manera en que PubMed nos devuelve los resultados de las búsquedas. Para ello es necesario tener una cuenta en MyNCBI (el registro es gratuito). Por defecto, cuando hacemos una búsqueda el formato de los resultados es el siguiente (Display Settings):

• 20 registros por página 
• Ordenados temporalmente por los registros añadidos más recientemente a PubMed.
• Summary: este formato puede incluir:

  Authors, Corporate Authors, Title (Titles originally published in a language other than English are translated and displayed in brackets), Journal source, Review Publication Type, language if the article is not in English, «No abstract available» notation, PMID, Comment/Correction links, and citation status. Summary also displays when the full article is available free in PubMed Centralautor, autor corporativo, título

Cuando un usuario me pide una búsqueda bibliográfica y le envío los resultados, me gusta incluir el resumen de aquellos artículos que lo posean, de manera que él pueda decidir más fácilmente si el artículo en cuestión es relevante para su propósito. Para no tener que hacer estos cambios cada vez que lanzo una estrategia de búsqueda ahora puedo acceder a MyNCBI y modificar los resultados por defecto:

Filtros de Búsqueda:

Otra de las mejoras introducidas es el aumento del número de filtros de búsqueda disponibles: de los 5 que ya se podían utilizar antes, ahora se ha subido esta cifra a 15. Para ello, también es necesario estar registrado en MyNCBI:

 

Siempre se ha dicho que una imagen vale más que mil palabras. Si a esas mil palabras le añadimos imagen en movimiento tendremos un videotutorial: PubMed: Changing your Default Display Settings

http://www.nlm.nih.gov/bsd/viewlet/results/display.html
http://www.nlm.nih.gov/bsd/viewlet/results/display.html
http://www.nlm.nih.gov/bsd/viewlet/results/display.html

Folletos para no perderse con PubMed

A través de varias fuentes (desde mi lector de RSS, varios usuarios de twitter y la lista de distribución BIB-MED) llego a la página de la NNLM (National Network of Libraries of Medicine) donde han colgado varios folletos, tanto en pdf como en word, con información breve y concisa sobre las funcionalidades de PubMed en su nuevo diseño.

Aunque uno de los enlaces que ofrece es el de acceder a varios tutoriales de PubMed en español, éstos no están actualizados a la nueva versión, por lo que yo recomendaría esforzarse un poquito con el inglés y leerse los folletos actualizados. Os dejo algunos:

• Full Text and PubMed (en pdf; revisado 30 septiembre 2009)
• PubMed Basics (en pdf; revisado 1 octubre 2009)
• PubMed MyNCBI (en pdf; revisado 30 septiembre 2009)
• Searching PubMed with MeSH (en pdf; revisado 30 septiembre 2009)

Además, desde el blog-newsletter Liblog, de las bibliotecas de la Clínica Mayo, recupero este videotutorial sobre My NCBI. Su autora, Melissa Rethlefsen (MLS), comenta que a pesar de los cambios en PubMed la opción MyNCBI apenas sí va a variar aunque algunas cosas, como los filtros, cambiarán de ubicación en la página. Os dejo también el video:

Error

El video no existe