Los primeros cambios de PubMed ya están aquí


Hace unos meses que sabíamos que PubMed cambiaría de interfaz y modificaría un poco su funcionamiento interno. A través de algunos webinars con la NLM y de los cambios que nos mostraban a través de PubMed Labs ya sabíamos cómo iba ser el diseño.

Avisaron de que en septiembre abrirían el nuevo PubMed y que éste estaría conviviendo con el antiguo hasta diciembre, fecha en que la nueva interfaz sería la visible por defecto. Pues bien, los cambios ya están aquí y casi sin previo aviso.

Todas las bibliotecarias sabemos que si hay un cambio en PubMed, éste ocurre el día antes de una formación. En mi caso ha sido “durante” la formación. No he podido explicar mucho y he tenido que esperar a llegar a casa para poder trastear un poco los cambios. Aquí va la primera impresión, pero tened en cuenta que no será hasta enero que los cambios se hagan realidad, y será en primavera cuando los cambios sean definitivos.

Como veis, en la nueva interfaz tenemos un cuadro de búsqueda que gana protagonismo. A simple vista es un estilo más moderno y más limpio que invita a buscar (en mi opinión al “estilo Google”). Voy a lanzar la misma búsqueda al mismo tiempo en ambos modelos y así podemos ir viendo las diferencias. Escribo en ambos campos de búsqueda diabetes mellitus type 2. Sin comillas y sin nada:

La primera diferencia es el número de resultados. En el antiguo PubMed (a partir de ahora Antiguo) tenemos 142751 registros frente a 142781 del nuevo PubMed (a partir de ahora Nuevo). Aunque podríamos pensar que es por la ordenación (en el Antiguo la ordenación por defecto es Most Recent, mientras que en el nuevo la ordenación por defecto es Best Match), al cambiar la ordenación del Antiguo me recupera 142766, número que tampoco concuerda con el Nuevo. Modificar la ordenación en Nuevo no influye sobre el número de resultados, que sigue siendo 142781 independientemente de si mostramos por Best Match o Most Recent. Tened esto en cuenta de cara a actualizaciones de búsquedas bibliográficas, revisiones sistemáticas, etc.

Otra diferencia es el formato de salida. En ambos por defecto se muestran los registros en formato summary, pero en el Nuevo el formato Summary muestra las primeras líneas del resumen, mientras que el formato Summary del Antiguo era sólo el título del artículo, autores, la referencia y los identificadores y enlace a artículos similares. En el Nuevo tenemos también el título, los autores (pero sólo muestra uno ó dos. Si el artículo tiene más de tres autores muestra el primero seguido de et al.), revista abreviada, año de publicación, pmid, y luego ya el inicio del resumen. Finalmente, en vez del enlace a artículos similares tenemos un enlace para ver la cita en diferentes formatos, descargarlo en .ris o copiarlo en el portapapeles. También un botón para compartir en Twitter, Facebook o copiar la url permanente de la referencia.

Más diferencias: El enlace Send to del Antiguo se convierte en dos botones visibles en Nuevo: Save, que permite guardar las referencias de esa página (o todas o una selección) en formato Summary, Ris, Abstract o CSV; otro botón Email que permite enviar por correo también una selección de registros de los resultados en formato Summary o Abstract. Para enviar los resultados al Clipboard o My Bibliography o a Collections tenemos que pinchar en el botón con 3 puntitos.

Otra diferencia es el número de resultados que se muestran por defecto en cada página. En el Antiguo se mostraban 20 por defecto, pudiendo variar este número en la opción Per Page, teniendo justo al lado la posibilidad de saltar de una página a otra. En el Nuevo, la opción por defecto es de 10 registros por página y sólo al llegar al final de la página tenemos la opción de pinchar en el botón de Show more para ver los siguientes 10 registros o saltar a una página concreta. Si, por ejemplo, saltamos a la página 8 llegaremos al registro 80 y si queremos ver los anteriores tendremos que navegar de 10 en 10 o volver a elegir el número de página para saltar directamente.

Toda la información del menú lateral derecho del Antiguo desaparece en el Nuevo. Sólo se mantiene el gráfico de Results by year, que en el Nuevo se muestra sólo en la primera página y en la parte superior izquierda de la pantalla, justo sobre los filtros. Un apartado que echo mucho de menos (puede que lo encuentre más adelante, ya que estoy escribiendo el post al mismo tiempo que compruebo los cambios) es el apartado de información de las búsquedas Search Details: cómo Pubmed traduce la estrategia de búsqueda que le hemos lanzado. En el Antiguo se encontraba en el menú lateral derecho. En el Antiguo se encontraba también un apartado con las imágenes que Pubmed había encontrado en PMC sobre el tema de búsqueda. El enlace a gestión de filtros personalizados del Antiguo pasa al Nuevo con el nombre de MyNCBI Filters en la parte superior del menú lateral izquierdo.

Visualización de un registro concreto

Si quisiéramos ver un registro concreto en el Nuevo deberemos pinchar en el título del artículo. Aquí ya vemos la referencia completa del artículo en la revista, todos los autores y podemos expandir para ver su afiliación. También nos muestra el pmid y añade el DOI que en la vista anterior no estaba. Los artículos similares que se perdían en la página de resultados se recuperan aquí justo después del resumen. A la derecha tenemos un menú con los enlaces al texto completo del artículo en fuentes externas, la posibilidad -de nuevo- de ver la referencia en diferentes estilos de citación, nos ofrece una nueva posibilidad: guardar el artículo como favorito (realmente es una colección privada con ese nombre), la opción de compartir el registro en redes sociales y una opción interesante: navegar para ir directamente a las partes interesantes del registro: título y autores; resumen; artículos similares; citado por; tipo de publicación; descriptores Mesh; LinkOut y más recursos. Al final de la página podemos navegar al registro anterior y al siguiente sin necesidad de volver a la página general de resultados.

Búsqueda Avanzada

Llegamos a la parte interesante (además de la diferencia de resultados, que necesito saber qué ha cambiado en el algoritmo de búsqueda de Pubmed para que el número de resultados sea diferente con los mismos datos de partida)

A simple vista, el nuevo diseño es más moderno y parece que más limpio. El orden del historial se invierte, colocando las nuevas consultas al final de la línea, en contraposición al historial del Antiguo que iba colocando las nuevas consultas en la primera línea.

La Query Box, que en el Antiguo estaba en la parte superior, ahora se coloca justo debajo del constructor de búsquedas. Visualmente tiene más sentido. En principio la construcción de queries es igual que antes. En el desplegable se selecciona el campo donde queremos hacer la búsqueda y en el cuadro de texto se escribe el término que queremos buscar. Por ejemplo busco en título/resumen la palabra hypertension y pincho en Show Index para ver cuántos registros existen con esa palabra en esos campos. Oh, sorpresa, no coinciden. En el Antiguo veo que hay 376676 registros mientras que en el Nuevo hay 379812. El segundo término tampoco coincide, así que empiezo a pensar que se han ampliado los campos de búsqueda en el Nuevo Pubmed. Si os fijáis en la segunda imagen, una vez que he lanzado la primera query, en el Nuevo se pinta esa query en la Query box, y se limpia el primer cuadro de texto, mientras que en el Antiguo se sumaba una nueva línea de cuadro de texto al mismo tiempo que se pintaba la query en la Query box. Personalmente este nuevo diseño me gusta más.

El botón Search del Nuevo lanza directamente la estrategia para ver los resultados, pero también nos permite enviar la estrategia al historial con el desplegable que nos ofrece el botón. Veamos el historial de búsqueda en el Nuevo:

Si os fijáis, un poco más arriba os comentaba que ya no teníamos el apartado de Search Details en el menú lateral derecho. Ahora se encuentra integrado en el historial. Para ver la traducción que hace Pubmed de cada estrategia tendremos que desplegar el apartado Details. Ahí vemos cómo mi estrategia diabetes mellitus type 2 la ha traducido como “diabetes mellitus, type 2″[MeSH Terms] OR “type 2 diabetes mellitus”[All Fields] OR “diabetes mellitus type 2″[All Fields]. Es la misma traducción que hace en el Antiguo. Los tres puntitos que se ven justo debajo de Actions permiten añadir esta estrategia a la caja de búsquedas con AND, OR, NOT, permite eliminarla del historial o guardarla en MyNCBI.

Hagamos una búsqueda buscando por descriptor Mesh

Si os acordáis, en el Antiguo se podía acceder a Mesh desde la búsqueda avanzada pinchando en la parte superior: More resources -> Mesh Database. Esta opción ha desaparecido en la búsqueda avanzada del Nuevo. Se puede seleccionar el campo MeSH Terms del desplegable, pero yo quiero poder buscar en el Mesh y ver la información del descriptor. Para esto tengo que volver a la home de Pubmed y buscar el enlace a Mesh Database, situado más o menos en el mismo lugar que en el Antiguo (listado de enlaces en la parte derecha de la pantalla):

La búsqueda por Mesh no ha cambiado, así que hacemos la búsqueda de la forma habitual. Compruebo que recuerda desde dónde he llegado y al lanzar la búsqueda del descriptor en Pubmed me devuelve a la interfaz anterior (Antiguo o Nuevo dependiendo desde dónde hubiera llegado). El número de resultados es el mismo, claro que aquí no hay misterio: sólo me va a mostrar los registros que tienen el descriptor Mesh indicado, no puede variar el número porque no es una búsqueda subjetiva.

Vamos a crear una alerta

En ambos casos nos pide que nos registremos en MyNCBI para poder crear una alerta. Una vez que hayamos accedido, los campos son los mismos, aunque el diseño es diferente:

Haber accedido al perfil personal de MyNCBI nos permite ver también los filtros personalizados que tenemos activos. En el Antiguo se encontraban en la parte superior del menú lateral derecho. Ahora los tenemos en la parte superior del menú lateral izquierdo, sobre los filtros por defecto de Pubmed.

Como veis, es un gran cambio de diseño, pero por los resultados de la búsqueda usando texto libre hay diferencias de resultados. Algunos detalles de diseño me gustan en el Nuevo, pero echo de menos algunas características del Antiguo. Aún siguen haciendo cambios y puede que reviertan decisiones o que hagan más cambios. Si os fijáis, al final de cada ventana, en la parte derecha, hay un botón verde para enviar Feedback. Usadlo sin temor.

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/

Actualización de MeSH 2019


Leíamos la noticia en el boletín técnico de la Biblioteca Nacional de Medicina (NLM por sus siglas en inglés) de EEUU: el YEP (Year-End-Processing) es como se conoce al mantenimiento anual y durante el cual se realizan cambios en MEDLINE. Uno de los cambios más importantes es el que afecta al tesauro MeSH (Medical Subject Headings) y que es el vocabulario controlado que se usa para catalogar los registros en MEDLINE. Cada artículo que se cataloga en MEDLINE recibe una serie de descriptores que definen el tema/s que trata ese artículo. 

Para empezar, 73 encabezamientos MeSH o han sufrido cambios o bien han sido eliminados y reemplazados por terminología más actual. Durante el YEP, la NLM actualizará estos encabezamientos en los registros de MEDLINE.

Además, se añaden 402 nuevos encabezamientos y 20 tipos de publicación. Os dejo aquí el listado completo en pdf de los nuevos encabezamientos con sus notas de alcance, notas y localizaciones en el árbol jerárquico. 

Normalmente no se hace una catalogación retrospectiva cuando aparecen nuevos descriptores, por lo que buscar en PubMed por un nuevo término MeSH con las etiquetas [mh] o [majr] limita la búsqueda a los registros indexados después de que se haya añadido el descriptor al MeSH. Para recuperar registros indexados antes de la introducción del nuevo MeSH podemos ayudarnos del ATM (Automatic Term Mapping) de PubMed (quienes hayáis venido a alguno de mis cursos ya sabéis cómo funciona). El ATM expande la búsqueda de los términos que no están etiquetados para buscar tanto por términos MeSH como por los términos indexados en All Fields. No es mala idea tampoco consultar la base de datos MeSH para ver los términos indexados previamente sobre un concepto en particular. 

Para el año 2019 contamos con una excepción: el nuevo tipo de publicación Systematic Review sí será añadido a los registros ya existentes en MEDLINE y que cumplan con los criterios de inclusión. Es decir, se hará una catalogación retrospectiva para facilitar la recuperación de todas las revisiones sistemáticas. 

Además de Systematic Review como tipo de publicación tenemos también Systematic Review as Topic (como tema). Al hacer una búsqueda, podemos encontrarnos con revisiones sistemáticas y con trabajos que hablen sobre revisiones sistemáticas.

Ten en cuenta que si tienes alguna búsqueda guardada y alguna alerta activa, los resultados se pueden ver alterados por la inclusión y modificación de los términos MeSH. Aprovecha para darle una vuelta a los términos y asegurarte de que estás recuperando toda la información relevante.

En PubMed contamos con un filtro metodológico en las Clinical Queries para recuperar revisiones sistemáticas. Aún no está actualizado (ignoro si lo actualizarán o lo dejarán igual), así que yo seguiría usando este filtro y el nuevo descriptor de tipo de publicación hasta comprobar exactamente cómo funcionan ambos y qué recuperan. 

Algunas combinaciones de encabezamiento/subencabezamiento, llamadas Entry Combinations, también serán modificadas de manera retrospectiva, de manera que si haces una búsqueda por alguna de las combinaciones y no recuperas nada, deberás comprobar si en estas Entry Combinations se indica algún término nuevo. Tenlo también en cuenta si tienes búsquedas guardadas. Por ejemplo, hay algunas Entry Combinations que se reemplazan por encabezamientos directamente (pongo algunos ejemplos, no están todos), y otros que se modifican: 

 Encabezamiento/subencabezamiento previo

Enzymes/therapeutic use

Jaw/surgery

Pharmacy/history

Encabezamiento por el que se reemplaza en 2019

Enzyme Therapy

Orthognathic Surgical Procedures

History of Pharmacy

Como siempre, si tienes alguna duda sobre cómo hacer búsquedas en PubMed, cómo utilizar los términos MeSH, qué significan las etiquetas de campo o cómo funciona el Automatic Term Mapping, o cualquier otra pregunta relacionada con la gestión de la información biomédica, tienes a tu bibliotecaria de cabecera en tu biblioteca o a un click de distancia. Estamos para ayudarte. Y si quieres que me acerque a tu institución a dar formación sobre búsquedas, gestores, herramientas para mantenerte actualizado, apoyo a la investigación, etc. siempre puedes ponerte en contacto conmigo a través del correo o de linkedin.

 

PubMed Commons desaparece


En 2013 os anunciaba un proyecto piloto de PubMed: PubMed Commons. La idea era facilitar la conversación entre autores, permitiendo los comentarios en los artículos indexados en PubMed. Con esto se pretendía agilizar el intercambio de información evitando los tiempos de espera si alguien quería publicar un comentario a un artículo. También podía servir al resto de autores/investigadores para saber si un tema era interesante para la comunidad y cuál era la tónica general, lo que podía facilitar la decisión de seguir investigando o replicando estudios.

Hoy nos anuncian que PubMed Commons dejará de funcionar este mes. Os añado la comunicación:

PubMed Commons has been a valuable experiment in supporting discussion of published scientific literature. The service was first introduced as a pilot project in the fall of 2013 and was reviewed in 2015. Despite low levels of use at that time, NIH decided to extend the effort for another year or two in hopes that participation would increase. Unfortunately, usage has remained minimal, with comments submitted on only 6,000 of the 28 million articles indexed in PubMed.

While many worthwhile comments were made through the service during its 4 years of operation, NIH has decided that the low level of participation does not warrant continued investment in the project, particularly given the availability of other commenting venues.

The discontinuation plan is as follows:

  • New comments will be accepted through February 15, 2018.
  • Comments will continue to be visible on the PubMed and PubMed Commons websites through March 2, 2018.
  • Users wishing to access the comments after March 2, 2018, will be able to download them from NCBI’s website.

Many thanks to all of you who participated in this experimental effort to enhance the opportunities for interaction about published biomedical literature.

Suponemos que este cambio conllevará a su vez otro rediseño de la home de PubMed, ya que ahora una de las columnas estaba dedicada exclusivamente a los comentarios dejados por los autores:

desaparece pubmed commons

 

Como veis en la nota del NIH, aún podréis acceder a los comentarios desde PubMed y desde la web de PubMed Commons hasta el 2 de marzo de este año.

PubMed Commons

Me gusta PubMed Labs porque siempre está probando cosas interesantes. Algunas siguen para adelante, otras desaparecen, pero esto demuestra que las bases de datos como meros espacios (virtuales) de almacenamiento de la información forman parte del pasado. Apuesto que en un futuro cercano las búsquedas en PubMed se basarán en NLP (Natural Language Processing) y en Inteligencia Artificial. Pero mientras siga como hasta ahora, si no sabes usar los descriptores Mesh, te recomiendo que acudas a tu bibliotecaria de cabecera si quieres ahorrar tiempo y hacer búsquedas eficientes.

Pubmed Back to Basics


En su largo camino de cambios y actualizaciones, Pubmed nos sorprende con una vuelta a sus orígenes. Anoche nos enterábamos del lavado de cara de la interfaz de Pubmed que, siguiendo la moda de lo vintage han decidido volver al diseño que lució hace más de una década. Las razones que han llevado a este cambio tan radical son las siguientes, según informa la Dra. Fail von Bulo, directora del área de diseño y UX de la Biblioteca Nacional de Medicina de EEUU.

  • Una home donde tendrás a mano todo gracias a las pestañas que reúnen los apartados más visitados de Pubmed: Limits, Preview/Index, History, Clipboard, Details. En los últimos tiempos cada apartado tenía su propio sitio, pero gracias a la nueva interfaz apenas tendremos que pasear el ratón por la pantalla para ir a cada uno de estos apartados:

  • Desde Details tienes la posibilidad de crear una URL con tu búsqueda que podrás guardar en favoritos de tu navegador para volver a ella tantas veces como necesites y comprobar si hay alguna novedad en los resultados de búsqueda. Seguirás teniendo la opción de guardar tu búsqueda desde MyNCBI, pero ya no será imprescindible.

  • ¡Los iconos! Volvemos a tener los iconos de siempre, aquellos que nos permitían saber de un vistazo la disponibilidad del artículo. Cómo nos gustaba el icono de la hojita de texto con una franja verde. ¡Qué felicidad volver a verlo!

  • Desaparece el apartado Advanced para recuperar History. Desde aquí consultaremos todas las búsquedas realizadas hasta el momento, pudiendo combinarlas utilizando el número de búsqueda, facilitando así su lectura. ¿No es maravilloso?

  • Por último, la sorpresa que casi me hace llorar de alegría: la vuelta de Google Reader. Parece ser que la Dra. Fail von Bulo se puso en contacto personalmente con Chris Wetherell, desarrollador de la primera versión de Google Reader, y le expuso la idea de recuperarlo para que los usuarios de Pubmed volvieran a utilizar los RSS, que desde la desaparición de esta herramienta había caído en desuso.

Espero que todos estos cambios os hayan traído buenos recuerdos, como que hoy se celebra April Fools’ Day (el día de los Santos Inocentes en el mundo anglosajón) y esto ha sido una broma y un homenaje a Pubmed, esa herramienta que nos lleva acompañando tantos años y que hemos visto cambiar y mejorar constantemente.

 

 

 

Relevance or Best Match?


Entre los bibliotecarios médicos solemos hacer bromas con los cambios de PubMed, y es que parece que siempre los hacen cuando estás preparando una formación o, como me pasó hace poco, durante una formación. En ese caso fue la ordenación de los resultados. Les estaba explicando a mis alumnos que era aconsejable ordenar por relevancia y les pedía que en el desplegable eligieran la misma opción que yo acababa de marcar. Yo, con mi Relevance seleccionada, empecé a escuchar a los alumnos comentar que ellos no tenían esa opción. Mi cerebro empieza a pensar a qué puede deberse: diferente navegador, diferente versión del navegador, yo uso Mac y la mitad de ellos están en Windows, idioma por defecto del sistema operativo… No. A ellos la opción Relevance no les aparecía, pero sí tenían Best Match. En el momento en el que actualicé la página mi Relevance también desapareció para dejar paso a Best Match. Acabábamos de vivir en directo uno de los famosos cambios/actualizaciones de PubMed. Supongo que el cambio se debe a cuestiones de UX (experiencia de usuario), donde es más fácil entender Best Match (algo así como “mejor combinación”) que Relevance (“pertinencia”).

En el caso de la ordenación por Best Match (Relevance hasta ese momento) explico que igual que Google usa un algoritmo interno para decidir qué paginas colocar en primer lugar en función de nuestra búsqueda, PubMed hace lo mismo, pero con un algoritmo propio, claro. Este algoritmo hasta ahora, entre otras cosas, medía la frecuencia con la que un término aparecía en los registros de PubMed. Así, daba pesos a los registros según sus términos comparados con nuestra estrategia de búsqueda.

Hoy nos avisan de una modificación en este algoritmo, que incluye una máquina de aprendizaje que combina más de 150 opciones que ayudan a reordenar los resultados para que veamos en los primeros puestos aquellos registros que mejor cuadran con nuestra búsqueda. Además de los datos que utilizaba el anterior algoritmo, el nuevo incluye la información obtenida por cientos de búsquedas anónimas en PubMed y de la pertinencia de éstas durante un largo periodo de tiempo (eso que ahora todos conocen como Big Data).

Sort by Best Match

Nos avisan también de que hasta que esté totalmente implantado este nuevo algoritmo, es probable que veamos pequeñas discrepancias con el número total de resultados cuando ordenemos por Best Match. Además, si eres de los que, como yo, le echa un vistazo a Search Details para ver cómo PubMed ha interpretado tu búsqueda, que sepas que ahora pasará a llamarse Best Match Search Information y mostrará las traducciones a MeSH y además sinónimos de nuestro término bajo el enlace See more. El botón Search que hasta ahora estaba disponible en Search Details, desaparecerá.

Antes:

Search Details

Próximo cambio:Best Match Search Information
Y recuerda, si quieres que por defecto los resultados de tus búsquedas aparezcan ordenados por Best Match, deberás cambiar tus preferencias desde MyNCBI. Por cierto, hasta ayer mismo en MyNCBI seguían con el término Relevance en vez de Best Match.

PubMed preferences

Pubmed: disponibles los títulos en lengua vernácula para artículos que no dispongan de traducción al inglés


Siempre os comento los continuos cambios a los que nos tiene acostumbrados Pubmed. Y personalmente estoy encantada porque eso significa que a la NLM le importa su producto y está constantemente poniéndolo a prueba y mejorándolo.

Hace unos dos años, os anunciaba que Pubmed empezaba a incorporar resúmenes en otros idiomas diferentes del inglés. La novedad de hoy radica en los títulos de los artículos en otros idiomas.

Hasta ahora, los títulos de los artículos que no estaban traducidos al inglés aparecían en Pubmed como [Not Available]. En breve, estos títulos aparecerán en su idioma original:

antes

despues

Las búsquedas no se verán afectadas por este cambio, ya que la búsqueda por título en Pubmed se hace sólo en los títulos en inglés y en aquellos que están traducidos. Para buscar por los títulos en lengua vernácula habría que utilizar la etiqueta de campo [tt] de “Transliterated Title”.

 

 

 

Pubmed: de guardar búsquedas a crear alertas


Una de las características de Pubmed es la posibilidad de registrarse en MyNCBI para poder personalizar algunas de las características de esta base de datos, así como guardar búsquedas y crear alertas.

Cuando lanzamos una búsqueda en Pubmed, justo debajo del cuadro de texto donde introducimos nuestra estrategia de búsqueda, aparece un link a “Save search“. Al pinchar en él te pide que accedas con tu usuario y contraseña para guardarla en tu perfil privado:

save search

register in MyNCBI

registro en MyNCBI

Como veis en la imagen anterior, registrarse en MyNCBI permite acceder a diferentes características y personalizaciones de varias de las bases de datos que componen NCBI, entre ellas Pubmed.

Cuando guardamos una búsqueda, ya dentro de nuestra área privada, Pubmed nos ofrece la opción de crear una alerta. Para facilitar la localización de esta opción, en unos días el link “Save search” que aparece justo debajo del cuadro de búsqueda pasará a llamarse “Create alert“. También, el link RSS cambiará de nombre a “Create RSS”:

create alert

Recordad que lo único que cambiará es la denominación, pero seguirá funcionando igual que hasta ahora.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed