Acceso al texto completo desde Pubmed Central


PUBMED CENTRAL

¿Sabéis qué es Pubmed Central? Es un archivo digital gratuito de revistas biomédicas y de ciencias de la salud del NIH americano, desarrollado y gestionado por el NCBI de la Biblioteca Nacional de Medicina de EEUU.

Pubmed Central comenzó en el año 2000 con sólo dos títulos. Actualmente contiene varios cientos:

Does PubMed Central contain the complete contents of all the journals that are in its archive?
No. Journals that deposit their articles in PMC fall into one of three categories:

  1. For several hundred journals, PMC has the complete contents of each issue, starting with the first issue. For the older journals in this group, the back issues of a journal (generally, anything prior to the late 1990s) are available as digitized (scanned) copies of the original print journal.
  2. For a smaller group of journals, PMC has complete issues and volumes for recent years, but not for all the early years of the journal.
  3. For still other journals, PMC does not contain any complete issues, just a selection of articles, e.g., just those that are the result of NIH-funded research, or those that the journal has published as open access articles.

 In all three categories, PMC contains a journal’s final published version of the respective articles. The PMC Journal List includes information about what content is available from each journal, as well as links to that content.

Espero que estas fiestas estéis demasiado ocupados con la familia, amigos o actividades varias. En el caso de que os toque estudiar os recomiendo daros un paseo por Pubmed Central. Seguro que os lleváis una grata sorpresa al descubrir algunas revistas de vuestra especialidad con acceso gratuito al texto completo.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/index.html
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/index.html
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/index.html

 

 

Integrando NCBI Images con PubMed


Parece que se avecinan cambios y mejoras, otra vez, en los productos de NCBI. Parece que dentro de poco se lanzará una nueva base de datos de imágenes: NCBI Images, y que además se integrará en los resultados de PubMed, aunque sólo para los artículos de PubMed Central. Esta información la he obtenido del boletín técnico y de ahí es de donde tomo las imágenes para mostraros un adelanto de lo que será esta integración:

Captura de pantalla de cómo será la integración de Images con PubMed.

La tira con los thumbnails de las imágenes se colocará al final del resumen, después del PMID. Además se podrá acceder a todas las imágenes gracias al enlace “See all images” en el caso de que no queramos utilizar las flechas situadas en los extremos de la tira y que nos permite navegar por todas las imágenes. Como los artículos de PubMed Central son de carácter gratuito, junto al enlace a las imágenes habrá un enlace al texto completo.

La previsualización de la imagen la podremos obtener pasando el puntero del ratón por encima de la imagen deseada. Para ir directamente a la imagen sólo habrá que pinchar sobre ella en la tira de imágenes o en la imagen de previsualización:

Previsualización de las imágenes

 

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed

NCBI Images


images database homepage

Dentro de poco estará disponible la base de datos de imágenes del NCBI (National Center for Biotechnology Information), que permitirá la búsqueda de millones de imágenes científicas de los recursos a texto completo de NCBI. Inicialmente, la base de datos incluirá imágenes de artículos de PubMed Central.

Se podrá hacer la búsqueda por términos o por los parámetros de la imagen tales como su altura, ancho o el caption. En el apartado de búsqueda avanzada habrá un listado con todos los campos por los que se podrá realizar la búsqueda.

Inicialmente, los resultados de la búsqueda se mostrarán en formato “summary” (thumbnail de la imagen, título de la imagen como aparece en el artículo, parte del texto, referencia del artículo donde se localiza la imagen y enlaces al texto completo y a las citas). De todas formas se podrá elegir la forma de visualizar los resultados. El orden de los resultados atiende a un algoritmo de relevancia según la estrategia de búsqueda lanzada.

image database summary display

Tiene usted un tumor, ¡pero es tan mono!


El post original se titula Bad news: you have a tumor. Good news: it’s really cute!, del blog NCBI ROFL. Este blog lo tenía incluido en el apartado “humor” de mi lector de feeds, ya que se trata de un blog donde sus autores, estudiantes de doctorado en Biología Molecular y Celular, recogen los artículos reales de estudios divertidos o curiosos indizados en PubMed. Hace un tiempo, la popularidad de este blog creció tanto que fue absorbido por Discoblogs.

Volvamos al tema del post… en la entrada original los autores han localizado varios artículos que hablan sobre las imágenes curiosas que localizan algunos patólogos en sus trabajos diarios, por ejemplo:

Nonproliferative Fibrocystic Changes and the Easter Bunny:

A 46-year-old woman had an excisional breast biopsy that revealed nonproliferative fibrocystic changes as the only histopathologic abnormality. Although it was not Easter at the time of diagnosis, an Easter bunny was found hiding in one of the dilated ducts, which also contained amorphous eosinophilic secretions. A benign diagnosis in a breast biopsy (or any other biopsy) is good news for the patient at any time of the year, but even more special when accompanied by this little fellow.

Images in pathology. Even the bone smiles!

Figure 1 shows an unusual bone finding from a 56-year-old woman’s biopsy. We encountered a “smiling” osseous trabecula; we do not know why it is so happy; nevertheless we want to share it with all fellow pathologists because a beautiful smile is always a beautiful smile!

Images in pathology. Invasive squamous cell carcinoma of vulva that wanted to be a puppy.

Squamous cell carcinomas of the vulva are usually well differentiated. Foci of invasion may be well circumscribed and show maturation (the head of the puppy). For such foci located close to the epidermis, diagnosis of invasion may pose a challenge. Careful examination and deeper levels may disclose clear cut foci of invasion. How many such foci can you find here?  For answer see below.

NCBI ROFL: Bad news: you have a tumor. Good news: it’s really cute!
NCBI ROFL: Bad news: you have a tumor. Good news: it’s really cute!
NCBI ROFL: Bad news: you have a tumor. Good news: it’s really cute!

Entrez Cross-Database Search


Todos los cambios que está llevando a cabo la Biblioteca Nacional de Medicina de EEUU sobre NCBI se deben a la Discovery Initiative. Durante el 2009 dejarán de estar operativas las pestañas de funciones adicionales de PubMed (limits, preview/index, history, clipboard y details) y se integrarán en la búsqueda avanzada, ahora en fase beta. Si aún no estás familiarizado con la búsqueda avanzada te recomiendo que empieces a utilizarla, ya que todas las actualizaciones se harán sobre esta búsqueda y no sobre las pestañas de funciones adicionales.

Otra de las herramientas fruto de esta Discovery Initiative es la “Entrez Cross-Database Search“, plataforma que permite ver en una misma pantalla los resultados de una búsqueda en varias bases de datos de la NLM.

 

Entrez Cross-Databases

Entrez Cross-Databases

Resultados en varias bases de datos

Resultados en varias bases de datos