Seguimos con Zika


Crédito: kuhn and rossmann research groups, purdue university El virus Zika sigue siendo noticia. Hace poco aparecía en los medios la imagen 3D de este virus (en imagen adjunta, crédito: Kuhn and Rossmann research groups, Purdue University). Este mapa tridimensional podría ser el paso previo para desarrollar la vacuna contra el virus. Tenéis más información en el artículo publicado en la revista Science: Zika virus in the Americas: Early epidemiological and genetics findings (doi:10.1126/science.aaf5036).

La Biblioteca Nacional de Medicina de EEUU, en enero de este año, aprobó un término MeSH específico (hablé de ello aquí) que facilitaría la indexación y búsqueda/recuperación de los artículos científicos publicados sobre este tema. Ayer mismo anunciaba también la creación de una base de datos específica de este virus dentro de la página de recursos sobre este Zika:

The NCBI Zika virus resource page has been updated with a specialized database. This database uses pipelines to annotate genes, proteins and mature peptides, and standardize sample metadata. With this database, you can:

  • Find sequences easily using standardized annotations and normalized metadata terms
  • Construct alignments and phylogenetic trees using a suite of online tools
  • Download sequences and metadata in a variety of formats and create customized titles/deflines for FASTA file downloads.

The NCBI Zika virus resource, part of the Virus Variation family of NCBI resources, provides users with a unique, metadata-driven search interface that leverages advanced data management pipelines.

 

Esta información está dirigida a investigadores y profesionales, pero existen multitud de recursos pensados para la población. En español, os dejo esta entrada en el post de Pediatría Basada en Pruebas con preguntas y respuestas sobre el virus Zika y este vídeo de unos 3 minutos publicado en el blog OpenMind del BBVA: Virus Zika: por qué ahora y qué podemos hacer.

Buscar Zika en Pubmed y MeSH


El virus de Zika se descubrió en 1947, pero durante muchos años solo se detectaron casos humanos esporádicos de la enfermedad en África y Asia meridional. En 2007 se declaró en el Pacífico el primer brote documentado de enfermedad por el virus de Zika. Desde 2013, se han notificado casos y brotes de la enfermedad en el Pacífico occidental, las Américas y África. Dada la ampliación de los hábitats en que los mosquitos pueden vivir y reproducirse a causa de la urbanización y la mundialización, podrían producirse importantes epidemias urbanas de la enfermedad por el virus de Zika en todo el planeta.

Esto es lo que se puede leer en la web de la OMS. Tal es la relevancia que ha tomado este virus que hace apenas 3 días se incluyeron dos términos MeSH relacionados con él:

Uno de los puntos más interesantes de las formaciones que doy sobre el uso de Pubmed es el apartado dedicado a los términos MeSH (Medical Subject Headings). Cada artículo indizado en Pubmed tiene asignados unos 10-12 términos o descriptores MeSH, de los cuales un promedio de 2-4 reflejan el tema predominante del artículo. Las búsquedas en Pubmed utilizando los términos MeSH devuelven artículos más relevantes, pero hemos de recordar que no devuelven todo.

Cuando se incorpora un término MeSH a la base de datos éste puede ser utilizado por los indizadores para asignarlo a los artículos “a partir de ese momento”. Es decir, excepto en ocasiones o temas puntuales, los artículos que hubieran sido indizados previamente sobre ese tema no llevarán el término MeSH. Pensad que son 25 millones de registros los que contiene Pubmed y que sería una tarea ardua la de repasar cada año cada registro para poder añadir los nuevos términos MeSH.

Os decía antes que, salvo ocasiones puntuales, los artículos indizados con anterioridad a la aparición del término MeSH y que trataran ese tema no se indizaban de nuevo para asignarles el descriptor. Con el virus Zika y la infección por este virus sí se va a hacer la excepción.

Si ahora mismo (30 enero 2016) hacéis una búsqueda por el término “Zika Virus”[Mesh]  o por “Zika virus infection”[Mesh] no vais a recuperar ningún artículo puesto que aún no ha dado tiempo a realizar la indización (estos términos se añadieron el 27 de enero). Para hacer la búsqueda sería recomendable buscar “Zika” en el título o resumen de los artículos. Para ello podéis utilizar el limitador de campo correspondiente:

A día de hoy recuperaréis 174 artículos, 28 de los cuales (el 16%) han sido publicados en este mes de enero, y siendo el más antiguo un artículo de 1952:

zika 1952

Si alguno de vosotros se pregunta por qué hay que usar el limitador de campo de título y resumen [tiab] es para evitar recuperar artículos irrelevantes para nuestra búsqueda. Por ejemplo, si hacéis una búsqueda tipo Google, introduciendo ZIKA en la caja de búsqueda, sin especificar nada más, además de los artículos que hablen sobre este virus o la infección, recuperaréis también los artículos escritos por autores apellidados Zika:

autores zika

A la hora de buscar en Pubmed hay que ser conscientes de cómo funciona la indización de los artículos para poder recuperar lo que sea más relevante para nosotros. No es sólo importante (muy importante) saber exactamente qué estamos buscando, sino cómo funciona la fuente donde vamos a hacer esa búsqueda. No dudes en ponerte en contacto conmigo si quieres ofrecer formación sobre Pubmed en tu institución.