Recursos de aprendizaje de la NLM


Captura de pantalla 2016-05-13 a las 13.14.13La Biblioteca Nacional de Medicina (NLM) de Estados Unidos acaba de publicar una base de datos de recursos de aprendizaje de sus herramientas. Hasta ahora, cada herramienta contaba con su propio apartado de tutoriales, manuales, videotutoriales, panfletos, etc. Ahora no es necesario navegar entre diferentes páginas para hacer un repaso de estas herramientas entre las que encontramos Pubmed o ClinicalTrials.gov 

La búsqueda de materiales se puede hacer desde el campo de texto introduciendo palabras clave. Ten en cuenta que si introduces una frase ésta se tomará como una sucesión de palabras unidas por OR y que si quieres obtener un listado completo de todos los recursos tendrás que introducir un * en ese cuadro de texto.

Existe también la opción de seleccionar directamente un producto o servicio de un listado, filtrar por fecha de la última revisión (última fecha en la que el material fue actualizado). Los resultados aparecerán en la parte derecha de la pantalla en forma de listado con una breve descripción y enlace al recurso.

https://learn.nlm.nih.gov/
https://learn.nlm.nih.gov/
https://learn.nlm.nih.gov/

Seguimos con Zika


Crédito: kuhn and rossmann research groups, purdue university El virus Zika sigue siendo noticia. Hace poco aparecía en los medios la imagen 3D de este virus (en imagen adjunta, crédito: Kuhn and Rossmann research groups, Purdue University). Este mapa tridimensional podría ser el paso previo para desarrollar la vacuna contra el virus. Tenéis más información en el artículo publicado en la revista Science: Zika virus in the Americas: Early epidemiological and genetics findings (doi:10.1126/science.aaf5036).

La Biblioteca Nacional de Medicina de EEUU, en enero de este año, aprobó un término MeSH específico (hablé de ello aquí) que facilitaría la indexación y búsqueda/recuperación de los artículos científicos publicados sobre este tema. Ayer mismo anunciaba también la creación de una base de datos específica de este virus dentro de la página de recursos sobre este Zika:

The NCBI Zika virus resource page has been updated with a specialized database. This database uses pipelines to annotate genes, proteins and mature peptides, and standardize sample metadata. With this database, you can:

  • Find sequences easily using standardized annotations and normalized metadata terms
  • Construct alignments and phylogenetic trees using a suite of online tools
  • Download sequences and metadata in a variety of formats and create customized titles/deflines for FASTA file downloads.

The NCBI Zika virus resource, part of the Virus Variation family of NCBI resources, provides users with a unique, metadata-driven search interface that leverages advanced data management pipelines.

 

Esta información está dirigida a investigadores y profesionales, pero existen multitud de recursos pensados para la población. En español, os dejo esta entrada en el post de Pediatría Basada en Pruebas con preguntas y respuestas sobre el virus Zika y este vídeo de unos 3 minutos publicado en el blog OpenMind del BBVA: Virus Zika: por qué ahora y qué podemos hacer.

Citing Medicine: The NLM Style Guide for Authors, Editors, and Publishers


Citing MedicineSe acaba de publicar la segunda edición de la guía de estilo de la NLM (Biblioteca Nacional de Medicina de EEUU). En esta nueva edición se incluyen nuevos ejemplos de citas para datasets, repositorios de datos o artículos ahead-of-print entre otros.

Es probable que muchos de vosotros utilicéis gestores de referencias como Mendeley o Zotero, y que saber exactamente cómo citar en un formato u otro haya pasado a ser un problema lejano, pero no está de más contar con una guía especializada en la citación de fuentes médicas. En esta segunda edición se han incluido más de 40 ejemplos, revisando casi todos los capítulos y explicando las reglas que rigen la citación de cada elemento de la cita.

Apartados del libro:

  • Documentos impresos publicados: revistas, libros, publicaciones de congresos, informes técnicos y científicos, disertaciones y tesis, bibliografías, patentes, artículos de periódico, mapas y documentos legales.
  • Documentos no publicados (literatura gris): artículos “in press”, papers y sesiones de poster presentados en reuniones, cartas y otras comunicaciones personales, manuscritos.
  • Documentos audiovisuales: libros y otros títulos individuales publicados en formatos audiovisuales, revistas en formatos audiovisuales y fotografías.
  • Documentos en CD-Rom, DVD o Discos: libros, revistas, bases de datos y programas de ordenador almacenados en estos dispositivos.
  • Material localizado en Internet (online): libros y otros títulos individuales localizados en internet, revistas, bases de datos y sistemas de recuperación en Internet, web sites, correos electrónicos y foros de discusión.

Por ejemplo, los artículos “in press”, es decir, aquellos que se han aceptado pero aún no se han publicado, ahora se denominan “forthcoming” y habría que citarlos así (pincha en la imagen para ver las reglas y ejemplos de este tipo de citación):

Forthcoming

También puede ser interesante el apartado que explica cómo citar un mail recibido de una lista de distribución o discusión. Aunque hay que tener en cuenta que no siempre se van a admitir este tipo de citas, hay que saber dónde encontrar ejemplos de citación por si un día son necesarios(pincha en la imagen para ver las reglas y ejemplos de este tipo de citación):

lista de discusión

Os recomiendo que os guardéis la página de esta guía en favoritos, ya que os puede ser útil en más de una ocasión:

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK7262/?report=classic
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK7262/?report=classic
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK7262/?report=classic

Lucha contra el ébola: acceso libre a publicaciones


La Biblioteca Nacional de Medicina (NLM) de EEUU ha lanzado, como ya hizo en catástrofes naturales en ocasiones anteriores, la Emergency Access Initiative (EAI) debido al brote de ébola surgido en el continente africano. La EAI provee acceso gratuito al texto completo de artículos de publicaciones biomédicas para profesionales sanitarios, bibliotecarios y personas afectadas por estas catástrofes.

Access to biomedical literature through the Emergency Access Initiative is only available to those affected by the disaster and for those providing assistance to the affected population.

Además, la NLM dispone de otros recursos que pueden ser de utilidad para aquellos que estén luchando contra el ébola:

 

Más información:

http://www.nlm.nih.gov/news/ebola_emergency_access.html
http://www.nlm.nih.gov/news/ebola_emergency_access.html
http://www.nlm.nih.gov/news/ebola_emergency_access.html

¿Qué haríamos sin PubMed?


Shudown Pubmed

 

MEDLINE es la principal base de datos de medicina de la Biblioteca Nacional de Medicina de EEUU (NLM). Desde 1997, gracias a la Freedom of Information Act (FOIA) -ley federal americana que permitía la divulgación total o parcial de documentos e información controlada hasta ese momento por el gobierno de EEUU- se puede acceder de forma libre y gratuita a esta base de datos a través de PubMed. La NLM da acceso no sólo a PubMed, sino a otras muchas bases de datos relacionadas, como MeSH, ClinicalTrials.gov o MedlinePlus. Estoy segura que habéis utilizado más de una de ellas y más de una vez.

PubMed se ha convertido casi en la herramienta indispensable para ayudar en el trabajo diario no sólo del personal sanitario, sino de los bibliotecarios de ciencias de la salud que la usan a diario para ayudar a sus usuarios a mantenerse informados y con la información más relevante y actualizada. ¿Qué pasaría si PubMed desapareciera? Como muchos ya sabréis, los recortes en el gobierno de EEUU han provocado el cierre de muchas de estas instituciones. Otras, como la NLM, se quedan bajo mínimos, es decir, no cierra pero hasta nueva orden no actualizará su información. Y nos surgen muchas dudas:

– ¿Cómo vamos a buscar de forma eficiente información médica actualizada?

– A la hora de realizar una bibliografía, ¿podremos asegurar que hemos consultado todo y que aparece adecuadamente reflejado en nuestro paper, artículo, tesis…?

– Aquellas instituciones que no puedan permitirse la suscripción de otras bases de datos o fuentes de información de pago, ¿cómo garantizarán la formación de sus profesionales? y esto me lleva a una pregunta más peliaguda ¿se resentirá la calidad de la práctica clínica?

– Las revisiones sistemáticas serán más y más complicadas de llevar a cabo con todas las garantías de estar recuperando toda la información relativa al tema de investigación.

– Al igual que Pubmed, otras bases de datos especializadas y de gran interés para la comunidad investigadora y sanitaria dejarán de actualizarse, por lo que la falta de calidad y exhaustividad serán un punto en común en la mayoría de los trabajos.

En el Boletín Técnico de la NLM no aparece aún ninguna nota sobre estos hechos, aunque es probable que no se actualice hasta nueva orden. La única información que disponemos de primera mano es el mensaje que aparece en la portada de PubMed y otras bases de datos de la NLM:

pubmed down

 

 

Sinceramente, espero que esta situación se revierta y volvamos a contar con la actualización diaria de estas herramientas tan importantes para nuestro trabajo diario.

Pillbox – la mayor base de datos de fotos de píldoras


Píldoras - imagen Creative Commons

La Biblioteca Nacional de Medicina de EEUU acaba de lanzar una nueva versión de Pillbox, una base de datos que recoge la mayor colección de medicamentos sólidos de EEUU. Las fotos han sido tomadas en alta resolución y además se dispone de imagenes más pequeñas para que cualquiera pueda desarrollar sus propias aplicaciones para el móvil utilizando la API que dejan a libre disposición.

Según el director de la NLM, Donald A.B. Lindberg, esta nueva colección de imágenes puede acelerar el desarrollo de algoritmos que identifiquen píldoras basadas en fotos tomadas con dispositivos móviles, por ejemplo. Así, un médico podría desde su consulta, y con una rápida consulta a su teléfono, identificar las pastillas que su paciente le ha traído en una bolsa y de las que ya no recuerda el nombre o para que sirven, pero que sólo sabe que ha de tomarlas por la mañana en ayunas.

Para el desarrollo de estos proyectos (Computational Photography Project for Pill Identification y Pillbox)  se ha protocolizado incluso la fotografía de los medicamentos, indicando el ángulo de la cámara, la luz y el proceso digital posterior.

Por lo que he podido encontrar, no existe en España ninguna iniciativa oficial de este tipo para medicamentos españoles. Si los americanos ya lo han protocolizado, ¿nos ponemos con lo mismo aquí y desarrollamos una aplicación útil para los médicos? A priori se me ocurre que los médicos de Atención Primaria y los de Urgencias serán los que más uso le pueden sacar, los primeros por las características de la mayoría de la población: ancianos con enfermedades crónicas que se toman las pastillas sin saber muy bien cuáles son o para qué sirven y que ellos identifican por el color: con el desayuno la amarilla, a mediodía la roja…

Aunque también puede que ya exista alguna app para medicamentos españoles, ¿la conoces? cuéntanoslo en el apartado comentarios.

Por cierto, si quieres puedes probar la aplicación web de PillBox y “jugar” a adivinar medicamentos:

http://pillbox.nlm.nih.gov/
http://pillbox.nlm.nih.gov/
http://pillbox.nlm.nih.gov/

Genetics Home Reference


cromosomas - imagen obtenida de www.daciencia.com
Internet ha hecho que el acceso a la información sea posible para la mayor parte de la población. Muchos pacientes buscan información en la Red sobre su enfermedad, sus síntomas, medicamentos, remedios naturales… Es por esto que la alfabetización en salud cobra un papel importante y necesario para todos los que nos dedicamos a difundir y localizar información relacionada con la salud. También los propios generadores de esta información han de saber a quién se dirigen para enfocarlo de una u otra forma y con el lenguaje adecuado.

Hoy os quiero presentar una página dirigida al público general y que ofrece información sobre afecciones genéticas y los genes y cromosomas relacionados con estas afecciones. Se trata de Genetics Home Reference y es un website creado por la Biblioteca Nacional de Medicina (NLM) de EEUU. Ofrece diferentes tipos de información:

  • Condition Summary: cada resumen describe las principales características de la enfermedad, ofrece información sobre las bases genéticas de la misma y explica sus patrones heredables. También ofrecen enlaces a organizaciones e información relacionada con la enfermedad (en inglés)
  • Gene Summaries: cada resumen ofrece el nombre y símbolo oficial del gen, localización cromosómica, explicación de su función habitual y las implicaciones que conlleva la variación de este gen.
  • Gene Family Summaries: información sobre grupos de genes que comparten características importantes. Clasificar genes individuales dentro de familias puede ayudar a los investigadores a describir cómo estos genes se relacionan entre sí. Cada resumen también incluye enlaces a información adicional así como a listados completos de genes pertenecientes a una familia.
  • Chromosome Summaries: ofrece una estimación de la cantidad de ADN y el número de genes para cada cromosoma y ADN mitocondrial. Las afecciones o condiciones cromosómicas se vinculan directamente con los cromosomas relacionados, con una explicación sobre cómo los cambios en el número o estructura de los cromosomas puede degenerar en ciertos desórdenes.
  • HandbookHelp Me Understand Genetics Handbook ofrece una explicación básica e ilustrada sobre cómo funcionan los genes y cómo las mutaciones generan enfermedades. También incluye información actualizada sobre pruebas genéticas, terapia génica y sobre el Human Genome Project.
  • Glossary: el glosario de términos médicos y genéticos se puede encontrar en cada página que compone el sitio web. Además, cada resumen (summary) ofrece un listado de los términos utilizados con un enlace a su definición.
  • Resources: este apartado ofrece enlaces a recursos externos. Los recursos se agrupan en categorías según la audiencia a la que se dirigen: pacientes y familiares, educadores, profesionales de la salud e investigadores genéticos.

Por cierto, ¿alguna vez has tenido curiosidad en saber qué enfermedades puedes heredar de tu familia y llegar a desarrollar en un futuro? La diabetes, por ejemplo. Una simple prueba de ADN puede ayudarte y, como es habitual, a través de Internet ya tienes la forma de pedirlos. Existe una página llamada 23andme que permite solicitar el material. Primero hay que comprar el kit, que te envían a tu casa. Una vez que lo recibes, registras online los datos del kit y a continuación has de escupir un poco de saliva dentro del bote que te han enviado. Esta saliva contiene tu ADN y es lo que ellos analizarán. Lo envías de vuelta y en poco más de un mes tienes los resultados en tu casa. Puede que para la mayoría de la gente no sea necesario, pero puede darse el caso de una persona adoptada que no sepa nada de su familia biológica y que quiera descubrir si está en riesgo de padecer alguna enfermedad hereditaria. ¿Por qué no?

http://ghr.nlm.nih.gov/
http://ghr.nlm.nih.gov/
http://ghr.nlm.nih.gov/

Se redefinen los resúmenes estructurados en PubMed


En el 2010 PubMed anunció la aparición de los resúmenes estructurados en su base de datos (lo anunciamos en este post), que permitirían una lectura más fácil y amigable, para poder ir directamente a la información que nos interesaba. En el boletín técnico de la NLM nos explican así el cambio que tiene lugar ahora:

NLM previously defined a Structured Abstract to be:

“. . . one that contained at least 3 labels that represented 3 distinct concepts (e.g., “INTRODUCTION,” “METHODS,” “CONCLUSIONS”), of which 1 must be considered an ending concept (such as “RESULTS” or “CONCLUSIONS”).

To enhance readability, NLM’s new definition of Structured Abstracts is:

…one that has at least one label that:

Anteriormente, los resúmenes que no contenían al menos tres etiquetas, se mostraban como un bloque en un mismo párrafo, como se puede ver en la siguiente imagen:

resumen estructurado con menos de tres etiquetas

Con la nueva definición, se añade un valor llamado UNASSIGNED que reorganiza internamente el resumen y permite mostrarlo, independientemente del número de etiquetas, estructurado por párrafos, de manera que se facilite su lectura:

resúmenes estructurados

Quiero aprovechar para recordar que si seleccionáis la opción “Abstract” en “Display Settings” podréis leer en español los resúmenes que se hayan enviado en este idioma para su incorporación en PubMed. Lo expliqué en este post de febrero de 2013. Por defecto, si el idioma original del artículo es el español, el resumen lo leeremos directamente en español.

Nota técnica sobre la actualización en la definición de resúmenes estructurados.
Nota técnica sobre la actualización en la definición de resúmenes estructurados.
Nota técnica sobre la actualización en la definición de resúmenes estructurados.